Kriza koja se tokom osamdesetih godina XX stoljeća rasplamsala u socijalističkoj Jugoslaviji, a koja je kulminirala krvavim raspadom zemlje devedesetih godina, predstavlja jedan od primjera promjene u hijerarhiji identiteta. Sam čin priznavanja Muslimana kao nacije od strane komunističkih vlasti u Jugoslaviji 1968. godine, treba posmatrati samo kao obnovu jednog identiteta, a ne kao kreiranje jedne nove nacije. Taj čin treba kontekstuilizirati kao jedan od načina jačanja Bosne i Hercegovine i njenog republičkog indentiteta, ali i kao pokušaj komunističkog rukovodstva da zadrži vodeću ulogu kod Bošnjaka (Muslimana), koju je već tada ugrožavala Islamska zajednica. Iako su vlasti osigurale podršku bošnjačkih intelektualaca te uspjele muslimane uvjeriti da su ‘Muslimani’, nije se otišlo korak dalje i dopustilo formiranje nacionalnih (bošnjačkih) institucija, iako je i u samom komunističkom rukovodstvu bilo takvih zahtjeva. Nepostojanje nacionalnih institucija pokazat će se značajnom prazninom, koju će tokom osamdesetih godina sve više popunjavati Islamska zajednica.
Nakon nacionalnog priznanja, Muslimani nastavljaju tokom sedamdesetih godina proces kulturnog definisanja nacije. Naročito se radilo na isticanju ‘bosanskog duha’, insistiralo se na postojanju muslimanske književnosti, tražio se značaj i neophodnost proučavanja historije BiH, ali na način da u njoj budu jednako zastupljeni Bošnjaci, kao jedni od nosilaca historijskih procesa tokom bogate historije BiH. Ipak, istovremeno je dolazilo i do jačanja vjerskog identiteta, u čemu je vodeću ulogu imala Islamska zajednica. Na unutrašnjem planu, za proces jačanja vjerskog identiteta bilo je značajno pokretanje ‘Preporoda’ 1970. godine, te otvaranje Islamskog teološkog fakulteta 1977. godine. I vanjski faktori, kao što su Islamska revolucija u Iranu, značajno su tome doprijenli. Prenosi se da su u vrijeme revolucije u Iranu bile vidljive fotografije vođe revolucije Homeinija po bošnjačkim kućama širom BiH. Vlast tada nastoji dodatno ojačati nacionalni identitet Muslimana, kako bi spriječila veliki rast religijske komponente kod Muslimana. Vlast je u svakom segmentu nastojala kontrolisati Islamsku zajednicu, ali se konstantno suočavala sa jednom strujom, pored one ‘lojalne’ i ‘patriotske’, koja se odupirala i koju je vlast smatrala protivničkom.
Smrću Josipa Broza Tita 1980. godine, došlo je do turbulentnih dešavanja – nemiri na Kosovu, očitija ekonomska kriza itd. bili su nagovještaj teških vremena koja su Jugoslaviji donijela nove izazove. Pokušaji da se novonastala krize riješi postojećim državnim okvirima nisu donijeli rezultate, a dolazak Slobodana Miloševića na vlast u Srbiji otvorila je novu fazu postojeće krize. Pokušaji da se nakon Vojvodine, Kosova i Crne Gore destabilizuje i BiH, rezultirali su nizom afera čiji je cilj bio diskreditirati bosanskohercegovačko komunističko rukovodstvo. Sa tim u vezi početkom osamdesetih godina dolazi do svojevrsne antiislamske kampanje, uglavnom vođene od tzv. kritičke inteligencije iz Beograda. Kampanja je naročito bilo usmjerena protiv muslimana na Kosovu, ali i u BiH. Komunističko rukovodstvo BiH konstantno se optužuje da se ne bori dovoljno protiv “muslimanskog nacionalizma i islamskog fundamentalizma”, te da povlađuje Muslimane. Iako su postojale određene tendencije unutar Islamske zajednice, koju je predvodio dr. Ahmed Smajlović, koje su se opirale kontroli od strane vlasti, vlast je pristupila konstruisanju svijesti o nacionalističkoj opasnosti unutar Jugoslavije. Nizom montiranih procesa, poput Sarajevskog iz 1983. godine, kreiran je tip bošnjačkih nacionalista kao neprijatelja vlasti i rušitelja “bratstva – jedinstva”. Sa druge strane, Islamska zajednica se sve više počela baviti tematikom “nevjernika”, anatemišući pojedine muslimane i proglašavajući ih nevjernicima, poput Alije Izetbegovića. Iz ovoga vidimo da je Islamska zajednica tokom osamdesetih godina igrala na kartu “toplo – hladno” ne želeći se zamjeriti državnom aparatu koji joj je mogao nanijeti trajnu štetu. Vlast je takve tendencije nastojala suzbiti nizom suđenja, ali i podražavanjem “patriotske struje” unutar Islamske zajednice, naročito prilikom obračuna sa Ahmedom Smajlovićem. Zbog općeg stanja u državi vlast je sve teže kontrolisala vjerske zajednice, koje krajem osamdesetih odlučno iznose zahtjeve kojima bi se redefinisao položaj vjerskih zajednica u Jugoslaviji. Time zapravo počinje povratak vjerskih zajednica u sferu javnog.
Vjerske zajednice dobijaju sve veću ulogu u kreiranju nacionalnog identiteta, koji se sve više veže za vjerski i vjersku zajednicu kao instituciju. U tome su naročito prednjačile pravoslavna i katolička crkva, pri čemu je Srpska (nacionalna) pravoslavna crkva igrala vodeću ulogu, što će naročito dođi do izražaja tokom ratnih devedesetih godina, kada je Srpska pravoslavna crkva “blagoslovila” neke od najtežih zločina počinjenih nad Bošnjacima i Hrvatima. Što se tiče Islamske zajednice, postojala je određena reakcija na takvo jačanje ostalih vjerskih zajednica. Krajem 1989. i početkom 1990. godine dolazi do otvorenog manifestiranja čvrste veze između vjerskog i nacionalnog identiteta Muslimana. Prazninu nepostojanja nacionalnih institucija, koristi Islamska zajednica koja se nameće kao čuvar nacionalnog identiteta i kao najvažnija nacionalna institucija Muslimana. Uvođenje višestranačkog sistema, kojeg je Islamska zajednica pozdravila, dovelo je do otvorene saradnje između Islamske zajednice i dominantne bošnjačke političke stranke – Stranke demokratske akcije (SDA). Iako je igrala glavnu ulogu u jačanju nacionalnog identiteta Bošnjaka, Islamska zajednica se, faktički sve do proglašenja nezavisnosti Hrvatske i Slovenije 25. juna 1991. godine, zalagala za očuvanje Jugoslavije, a time i očuvanje svih svojih članova unutar jedne države.
