Predsjednik Predsjedništva Bosne i Hercegovine Alija Izetbegović je pod pritiskom i zahtjevima raznih republičkih struktura i naroda, u avgustu 1991. godine zahtijevao suštinske promjene Jugoslavenske narodne armije kada je u pitanju njezino ponašanje prema BiH. Zatražena je balansirana nacionalna struktura kadra, gdje su svi generali bili srpske nacionalnosti, te da se utvrdi da li je JNA jugoslavenska ili srpska vojska. Traženo je i objašnjenje šta zapravo JNA radi na teritoriji BiH.
General Veljko Kadijević je, shodno tome, zahtijevao da se nađe kompromis sa Bošnjacima te da budu tretirani ravnopravno u budućoj “krnjoj Jugoslaviji”. Temelji takve Jugoslavije udareni su 12. avgusta 1991. godine od strane Slobodana Miloševića, koji je svoj stav objelodanio u tzv. Beogradskoj inicijativi. Za formiranje takve Jugoslavije Bošnjaci nisu bili ništa pitani, niti se sa njima konsultovalo. Čak se ni lider Mulimanske bošnjačke organizacije Adil Zulfikarpašić, koji je sa Miloševićem i Karadžićem, dogovorio “historijski sporazum” i pristao da BiH ostane u sastavu Jugoslavije, nije konsultovao. Nakon Beogradske inicijative, Miloševićev režim je tokom septembra i oktobra 1991. godine užurbano radio, uz pomoć Karadžićevog SDS-a i JNA, na sprovođenju ovog plana. Tih mjeseci BiH je potresana iz temelja. Carovalo je bezvlašće, štabovi JNA su radili šta su htjeli, a zemlja je dobrim dijelom bila uvučena u rat koji je vođen u Hrvatskoj između JNA i hrvatske vojske. Ekonomija je bila u lošem stanju, dok su Bošnjaci bili zastrašivani, vrijeđani i izazivani da se dignu na ustanak. Čitava BiH je pretvorena u vojni logor sa enormno velikom količinom raznog naoružanja. Mnogima je bilo očito da bi BiH mogla pasti na putu velikosrpske politike. Koliko je srpska strana aktivno i licemjerno radila na ostvarenju ovog plana, dovoljno govori slučaj na Konferenciji mira u Hagu 7. septembra 1991. godine, kada je Milošević, bez ikakvih skrupula, pred predstavnicima Evrope i predsjednikom Predsjedništva BiH Alijom Izetbegovićem izjavio da je “Beogradskom inicijativom” stvorena nova Jugoslavija koju čine Srbija, Crna Gora i Bosna i Hercegovina. Takav pokušaj, gotovog čina, nije prošao, ali je otkrio i Evropi u koliko ozbiljnom položaju se nalazi BiH u jugoslavenskoj krizi, što je znatno utjecalo na buduću podršku kada je u pitanju referendum za nezavisnost.
Jedan od najbližih Miloševićevih saradnika, akademik Mihajlo Marković je u listu “Politika”, krajem avgusta 1991. godine, također definisao šta ovaj sporazum predstavlja. Naveo je da je san o zajedničkoj državi sa Slovencima i Hrvatima propao, te da treba napraviti razgraničenje. Nova granica “krnje Jugoslavije” mora u Hrvatskoj ići linijom razgraničenja srpskog i hrvatskog naroda. Glavni oslonac u tome bi bila JNA koja bi zaposjela novu granicu i spriječila daljne napade paravojnih formacija iz Hrvatske i Slovenije. Za njega je BiH kao država realnost u novoj Jugoslaviji, koja bi za Bošnjake i Srbe bila jedino rješenje. Bošnjacima je poručio da ne sanjaju o mogućem ujedinjenju sa Sandžakom i Kosovom, a da se Srbi ne zanose sa podatkom da su Bošnjaci – Srbi muslimani i da će nova Jugoslavija postati savez srpskih država.
Daleko oštriji po pitanju planova “krnje Jugoslavije” je bio Vojislav Šešelj koji je upozorio Bošnjake da ne smiju odustati od nove Jugoslavije riječima: “Muslimane smo upozorili da ponovo ne budu oružje u zločinačkim hrvatskim rukama. Ako se ponovi istorija, srpska će osveta biti strašna. Kada primenimo mere odmazde, nećemo se zaustaviti do Anadolije…”
