Dolaskom Austrougarske 1878. godine, jedan od ciljeva nove politike je bio i udaljavanje Bošnjaka – muslimana od Istanbula. Tim austrougarskim planovima je pogodovalo i postojanje jedne, među muslimanima, pomirljive struje koja je bila “favorizirana od zemaljske vlade i bila spremna za sporazumijevanje i prilagođavanje”. Bili su to ljudi iz viših feudalnih i trgovačkih krugova i iz dijela utjecajnije uleme, koji nisu učestvovali u oružanim borbama prilikom okupacije Bosne i Hercegovine. Među takvim su se naročito isticali: Mustaj beg Fadilpašić, Mehmed beg Kapetanović Ljubušak, Jusuf beg Filipović, Ali paša Čengić i Mustafa Hilmi Omerović.

Po nagovoru generala Josipa Filipovića, 50 muslimanskih podržavatelja okupacije BiH (22 posjednika, 15 vjerskih službenika i 13 trgovaca), uputili su austrijskom caru adresu – peticiju, u kojoj su od njega tražili otcjepljenje od sultana, prekidanje svih vjerskih veza sa islamskim vjerskim autoritetima u Istanbulu tj. Osmanskom carstvu, postavljanje domaćeg čovjeka za vjerskog poglavara bosanskih muslimana. U peticiji su naveli da priznaju krunu Habsburgovaca, a ne Osmanlija, te su izrazili želju da Bošnjaci – muslimani nesmetano i dobrovoljno služe u austrougarskoj vojsci. Ova delegacija je početkom decembra 1878. godine otišla caru u Beč kako bi se caru “zahvalila na okupaciji BiH”. Slična deputacija upućena je i iz Mostara u Beč i Budimpeštu.

Nakon sporazuma između Beča i Istanbula, uz saglasnost šejhul islama, za bosanskog muftiju je postavljen Mustafa Hilmi Omerović, koji je uz to dobio i ovlaštenja da može imenovati sve vjerske službenike i šerijatske sudije. Proces duhovog i političkog odvajanja Bošnjaka – muslimana od Istanbula okončao je novi zajednički ministar finansija Benjamin Kalaj, koji je pod utjecajem sarajevskih muslimana caru predložio muftiju Omerovića za prvog bosanskohercegovačkog reisul – ulemu, 1882. godine. Tako je austrijski car dekretom od 17. oktobra 1882. godine donio odluku o postavljanju Omerovića na funkciju prvog reisul – uleme. Time se ova godina uzima kao godina formiranja samostalne islamske zajednice u BiH. Istovremeno su imenovana i četvorica članova Uleme medžlisa, kao vrhovnog tijela za vjerska pitanja, kao i Zemaljska vakufska komisija koja je bila zadužena za vakufske i mearifske poslove. Ipak, najveći broj Bošnjaka – muslimana se suprostavio ideji odvajanja od Istanbula, jer im je bilo nezamislivo da se prekida višestoljetna duhovna veza sa Istanbulom, kao njihovim duhovnim centrom.