Agrokomerc je poljoprivredno preduzeće sa sjedištem u Velikoj Kladuši. U vrijeme Socijalističke Jugoslavije predstavljao je jednu od najuspješnijih firmi sa oko 13 000 zaposlenih radnika. Njegov veliki ekonomski bum dovest će do jedne od najvećih afera koja je zadesila Bosnu i Herecegovinu.
Izbijanje požara u tvornici 25. januara 1987. godine, prouzrokovat će početak ove afere. I pored puno nagađanja, za požar će biti optužen Poslovni odbor, zbog neinstaliranja protupožarnih aparata. U požaru je stradao jedan od glavnih pogona. Nakon toga Služba državne bezbjednosti (SDB) je ušla u prostorije tvornice kako bi uspostavila red. Pozadina ovog poduhvata je bila potpuno drugačija – zadaća je bila srušiti megalomsku tvrđavu zvanu Agrokomerc. Umjesto da se istražuje problem požara, SDB je krenuo sa provjerom platnog prometa i poslovanja Agrokomerca.
Tokom decembra 1986. i januara 1987. godine pronađeno je 5 lažnih teleksa – naloga koji su dodatno rasplamsali situaciju. Teleksi, koji su stigli iz Prištine, Beograda i Novog Sada vrijedili su ukupno 15 513 989 328 dinara. Iako je Jugoslavija bila potpisnik konvencije o mjenicama, u njoj je postojala posebna mjenica. Suština je bila da se sa njom moglo raditi 90 dana. Dakle novac je bilo potrebno obrnuti u navedenom periodu, kako bi bilo sve po zakonu. Obzirom da se radi o ogromnoj svoti novca predpostavljeno je da on neće biti vraćen u zakazanom periodu. 17. marta 1987. godine formirana je komisija čiji je zadatak bio da istraži nezakonite radnje unutar Agrokomerca.
Predsjedništvo SR BiH je dalo punu podršku tvornici. Jedan od čelnih ljudi Bosanske krajine i BiH, Hamdija Pozderac, naveo je da je sva afera usmjerena zapravo protiv njega i njegove braće u cilju njihovog rušenja, te da se organizirano radi protiv Agrokomerca.
Proces urušavanja komunizma u tom periodu je išao užurbanim koracima, a dominaciju polagano preuzimaju nacionalisti, posebno unutar srpskog korpusa. Nacionalistička struja skoncentrisana oko novog lidera srpskih komunista, Slobodana Miloševića, imala je jasno izrađen plan po kojem je trebalo srušiti sve istaknute nesrpske ličnosti unutar Jugoslavije. U tom poduhvatu imali su i jaku podršku srbijanskih medija koji se nisu libili da lažnim izvještajima BiH predstave kao državu u kojoj ništa ne funkcioniše i gdje buja fundamentalizam. Značajnu ulogu u ovoj aferi odigrao je i bankarski sektor Jugoslavije. Banke su plasirale ogromna sredstva prema Agrokomercu u januara 1987. godine, a sve su se nalazile na prostoru SR Srbije.
Agrokomerc je imao saradnju sa preko 50 banaka širom Jugoslavije, ali je intersantna činjenica da je mahom pred izbijanje afere, veliki broj mjenica sa enormnim iznosom stigao iz srbijanskih banaka. Branko Mikulić, politički predstavnik BiH, insistirao je na provjeri odgovornosti bankarskog sektora, ali to se nikada nije desilo. Prvenstveno jer su bankari imali jakog zaštitnika, Slobodana Miloševića. U avgustu 1987. godine otpočeo je proces potkopavanja BiH i Agrokomerca.
U Sarajevu je, nešto ranije, 30. jula boravila delegacija Jugoslavenskog tržišta novca (JTN) te je ponudila katastrofalne uvjete saniranja afere. Predloženo je da se dug pretvori u trogodišnji kredit koji bi u potpunosti na sebe preuzela Privredna banka Sarajevo (PBS), što znači BiH. Kamate su bile tolike da je planirano da se vrati duplo više novca od stvarnog iznosa duga. U BiH su bili nezadovoljni ovakvim planom, ali se on morao prihvatiti. Ovim se očito nastojala politički i ekonomski onesposobiti BiH. Ipak, situacija u Agrokomercu je bila poprilično “mirna”.
Fikret Abdić je tvrdio da tvornica dobro posluje i da će problem biti riješen. Republički zavod za zakonodavstvo SR Srbije nije očekivao da će BiH pristati na ovakve uvjete, te nastoji novim malverzacijama dodatno ukopati položaj BiH. Naveli su da ovakav čin nije po zakonu, odnosno, da se dug Agrokomerca ne može učiniti kreditom. Zaključeno je da se problem Agrokomerca može riješiti jedino na sudu. Bilo je previše očito da su razlozi ovakvog djelovanja Srbije zapravo političke prirode i da su im mjenice poslužile samo kao oružje za ostvarivanje političkih ciljeva.
Također, Izvršno vijeće SR Srbije, optužilo je rukovodstvo BiH da stoji iza Agrokomerca i afere. Pojavile su se i tendencije da se uvede prinudna uprava nad BiH. Ovo pitanje je bilo ključno i na sjednici Centralnog komiteta Saveza komunista Jugoslavije, koja je održana 8. septembra 1987. godine u Beogradu. Na sjednici se trebao staviti pečat na samostalnost bosanskohercegovačke politike, što je i učinjeno. Branko Mikulić je otvoreno naglasio da je afera najmanje uperena prema Agrokomercu, te da se radi na pokušaju rušenja bosanskohercegovačkog političkog sistema. Sjednica je dovela do ukidanja bosanskohercegovačke političke samostalnosti. Fikretu Abdiću je oduzet poslanički imunitet zbog, kako je navedeno, ugrožavanja privrede SFRJ. Četiri dana poslije, utvrđeno je da je i Hakija Pozderac odgovoran za novonastalu situaciju, a Hamdija Pozderac je podnio ostavku.
Na zatvorsku kaznu su osuđeni: Fikret Abdić, Hakija Pozderac, Alija Alešević i Ibrahim Mujić. Time je praktično okončana afera oko Agrokomerca, ali je velikosrpski projekat iskoristio ovaj događaj kako bi sproveo planirane aktivnosti spram BiH.
