Austrougarska okupacija Bosne i Hercegovine značila je ujedno i prelazak sa islamsko – orijentalnog načina života na kršćansko – evropski što su brojni Bošnjaci doživjeli kao veliku tragediju. Većina ih se nije mogla pomiriti sa činjenicom da je period osmanske uprave stvar prošlosti i u skladu sa time doživjeli su psihički i društveni poremećaj.
Takvu situaciju naročito je htio iskoristiti Josip Filipović, jedan od zapovjednika okupacione vojske u BiH, koji se nikako nije mogao pomiriti sa vojničkim, stručnim i moralnim, porazom kojeg je doživio u očima Evrope. I pored instrukcija austrougarske vlasti, da se prema Bošnjacima ponaša korektno i da se na njih obrati posebna pažnja jer posjeduju najveći zemljišni posjed i čine najnapredniju i najprosvjećeniju zajednicu u BiH, Filipović je samoinicijativno promijenio stav vlade prema Bošnjacima. Još tokom ratnih operacija protiv narodne vojske u svom ratnom izvještaju je zapisao: “Muslimani su zapravo divlja i poživotinjena gomila, koja se može dovesti do ljudske svijesti potpunim razoružanjem i postupunim približavanjem administraciji koja je uređena na strogim zakonima”. Od tada je odnos ovog vojskovođe i prvog austrougarskog guvernera u BiH prema Bošnjacima postao i više nego surov.
Još tokom rata, pa i u mjesecima nakon njega – dok je bio guverner, austrougarske vojne vlasti hvatale su pripadnike bošnjačkog naroda te ih strijeljali, vješali, odvodili u zarobljeništvo. Kroz takvu torturu nisu prolazili samo pripadnici narodne vojske, već i obično civilno stanovništvo. Prijeki vojni sudovi su vršili javna vješanja, dok je u Sarajevu Filipović naredio javo vješanje devet najistaknutijih vođa otpora. Dugo vremena je BiH bila preplavljena vojnim garnizonima i žandarmerijskim, policijskim i finansijskim organima i ustanovama. Po selima i gradovima su djelovali specijalni agenti koji su prenosili glasove kako “sultan poklanja obrađenu zemlju i dijeli novac onim muslimanima koji pobjegnu i isele u Tursku”. Cilj ovakve politike je bio da se što više ljudi iseli prema Osmanskom carstvu, kako bi se na njihove posjede doveli ljudi iz Monarhije. Filipović je radio i na tome da se utjecaj Hrvatske što više proširi u BiH, na način da je uveo upotrebu latiničkog pisma na javnim i privatnim mjestima. Austrougarska vlast je osjetila da ovakva politika generala Filipovića šteti njezinim interesima, tako da je u novembru 1878. godine Filipović smijenjen.
