Kada je 3. decembra 1906. godine osnovana Muslimanska narodna organizacija, a kasnije i Muslimanska napredna stranka, očekivalo se da će Bošnjaci konačno krenuti u rješavanje svog statusa u tadašnjoj državi. Ipak, prevelike političke i lične razlike kao i veliko suparništvo znatno su utjecali na njihov položaj. Brojni su isticali vjeru ispred nacije, a veliki je sukob bio i oko toga da li treba sarađivati ili sa Srbima ili sa Hrvatima. Razne katoličke izjave udaljavale su Bošnjake od saradnje sa Hrvatima iako su odnosi sa hrvatskim političarima bili znatno bolji nego li sa srpskim. Ipak, i hrvatski i srpski političari su u prvi plan isticali svoje puno pravo na Bosnu i Hercegovinu. Posebno su se u ovom isticali Hrvati, pozivajući se na program iz 1894. godine, u kojem se tražilo ujedinjenje “hrvatskih zemalja”.
Naročito je alarmirala izjava biskupa Ivana Šarića, koji je izjavio da je za autonomiju BiH ali u okviru Austrougarske kao hrvatske zemlje. U ime Kluba muslimanskih poslanika, Derviš beg Miralem je izjavio da Muslimani (Bošnjaci) neće sjediti skrštenih ruku i slušati ovakve izjave. Reagirajući na izjavu Šarića, Miralem je poručio da Bošnjacima niko ne treba držati lekciju ko su i šta su. I Srpski klub je bio protiv ovakve izjave. Ipak, nakon propale saradnje oko agrarne politike i Srbi su se počeli približavati ovakvoj hrvatskoj politici, na štetu Bošnjaka. Brojni štrajkovi koji su nastupili u prvoj dekadi XX stoljeća znatno su zbližili hrvatske i srpske poslanike, ali se niti oni nisu mogli usaglasiti o državno – pravnom položaju BiH. Nakon toga, Srpski klub se ponovo okrenuo saradnji sa Muslimanskim klubom na rješavanju agrarnog pitanja, ali i da time spriječi moguće hrvatsko – bošnjačko zbližavanje. U konačnici osnivanje ove koalicije dovelo je do nove podjele među Bošnjacima. Tako je Derviš beg Miralem podnio ostavku na mjesto predsjednika Kluba muslimanskih poslanika, a ostavke su podnijeli i Vasvibeg Biščević te Salihaga Kučukalić. Miralem je tada izjavio da je propala velika mogućnost autonomije BiH koju su podržavali Mađari, da bi potpisivanjem ovakvog pakta došlo do odstupanja od te ideje, jer su Hrvati nastojali pripojiti BiH “hrvatskim zemljama”. Koliko je Hrvatima bila bitna ovakva odluka govori izjava predsjednika Hrvatske narodne zajednice, Joze Suparića: “Skršili smo Srbe”.
Shvatajući da su Bošnjaci veoma važan faktor političkog uspjeha, Hrvati su forsirali i podržali spajanje dvije najjače bošnjačke stranke: Muslimanske narodne organizacije i Muslimanske samostalne stranke. Pregovori o spajanju su počeli u martu 1911. godine a okončani su u avgustu 1911. godine formiranjem Ujedinjene muslimanske organizacije. Ujedinjenje nije bilo općeprihvaćeno među Bošnjacima. Dr. Halid Hrasnica, kao predsjednik MSS, bio je protiv ujedinjenja, kategorički ističući da nikome ne treba nametati hrvatske ideje, a bio je zagovornik ideje da Muslimani (Bošnjaci) trebaju biti zaseban politički faktor. Nova stranka je isticala ideju o autonomiji te je za njih autonomija BiH jedino prihvatljivo rješenje. Saznavši za ovakvo stanje Hrvati, koji su bili veliki zagovornici ujedinjenja, bili su vidno razočarani jer je time bio ugrožen njihov politički cilj. Stranka je svoj stav objasnila u stranačkom listu “Zeman” ističući: “Naš politički program isključuje i dualizam i trializam. Mi smo potpuno svjesni da Muslimani mogu zauzimati svoj današnji položaj samo u autonomnoj Bosni”. Srbi su prihvatili ovakvu ideju iz razloga što su smatrali da će se time Bosna kasnije lakše pripojiti Srbiji. Hrvati su također bili za autonomiju BiH, ali u sklopu Austrougarske kao “hrvatske zemlje”.
