U ljeto 1995. godine Alija Izetbegović je u potpunosti prešao na poziciju lidera bošnjačkog naroda i primarni cilj mu je bio da osigura što povoljniju poziciju za svoj narod. Američka inicijativa promovisana 12. avgusta 1995. godine sadržavala je sedam tačaka i bila je “posljednji američki pritisak za mir”. Bila je to zapravo nadopunjena odluka Kontakt grupe iz 1994. godine kojom je faktički odlučeno formiranje “srpske države” na 49% teritorije Bosne i Hercegovine. Na američku inicijativu Izetbegović je odgovorio vlastitom 18. avgusta. U njoj je Izetbegović naveo da nakon Srebrenice i Žepe mandat UN-a i njegovo rukovođenje Sarajevom više nisu prihvatljivi. Između ostalog, istakao je i neprihvatanje “paljanskog režima”, ali i potrebu da predstavnik OIC-a potpiše mogući sporazum. Novi masakr na Markalama koji se desio 28. avgusta i među Evropljanima je prouzrokovao novu orijentaciju, jer evropska pro srpska politika ničim se više nije mogla vaditi na zvjerstva Srba. Karadžić i Mladić su konačno pred Međunarodnim sudom optuženi za ratne zločine.
Prva reakcija užasnog masakra na Markalama došla je upravo od Generalnog tajnika UN-a, Butrosa Galija koji je svojom dvosmislenom izjavom rekao da se ne treba ništa poduzimati. Na ovakvu izjavu prvi je reagovao Ričard Holbruk izjavivši da je “brutalna tupoglavost bosanskih Srba pružila neočekivanu posljednju šansu da se uradi ono što je trebalo uraditi tri godine ranije”. Amerikanci su od početka rata zahtijevali zračne udare na pozicije Vojske Republike Srpske. Dolaskom Žaka Širaka na mjesto francuskog predjednika u maju 1995. godine, konačno su pronašli jednu evropsku političku figuru koja je dijelila isto mišljenje – da Srbe treba žestoko kazniti. Baš u to vrijeme Izetbegović je bio na putu prema Parizu, gdje je bio planiran i sastanak sa francuskih predsjednikom. Na tom putu, tačnije dok je bio u Mostaru, zatekla ga je vijest o Markalama. U svojim “Sjećanjima” naveo je da je tada imao tešku dilemu – nastaviti prema splitskom aerodromu i dalje prema Parizu ili se vratiti u Sarajevo. Odlučio se za prvu opciju. Međutim, tada je u Mostaru svijetu poslao poruku, koja je debelo izašla iz okvira njegove miroljubive politike, ali zubi su se konačno morali pokazat: “Idem u Evropu da tamnošnje odgovorne ljude upitam dokle će se ta situacija nastavljati i da im ujedno kažem da mi ovo nasilje više nećemo trpjeti. Upotrijebit ćemo sva sredstva koja nam stoje na raspolaganju da se iz ove situacije izbavimo. Hoću da naglasim: sva sredstva. Što se tiče današnjih ubica, njima poručujem da ćemo im vratiti ravnom mjerom, i to uskoro. Taj dan nije daleko”.
Prijetnje koje je izrekao bile su ozbiljne ali i ostvarive zbog oružja koje je Armija Republike Bosne i Hercegovine dobijala već duže vrijeme, pretežno iz Irana. Amerikanci su bili upoznati sa podatkom da su krajem proljeća 1995. godine ARBiH iz Irana dopremljene sofisticirane rakete punjene crvenom živom sa mogućnošću da pogode i najudaljeniju tačku koja je bila pod kontrolom VRS. Poslije ove izjave te rakete će biti izuzete od strane Amerikanaca. Amerikanci su smatrali da ukoliko ARBiH krene stopama Karadžićeve vojske sve može nestati u totalnom hausu. Da li zbog toga ili Holbrukove “posljednje šanse”, NATO snage su dan nakon Marakala pokrenule planske i najveće zračne udare na srpske snage u dotadašnjem toku rata.
Pored Holbruka u rad na “konačnom miru u Bosni”, uključio se i švedski diplomata Karl Bild. Svojim aktivnostima ovaj dvojac doveo je zaraćene strane za pregovarački sto. Ipak, jedna dilema je postojala – pozicija Alije Izetbegovića prema budućnosti BiH. S tim u vezi Holbruk je u američkoj ambasadi u Parizu Izetbegoviću postavio jedno direktno pitanje: “Želite li (Izetbegoviću) jedinstvenu Bosnu sa slabom središnjom vladom ili podjelu?” Izetbegović je bez imalo oklijevanja rekao da želi “prvu opciju”, ali da je spreman pristati samo na “visoku autonomiju srpskog dijela ukoliko baš bude trebalo zarad mira u Bosni”. Holbruk je ovakav odgovor iskoristio da 4. septembra 1995. godine, prilikom susreta u Ankari, od Izetbegovića traži priznanje Republike Srpske, što je Izetbegović kategorično odbio. Holbruk u svojoj knjizi “Završiti rat” navodi da je Izetbegović bio bijesan na ovaj zahtjev i da se dugo opirao ponavljajući nekoliko puta rečenicu kako srpski entitet u Bosni nosi “nacističko ime”. Vjerujući da će teško slomiti Izetbegovića, Holbruk je otišao kod Miloševića da ga nagovori da Karadžić prizna “bosanskohercegovački kontinuitet i državnost”, što je prihvaćeno. Poslije toga, Muhamed Šaćirbegović je izvjestio javnost da je termin RS prihvatljiv. Dana 8. septembra iz Ženeve je Izetbegovića nazvao Klinton rekavši mu da se dokument treba prihvatiti jer će SAD stati iza BiH, no cijena je prihvatanje RS-a
Nakon žustrih pregovora Skuštine RBiH 17. i 18. septembra Izetbegović je nastojao pridobiti zastupnike za prihvatanje plana, što je na kraju uz tešku muku uspio. Tada je odlučeno i da delegacija BiH 1. novembra 1995. godine bude poslana u američki gradić Dejton, gdje će u miru moći dogovoriti detalje koji su ostali nerazjašnjeni. Bosanskohercegovačka strana je nastojala pridobiti još malo vremena da na bojnom polju oslobodi dodatne dijelove teritorije, pogotovo jer su snage ARBiH u zapadnoj Bosni u toku mjeseca septembra i početkom oktobra stekle velike uspjehe. Ipak, 10. oktobra je zaprijećeno da se sa ofanzivom mora stati a da će u suprotnom “biti teških posljedica”. Konačan prekid vatre nastupio je u jednu minutu nakon ponoći 12. oktobra 1995. godine.
Amerikanci su zahtijevali da na pregovorima mogu učestvovati samo predsjednici međunarodno priznatih država. Zbog toga, srpska strana je na zasjedanju “srpske skupštine” u Bijeljini 23. oktobra 1995. godine odlučila da njih u timu, pored Miloševića, predstavljaju Krajišnik, Koljević i Buha. Hrvate je naravno predstavljao hrvatski predsjednik Tuđman, uz Zubaka i Prlića.
Prvi problem i nesporazum nastali su između Bošnjaka i Hrvata zbog suprotnih koncepta i razmišljanja o Federaciji BiH. Zubak i Prlić nisu željeli da se na BiH prenesu nikakve ovlasti i smatrali su da je Federacija država, a i da će RS biti država koja će se brzo odvojiti. Izetbegović i Silajdžić su tražili da se ovo pitanje riješi prije početka pregovora sa Srbima. Ovaj zadatak je povjeren Mihaelu Štajneru, drugom čovjeku njemačke delegacije, koji je uvjerio Tuđmana da će pitanje istočne Slavonije (jedini dio Republike Hrvatske koji je još bio pod srpskom kontrolom) biti riješeno u hrvatsku korist, poslije čega je Tuđman popustio bošnjačkoj strani. Srpska pozicija bila je izrazito teška. Većina pregovarača se prema njima odnosila sa određenim prijezirom i nepoštivanjem. Krajišnika je ljutilo što rukovodstvo RS-a uopšte nije uključeno u pregovore i što nemaju nikakvih informacija o toku pregovora i rezultatima. Slao je pisma Miloševiću koje je ovaj nepročitane bacao u korpu za smeće.
Tokom pregovora i bosanskohercegovačka strana je imala trzavica. Silajdžić se osjećao izoliranim od Izetbegovića i Šaćirbegovića. U toku pregovora Holbruk ga je htio vratiti za pregovarački sto i to na način da izravno pregovara sa Miloševićem. Prigovorio je i Izetbegoviću da želi jedinstvenu državu, a da se i ne pokušava približiti Srbima i Hrvatima. Ali ipak bosanskohercegovačka strana i sam Izetbegović su ti koji su najčešće potencirali pravdu i političko rješenje. Izetbegoviću je to teško palo, a Silajdžić je Holbruku bio jedina opcija. On je zahtijevao da upravo Silajdžić vodi pregovore oko koridora prema Goraždu, što je nakon Izetbegovićevog blagoslova i učinjeno. Koridor prema Goraždu je izazvao prve ozbiljnije nesuglasice i suprostavljanja između Izetbegovića i Silajdžića, no rješenje je pronađeno zahvaljujući generalu Vesliju Klarku. Brčko je sa druge strane bilo Srbima značajno zbog povezivanja istočnog i zapadnog dijela njihovog entiteta. U tom naumu najglasnije su ih podržavali Britanci. Tada ih je Izetbegović podsjetio da je Milošević prihvatio plan Kontakt grupe koji nije sadržavao nikakve odredbe o “srpskom Brčkom”. Izetbegović je predložio arbitražu za ovaj grad u naredna tri mjeseca. Nakon dosta peripetija Milošević je došao Holbruku, poslije kratkog razgovora sa Tuđmanom, i ponudio arbitražu Brčkog u narednih godina dana.
Američka administracija je ovakav rasplet događaja smatrala dobitkom jer je njihov integritet ostao neokrnjen, a i svijetu su se ponovo pokazali kao geopolitička sila koju se treba pitati u rješavanju svjetskih kriza. Klinton je oko podne saopćio radosnu vijest a u 15 sati 21. novembra 1995. godine zakazano je i parafiranje sporazuma. Obraćanje koje je imao ovom prigodom Izetbegović je zaključio riječima: “Ovo možda nije pravedan mir, ali je prihvatljiviji od nastavka rata. U situaciji kakva jest, u svijetu kakav jest, bolji mir se nije mogao postići. Bog nam je svjedok da smo učinili sve što je bilo u našoj moći da nepravda za naš narod i našu zemlju bude manja”. Novinaru magazina “Ljiljan” je na povratku pojasnio šta je značilo: “U svijetu kakav jeste…” odgovorom da je to svijet u kojem je moguće povesti nepravedan rat i nametnuti nepravedan mir.
