Drugog dana mjeseca maja 1992. godine predsjednik Predsjedništva Republike Bosne i Hercegovine Alija Izetbegović, vraćajući se sa pregovora u Lisabonu (Portugal), biva zarobljen na Sarajevskom aerodromu od strane Jugoslavenske narodne armije. Poslije pregovora, koji su uslijedili nakon blokade sjedišta tadašnje Druge armijske oblasti JNA od strane Patriotske lige, odlučeno je da Izetbegović bude posredstvom UNPROFOR-a prebačen u opsjednuti grad. Izetbegović je tada ustvrdio da je ovim događajem “preovladao strah od četnika” i da su skinuti “psihološki okviri”. Poslije etničkog čišćenja na prostoru koji je bio pod kontrolom srpske vojske, Izetbegović se pitao da li je sukob mogao biti spriječen. U jednom dnevničkom zapisu kaže: “Do istupanja Slovenije i Hrvatske – da, nakon ovog – ne”.
Predsjedništvo je ratno stanje proglasilo 20. juna 1992. godine i usvojilo Platformu kojom se pozivalo na “aktivno uključenje u patriotski front borbe protiv agresije”, u trenutku kada su na prostoru kojeg su okupirale srpske snage postojala već 94 koncentraciona logora. Odmicanjem rata i “čudom bosanskog otpora”, kako ga je nazvao Izetbegović, stasavala je i Armija Republike Bosne i Hercegovine, čiji je osnovni problem bio nedostatak naoružanja i embargo na uvoz istog. Unatoč tome, kako svjedoči Izetbegović, od 1994. godine nizom dogovora Predsjedništva i vojnog vrha, on je uz prešutnu saglasnost nekih zapadnih vlada i SAD-a kršen više puta. Ključna pošiljka oružja stigla je brodom iz Irana 1995. godine, kada je po Tuđmanovom nalogu 50% pošiljke zadržano u luci Ploče, dok je na putu kroz Srednju Bosnu HVO pošiljku “olakšao” za dodatnih 25%. Iako znatno umanjene, količine oružje iz Irana bile su presudne za odbranu nekih dijelova fronta. Situaciju na frontu Izetbegović je ponajbolje opisao za njemački list “Stern” pred kraj rata: “Od početka rata istovremeno teku dva procesa. Mi smo svaki dan sve jači, oni su sve slabiji. Ovi procesi nisu pravolinijski, niti su tekli istom brzinom, ali opća tendencija je takva kako sam upravo opisao. Već dugo, naša pješadija je bolja od njihove. Ili, da obrnem stvari. Naš hendikep je teško naoružanje, tačnije artiljerija; njihov hendikep je pješadija. Bit će još neugodnih iznenađenja i za nas i za njih, ali, u cjelini gledano, uspostavili smo ravnotežu i preuzeli inicijativu. Ravnoteža je strateške prirode, inicijativa je za sada samo taktička. Kako se mogu objasniti uspjesi kod Bihaća, Kupresa, Sarajeva? Ima mnogo faktora, ali onaj najvažniji, moralniji, nije podoban za analizu. Radi se o jednodušnoj unutrašnjoj odluci našeg naroda da opstane, naroda koji je bio osuđen na uništenje”.
“Ako je narod vitalan, ako ima morala, on je nepobjediv”, tvrdio je Izetbegović. Uporno je obilazio linije fronta tokom čitavog rata i svojim prisustvom ohrabrivao vojnike. Za ilustraciju Izetbegovićeve filozofije i etike, pa i u ratu, može poslužiti niz njegovih izjava, govora i reakcija u vezi s odnosnom prema protivniku i neprijatelju. Tako na primjer, na jednoj sjednici Glavnog odbora SDA u Sarajevu Izetbegović je odmjereno i odlučno poručio kako je borba Bošnjaka i drugih građana BiH za slobodu, protiv brutalne agresije i zločina paravojnih jedinica, pravedna. Ta pravednost, međutim, podrazumijeva poštivanje svih zakona, pravila i običaja ratovanja civilizovanih naroda. “Mi nismo kao oni”, rekao je pritom, “mi se ne borimo na isti način i ne činimo zločine. Svaki zločin učinjen u toj borbi nema opravdanja i zaslužuje kaznu. Mi smo demokrate, oni su fašisti”. Naime, Izetbegovićeva ratna platforma imala je tri cilja – održavanje BiH kao samostalne i suverene države, uz očuvanje njezina teritorijalnog integriteta u međunarodno priznatim granicama, odbranu od agresije i genocida; čuvanje standarda ljudskih prava i sloboda te Ustava i demokratskog poretka na teritorijama koje je kontrolisala legitimna vlast, kao i čuvanje multietničkog karaktera te vlasti.
Paralelno sa oružanom borbom trajali su i pregovori, održavane međunarodne konferencije – Ženeva, Nju Jork, Helsinki, Budimpešta itd. Izetbegović je bio primoran pojašnjavati događaje u BiH. Ponavljao je ustrajanu tezu da je riječ o agresiji na jednu nezavisnu zemlju, koja se “nije pripremala za rat, nego za mir”. Iznosio je detalje o snazi srpske vojske i vojnom nesrazmjeru napadača i branioca, o političkom kontekstu agresije, genocidu, o stanju u zemlji, apsurdu embarga i sl. U takvim nastupima nije izbjegavao oštro kritikovati politike vlada zapadnih zemalja prema ratu u BiH. Više je puta pisao Generalnoj skupštini Ujedinjenih nacija tražeći hitnu vojnu intervenciju protiv srpskih snaga ili ukidanje embarga na naoružanje kako bi se žrtva mogla braniti. Njegovo raspoloženje o posljednjoj trećini rata opisuje njegov govor na samitu Organizacije za sigurnost i saradnju (OSCE) u Budimpešti 5. decembra 1994. godine. “Posljednji događaji u našoj zemlji ispunili su me gorčinom pa ću biti kratak i izravan. Ima doista nešto od ironije u činjenici da pred ovim visokim forumom organizacije koja je prije dvadeset godina stvorena radi sigurnosti i saradnje, i koja te dvije velike riječi ima u svom imenu, moram govoriti o nečemu što je sasvim suprotno tome: o nesigurnosti i nesaradnji. (…) Jedan gospodin, visoki funkcioner, s ciničnom ravnodušnošću objavljuje svijetu i narodu kome prijeti pokolj i uništenje – da su Srbi pobijedili. Kao da se radi o fudbalskoj utakmici, a on svira kraj! (…) Pariz i London su od početka nastupili kao zaštitnici Srbije, blokirali Vijeće sigurnosti i NATO, i time spriječili sve korake zaustavljanja srpskog napadačkog rata. (…) U Bosni se radi o sukobu između demokratije i najcrnjeg nacionalizma i rasizma. Naši protivnici priznaju samo jednu (svoju) naciju, priznaju samo jednu (svoju) vjeru, samo jednu političku stranku. Sve što nije njihovo osuđeno je na istrebljenje. Čak su i groblja preorana. Pročitajte posljednji izvještaj specijalnog izvještača Ujedinjenih nacija gospodina Mazovickog o tome šta se radi na teritorijima pod kontrolom napadača! Upitao bih neku gospodu koja predano radi na tome da od ovog čudovišta što sebe zove ‘republikom srpskom’ napravi državu – a neki od te gospode sjede i u ovoj sali – hoće li sutra raditi na tome da ta ‘republika’ bude priznata i da njeni tvorci sljedeći put sjede ovdje sa nama? Upitao bih gospodu hoće li, spremaju li se da tu tvorevinu, zasnovanu na nasilju i genocidu, danas – sutra pozovu u porodicu civilizovanih zemalja? (…) U oslobodilačkim ratovima neka neuhvatljiva veličina koja se opire analizama. Stoga se neki vojni i politički analitičari na Zapadu stalno varaju u prognozama. Naš narod se bori za slobodu, ili više od toga, za opstanak. Takva borba se obično teško vodi, ali teško i gubi. Nijedan oslobodilački rat u posljednjih pedeset godina nije izgubljen. Ne znam zašto bi bio naš. Niko i ničim ne može prisiliti 150 000 vojnika da polože oružje. Preporučio bih svakom da o ovoj činjenici vodi računa i zbog nas i zbog sebe. Nadam se da mi prijatelji Bosne neće zamjeriti na ovim riječima, a za one druge, nakon svega nije me briga. Hvala!”
Izetbegović je uvidio da da se do koliko – toliko pravednog mira neće doći evropskim inicijativama i prijedlozima i sve se više počeo oslanjati na SAD. Planovi evropskih posrednika svodili su se na perpetuiranje Kutiljerovog obrasca etnoteritorijalizacije, i to na bazi rezultata agresije i genocida, realnosti na terenu i to u uvjetima embarga na uvoz naoružanja. Tokom 1993. godine predstavljena su dva plana – Vens-Ovenov i Oven-Stoltenbergov – jedan gori od drugog. Pod uvjetima teške neravnoteže bosanska strana prihvata Vens-Ovenov plan, no odbija ga srpska strana. Nastavak rata donio je prednost srpskoj strani, pa je drugi predviđao uniju triju etničkih republika s pravom otcjepljenja što bosanska strana nije prihvatila. Tačnije Izetbegović je uvjetovao da se srpska vojska povuče sa određenih položaja koji su bili vitalni za odbranu i konsolidaciju fronta, a kada je to učinjeno taktički je bosanska strana odbacila plan. Prilikom pregovora bosanska strana je dala uvjet koji srpska nije mogla prihvatiti i taj je plan 22. decembra 1993. godine propao. No, upravo je ne prihvatanje Vens-Ovenovog plana bio jedan od razloga početka sukoba između ARBiH i HVO. Naime, hrvatska strana koja je prihvatila plan, zahtjevala je povlačenje snaga ARBiH sa teritorije koji je njoj pripao. Kada je to odbijeno otpočeo je sveopći napad na linije ARBiH. Nastao je najteži period rata i najvećih Izetbegovićevih iskušenja, koji su ga vodili do vrlo riskantnih manerviranja u pregovorima, te otežanih diplomatskih odluka, naročito u muslimanskom svijetu. Sa već stečenim uglednom u islamskim zemljama, Izetbegović daje velike diplomatske napore, koji su dali željene rezultate. Članice Organizacije islamske saradnje (OIC) odlučuju pomoći napadnutoj zemlji, bez obzira na razlike u svojim redovima i sukobe. Ipak, imale su odlučujući pritisak od američkog predsjednika Klintona koji je odlučio da se uključi u rješavanje rata u BiH. U tom segmentu SAD su postale najmoćniji i najveći saveznik BiH.
Prva uspješna inicijativa bila je prisiljavanje Hrvatske i njezinih paravojnih formacija na prihvatanje nešto izmijenjene inicijative probosanskog Hrvatskog narodnog vijeća i potpisivanje Vašingtonskog sporazuma kojim je prekinut sukob ARBiH i HVO. U njoj, ali i u kasnijim naporima, su važnu ulogu odigrali turski predsjednik Sulejman Demirel i premijer Turgut Ozal, koji su potkupili Tuđmana davši mu dojam važnog sagovornika i partnera. Drugi napor je bio formiranje tzv. Kontakt grupe 25. aprila 1994. godine, koju su činile SAD, Velika Britanija, Francuska, Njemačka i Rusija. Uz odlučnu asistenciju Rusije, ali i Velike Britanije i Francuske, tada je prvi puta usvojen plan “51:49” odnosno 51% teritorije da pripadne Federaciji, a 49% Republici Srpskoj, ali i odluka o prisustvu NATO jedinica. Time je najavljen kraj rata i dat konačni mirovni okvir. Na Drugom bošnjačkom saboru održanom 18. jula 1994. godine Izetbegović je o planu Kontakt grupe izjavio da je plan nepravedan, ali da alternative nema jer je ovo posljednji koji će predložiti međunarodna zajenica. Ukoliko se on odbije nemoguće će biti predvidjeti konsekvence. Kontakt grupa žurila je donijeti konačno održivo rješenje, te je u julu 1995. godine usvojila tzv. Plan Kontakt grupe kao posljednje rješenje o podjeli teritorije na 51% odnosno 49%. No postavljalo se pitanje kako taj plan realizirati, uslijed neravnoteže u naoružanju i činjenice da je srpska strana još uvijek držala više od 51% teritorije. Izetbegović je svim naporima pokušavao izdejstvovati ukidanje embarga ili dostavljanje naoružana putem kršenja embarga, na što su SAD “žmirile”, ali osim Irana koji je nastavio kontinuirano slati naoružanje ARBiH, podrške nije bilo. Samo je američki Kongres usvojio zaključak da će unilateralno prekinuti embargo ako srpska vojska ne zaustavi vojne akcije i ne pristane na mirovno rješenje. U to vrijeme, tačnije 28. avgusta 1995. godine, sa srpskih položaja iznad Sarajeva ispaljen je projektil na sarajevsku pijacu Markale uslijed čega je počinjen jedan od najtežih zločina nad stanovništvom Sarajeva. Iako nije prvi, ovaj čin je konačno izazvao reakciju zapadnih zemalja i početak bombardovanje srpskih položaja. Poražavajuća je činjenica da niti jedan raniji zločin uključujući ni genocid u Srebrenici nije izazvao intervenciju.
Pred kraj, a naročito poslije, u javnosti su se pojavile spekulacije da je Srebrenica “zamijenjena” za neku drugu teritoriju, posebno za Sarajevo, te da je ispala žrtvom strategije vlasti u Sarajevu da bi se isprovocirala vojna intervencija. Izetbegović tim optužbama odgovara u memoarima u kojima iznosi stav da je zbog ukupnih okolnosti, koje su vladale još 1993. godine, evakuaciju stanovništva smatrao razumnim rješenjem. On kaže: “U samom gradu situacija je bila u svakom pogledu vrlo loša. Povremeno je nedostajalo hrane, a nedostatak soli bila je svakodnevnica. (…) Zbog teške situacije često su iznošene ideje o zamjeni Srebrenice i preseljenju stanovništva, ali su te ideje odbacivane. To je bio rezultat savjetovanja s političkim i vojnim rukovodstvom Srebrenice. Oni su vjerovali da se mogu odbraniti. Meni se činilo da je situacija, u slučaju masovnijeg neprijateljskog napada neodrživa i bio sam za evakuaciju, ali nisam insistirao. Koliko se sjećam, ni vojnici nisu bili za evakuaciju.”
Zločin na Markalama kao i satelitski snimci o nizu svježih grobnica oko Srebrenice, bili su čin koji je prelio čašu kod Amerikanaca. Zapadne zemlje su se, i pored neslaganja, konačno odlučile snažnije djelovati u korist vojne ravnoteže, ali i zbog velikog pritiska vlastite javnosti. Čak niti Rusija nije mogla negodovati, suočena sa magnitudom zločina. Izetbegović je u svom dnevniku zabilježio: “Tridesetog augusta 1995., s više od tri godine zakašnjenja, uslijedili su masovni zračni udari na položaje Karadžićeve vojske širom Bosne”. Vijest o pokolju na Markalama zatekla ga je u Mostaru, na putu da iz Splita odleti za Pariz. Sutradan ga je primio francuski predsjednik Širak koji mu je rekao da su Francuzi spremni na zračne udare na položaje srpske vojske, dok Amerikanci još oklijevaju. Iste večeri, Izetbegović se susreo u američkoj ambasadi sa Ričardom Holbrukom. Taj događaj je zabilježio u svojim “Sjećanjima”: “Gospođa Hariman (američka ambasadorica u Francuskoj, op.a.) nas je srdačno dočekala i uvela u veliko predsoblje. Odmah sam u uglu za telefonom primjetio Ričarda Holbruka. Klimnuo sam mu u znak pozdrava, na što mi je on, na moje iznenađenje, dao znak rukom da dođem, pokazujući mi telefonsku slušalicu. Sve je bilo očito dobro sinhronizovano i sigurno sam samo ja, a niko od Amerikanaca, bio iznenađen. S druge strane javio se Strobe Talbot, zamjenik tadašnjeg državnog sekretara SAD Varena Kristofera. On mi je približno rekao sljedeće: ‘Molim vas da nastavite sarađivati s ambasadorom Holbrukom na traženju uslova za mir u Bosni. Znam Vaše dileme i razumijem ih. Uvjeravam Vas da jučerašnji zločin nad građanima Sarajeva neće ostati nekažnjen. Izvršit ćemo udare na Karadžićeve položaje!’ Zvučao je vrlo odlučno.” Sutradan, 30. avgusta 1995. godine započeli su napadi na srpske položaje širom BiH. Ubrzo je i ARBiH, zajedno sa hrvatskim snagama, zabilježila velike uspjehe oslobodivši blizu 5 000 km2 teritorije. To je uspostavilo ravnotežu te znatno oslabilo pregovarački položaj srpske strane. Posebno je bila značajna operacija u zapadnoj Bosni “Sana 95”, koja je počela 13. septembra 1995. godine i u kojoj je učestvovalo oko 16 000 pripadnika ARBiH. Time je otpočela završna – oslobodilačka faza rata, koja će biti okončana potpisivanjem Dejtonskog sporazuma 21. novembra 1995. godine. Niz velikih akcija doveo je snage ARBiH pred vrata Bosanskog Novog, Prijedora, Banja Luke i Doboja, ali je uslijed američkih prijetnji da će i ARBiH biti bombardovana, jer su oslobodilačke akcije “već premašile zacrtanih 51% teritorije”, bosanska strana bila primorana prekinuti akcije. Posljednji Izetbegovićev poduhvat, na mjestu Vrhovnog komandanta ARBiH, bilo je parafiranje sporazuma o prekidu vatre 13. oktobra 1995. godine. Izetbegovića kao Vrhovnog komandanta ARBiH opisao je francuski putopisac Bernard Levi riječima “melahonični vojskovođa”.
