U septembru 1832. godine Husein kapetan Gradaščević je dobio ferman od sultana u kojem je stajalo da mu je dozvoljeno doći u Istanbul, ali da se nikada više ne smije vratiti u Bosnu. Nakon pet dana razmišljanja odlučio je krenuti za Istanbul. Prvo je stigao u Beograd, da bi u decembru bio otpremljen prema glavnom gradu Osmanskog carstva. Njegova supruga je zbog bolesti djeteta ostala u Beogradu i tek je u martu ili aprilu 1833. godine krenula za svojim mužem, u Istanbul. Kada ga je sultan Mahmud II primio ponudio mu je upravu nad Bosnom pod uvjetom da se potpuno pokori osmanskoj vlasti na što mu je Gradaščević odgovorio: “Za fildžan krvi ne daje se domovina”, čime je odbio ponudu. Time je Husein kapetan posljednje dane svoga života proveo u Istanbulu.
Prema jednoj verziji živio je sa porodicom u jednom stanu u Istanbulu, a prema drugoj u bivšoj kasarni janjičara u Atmejdanu, dok je njegova porodica živjela u kući nedaleko od kasarne. Vjerodostojnija je druga verzija iz razloga što su zabilježena česta kretanja Gradaščevića prema ovoj kući i izlasci iz nje. Sultan Mahmud II nije odustajao od njega, shvativši o koliko moćnoj i privrženoj ličnosti se radi, te mu još jednom ponudi povlastice – čin paše sa dva tuga u nizamskim postrojbama nove osmanske vojske, ali Gradaščević i to odbi, kazavši: “Radije ću umrijeti u nošnji svojih očeva nego da nosim nizam – uniformu jednog paše!”. Time je Gradaščević nastavio svoj život pod stalnim nadzorom osmanske policije. Uskoro se iznenada teško razboli. Dugo vremena je bio nepoznat datum njegove smrti. Prema jednom dokumentu, Bećir beg Gradaščević je od Husein kapetanove služavke, koje je sa njim bila u Istanbulu sve do njegove smrti, čuo da je Husein kapetan umro pripremajući se da proslavi mevlud 1833. godine. U dokumentu stoji: “I upravo onaj dan kada se imalo to obaviti došao je kući i uzimajući abdest pozlilo mu, počeo je povraćati i u tome ispustio dušu. Pokopan je na Ejubu (…) Mevlud 1249”. Mevlud 1249. godine je padao na 30. juli 1833. godine i po tome Huseinova smrt pada negdje ovih dana. Ipak, autori poput Ahmeda Aličića i Hamdije Kreševljakovića, koji su pisali o životu Gradaščevića, su kasnije odbacili ovaj datum, utvrdivši da je tačan datum njegove smrti 17. avgust 1834. godine, kako mu piše na nišanu. Njegov mezar na Ejjubu, kod veterinarske škole, je tokom čitavog preostalog perioda Osmanskog carstva, uglavnom ostajao zapušten i o njemu se nije marilo.
I same okolnosti pod kojima je Husein kapetan umro ostaju zagonetne, ali se vjeruje da je umro nasilnom smrću. Jedna usmena predaja kaže: “Došao mu njeki paša što je bio u Bosni sve mi se čini Salih paša, pa mu donio čašu zehera i gajtan i od sultana ferman. A slagali su mu da je od sultana. Onda mu on reko: ‘Volim čašu, neg gajtan. Gajtan će patiti”. Ipak, vrlo je moguće da je od sultana ili nekog ko je blizak sultanu, pošto je dvorska praksa bila da se ponudi ili katil ferman (otrov) ili da se osuđenik udavi gajtanom. Ukoliko se odabere otrov osmanska vlast bi takav slučaj predstavljala kao prirodan čin smrti, što je sa Gradaščevićem i učinjeno. Iako je teško utvrditi način smrti, obzirom da sačuvana predaja upućuje na ubistvo, historijski izvori o tome šta se tačno desilo Gradaščeviću još uvijek nisu pronađeni, na temelju činjenice da je Gradaščević već pred napuštanje Bosne i odlazak u Slavoniju osjećao bolest. Jedan očevidac iz Slavonskog Broda bilježi da su ga zbog težine bolesti “Dva momka (su) morala da (ga) podupiru u hodu prilikom prelaska Save”. Zbog same činjenice da u Istanbulu nije više mogao predstavljati nikakvu opasnost za Osmansko carstvo, realnije je pretpostaviti da je Husein kapetan umro prirodnom smrću, daleko od Bosne. Tuga zbog nemogućnosti da se vrati u svoju domovinu samo je ubrzala smrt. U prilog prirodnoj smrti ide i opasna kolera koja je u tom periodu harala Balkanom i Istanbulom. Ipak, sumnju na slučaj prirodne smrti bacaju usmene predaje, a i sam podatak da je njegov vjerni pratilac Hasan aga Pećki otrovan u Istanbulu.
Kao što smo već naveli, o Husein kapetanovom mezaru gotovo da se nije vodilo računa sve do uspostave Turske republike. Tokom Drugog svjetskog rata pojavila se ideja o prijenosu njegovih posmrtnih ostataka, o čemu je pisao list “Muslimanska svijest” u oktobru 1942. godine, prema čemu su se Gradaščevićevi posmrtni ostaci trebali prenijeti iz Istanbula u dvorište Gazi Husrev begove džamije u Sarajevu. Međutim, tadašnja vlast Nezavisne države Hrvatske, koja je obećala pomoć, nije ništa učinila po tom pitanju. Bio je to očit dokaz političke manipulacije prema Bošnjacima pa su i rezultati izostali. Slične ideje su se i u budućem periodu pojavljivale ali do realizacije nikada nije došlo.
