Nakon što je regent i namjesnik Kraljevine Jugoslavije, knez Pavle 25. marta 1941. godine potpisao pristupanje Trojnom paktu (savezništvo sa nacističkom Njemačkom) otvoren je put novim političkim i vojnim razračunavanjima. U takvim okolnostima među Bošnjacima su se počele razvijati dvije političke ideje – prva religijska i konzervativna utemeljena na tradiciji i druga komunistička proizašla iz revolucionarnog naboja. Sa druge strane previranja su došla u najgorem mogućem periodu po Bošnjake jer su oni bili obezgavljeni i bez jakih političkih predstavnika. Smrti reisa Džemaludina Čauševića i Mehmeda Spahe, ključnih figura bošnjačke politike prve polovine XX stoljeća, došle su u veoma teškim vremenima po Bošnjake i Bosnu i Hercegovinu, koja je bila podijeljena i izbrisana sa historijske karte, a bošnjački narod je bio sveden samo na statistički broj.

U odgovoru Ministru bez portfelje (lisnice) Bariši Smoljanu u novembru 1939. godine Husaga Čišić nedvosmisleno potvrđuje jasne bosanskohercegovačke identitetske i nacionalne premise, kao i bojazan za budućnost domovine: “Mi Bosanci nijesmo ničija prćija i nikome nećemo priznati pravo da nas cijepa i dariva kao tegleću marvu. Ali još jednom imam da primijetim izvode našeg uvaženog g. Ministra bez lisnice, a to je da ni malo od nas nije poželjno da nas u pitanjima ove vrsta nazivaju braćom muslimanima, jer to ovdje ne želimo da budemo. Mi ćemo ubuduće nastupati kao takvi samo u vjersko prosvjetnim pitanjima, a ovdje smo samo Bosanci i ništa drugo. Naša je želja da pod svoj bajrak okupimo sve zdrave elemente naše uže domovine BiH koji ovu ispaćenu i porobljenu zemlju vole sinovskom ljubavlju. Ako se već ne nađe razumijevanja za naše opravdane zahtjeve, u krugu onih, koji sada imaju vlast u svojim rukama, pitanje bosanske samostalnosti ostaće za nas otvoreno sve dotle dok svojoj Otadžbini čast ne povratimo.”

Dobro oslabljeni i dezorijentisani Bošnjaci Drugi svjetski rat su dočekali nepripremljeno i sa velikom nejasnoćom. Politička moć i pozicija dodatno su se gubili u velikom valu iseljenja, što je još više davalo dojam da Bošnjaci gube svoju poziciju unutar jugoslavenske zajednice. Neprincipijelni dogovori Sovjetskog saveza, Njemačke i Velike Britanije u godinama pred rat i u toku rata, kod Bošnjaka su izazvali zbunjenost o pravoj strani. U takvim okolnostima muslimani Balkana, pa samim time i Bošnjaci, tokom Drugog svjetskog rata su gledali prema Turskoj očekujući konkretne poteze ove države. Ipak, kako je Turska proglasila neutralnost u ovom ratu tako je takav status uticao i na Bošnjake koji su dosta sporo donosili svoje odluke o tome koju zaraćenu stranu podržavaju. U julu 1941. godine predstavnici Bošnjaka Sandžaka poslali su memorandum turskom maršalu Fevzi paši sa molbom da ova pokrajina bude uključena u sastav Bosne. Zvanična turska politika nije reagovala na ovu inicijativu slijedeći kurs neutralnosti.

Formiranje Nezavisne države Hrvatske u prvim danima rata, imalo je negativnu posljedicu po Bošnjake. Brojni su podržali ustaški režim, ali obzirom na loše iskustvo i ugnjetavanje od strane bivšeg jugoslavenskog – srpskog režima, teško je bilo očekivati brzo i otvoreno neprijateljstvo prema ustaškim vlastima. Ipak, Bošnjaci, osim uskog kruga višeg sloja, već u kasno ljeto i jesen 1941. godine se nizom rezolucija distanciraju od zločina ustaškog režima. Jedan od najvećih problema bošnjačke političke dezorijentacije ležao je u ovim previranjima – nelogično i netačno portretiranje društveno – političkih grupacija kroz fašizam i antifašizam, koje je uslijedilo u poslijeratnom periodu, a na valu socijalističke historiografije i želje da se izjednačavanjem dođe do šireg društvenog kompromisa u Jugoslaviji. Da je NDH predstavljala klopku za Bošnjake i da ustaške vlasti nisu gajile nikakvu simpatiju prema njima, već da su im slušili samo kao oruđe njihove zločinačke politike, svjedoče riječi fratra Božidara Brale, izrečene u Zenici u prvim mjesecima 1942. godine: “Mi puškom i nožem u ruci biološki istrebljujemo Srbe, a uspjeli smo našom mudrom politikom da Srbi istrijebe Muslimane. Ostatak Muslimana mi ćemo sami likvidirati”. Primjer toga je zloupotreba fesa, koji je bio uglavnom vezan za Bošnjake. Naime, prema faksimilu Ministarstva domobranstva NDH, fabrika fesova iz Sarajeva je Bjelovarskoj pukovniji domobrana 1941. godine prodala 5 000 fesova. Noseći te fesove, dok su vršeni zločini, ustaše i domobrani, katolici, su uzvikivali: “Udri Haso, udri Huso, udri Mujo…” Time je prouzrokovan veliki gnjev srpskih civila prema Bošnjacima, čiji je produkt bio niz zločina nad Bošnjacima.

Historiografija, kako ona tokom socijalističkog perioda tako i ona nastala raspadom Jugoslavije, često je kreirala tokove Drugog svjetskog rata po vlastitim željama i interpretacijama. Tako je, naprimjer, izgrađeno mišljenje da je srpska strana tokom Drugog svjetskog rata bila na strani antifašista, a da je bošnjačka, u najmanju ruku imala nejasnu poziciju, a često i bila privržena fašizmu. Dok se srpska pozicija u ratu izgrađivala na mitovima o Jasenovcu i ustanku, Dražinim četnicima kao isključivo antifašistima i sl. bošnjačka se dominantno izgrađivala na mitu o “muslimanskoj prevrtljivosti i nedosljednosti” i velikom učešću Bošnjaka na strani Njemačke i NDH. Vješto se nastoji u drugi plan staviti srpska saradnja sa nacizmom – Nedićeva kolaboracija i otvoreno antisemitsko djelovanje, četnički zločini u BiH, Hrvatskoj i Sandžaku, te Moljevićev genocidni plan prezentiran u “Homogenoj Srbiji”. Bošnjačkoj strani, pak, određeni slobodarski oblici djelovanja kao što su “muslimanske rezolucije”, pobuna pripadnika 13. SS divizije u Francuskoj, te počinjeni zločini nad pripadnicima ovog naroda tokom rata nisu uzimani kao “krdit” iz rata.

Bošnjacima se i danas podlo na pleća stavlja teret ustaškog pokreta i tobože podrške. Historijske činjenice govore da je tek jedna osoba bila u ustaškoj emigraciji u Italiji, tokom tridesetih godina XX stoljeća gdje su pripremali teren za osnivanje ustaške države, a i ona je na kraju, zbog sukoba sa “revolucionarima” zbog brutalnosti ustaških metoda, progonjena i na kraju zatvorena u logor Jasenovac. Riječ je o Muhamedu Pilavu (mada Pilav u svojim spisima navodi još jednu osobu, izvjesnog Hasana Huskića, kojeg su ustaše ubile prije njegovog dolaska). Ovakve tvrdnje i proizvoljnosti opovrgnute su u vrlo dobrom djelu britanskog historičara Marka Atile Hoarea “Bosanski muslimani u Drugom svjetskom ratu”, u kojem je pobio skoro sve teze o kolaboraciji i fašizaciji bošnjačkog naroda.

Sa druge strane Komunistička partija Jugoslavije i partizanski pokret, Bošnjacima su obećali ravnopravnost i sigurnost, zbog čega su oni počeli pristupati partizanskom pokretu. Istina, u prvom periodu rata taj proces se sporo odvijao, ali je nakon osnivanja 16. muslimanske brigade 1943. godine taj proces poprimio šire oblike. Nurija Pozderac bio je jedan od prvih bošnjačkih uglednika koji je pristupio partizanima. Na Prvom zasjedanju AVNOJ-a u Bihaću izabran je za potpredsjednika Izvršnog odbora AVNOJ-a. Drugi oblik aktivizma vidljiv je u liku Adila Zulfikarpašića koji je još kao adolescent pristupio komunističkoj omladini, a 1937. godine isključen je iz fočanske gimnazije zbog sudjelovanja u organizaciji štrajka u lokalnoj drvnoj industriji. Iako je nakratko bio isključen iz KPJ, nastavio se baviti partijskim radom koji je krunisan formiranjem Više partijske škole.

U strukturama izvršne vlasti NDH kao najznačajniji bošnjački predstavnici našli su se: Džafer i Osman Kulenović, Ademaga Mešić, Mehmed Alajbegović, Hilmija Bešlagić, Meho Mehičević i Hakija Hadžić. Prohrvatsku struju veoma plastično je predstavljao Osman Kulenović koji je, nako što je uvidio u kojem smijeru ide ustaška politika, nakon samo tri mjeseca na čelu potpredsjednika vlade NDH podnio ostavku. No ovaj postupak nije mnogo značio komunističkim vlastima koje su ga u sudskom procesu iz 1947. godine osudile na smrt vješanjem. Sa druge strane, njegov brat koji ga je naslijedio na mjestu potpredsjednika vlade, vrlo je jasnije pristajao uz hrvatske nacionaliste i javno isticao svoju “ustašku opredjeljenosti”. No njegov nacionalizam nije isključivao jasnu pripadnost islamu i domovini BiH. Njegovo hrvatstvo bilo je zapravo romantična ideja zajedničkog otpora velikosrpskoj hegemenoiji. Kao jedan od idejnih tvoraca Sarajevskih punktacija, kojima je JMO osudila diktaturu kralja Aleksandra i velikosrpske pretenzije prema cijeloj BiH, izgradio se u prohrvatskog političara. Njegova izjava, “Gospodo, ja sam Hrvat i hrvatski nacionalista… i ne samo da sam Hrvat i nacionalista nego su bosanski muslimani kao cjelina Hrvati, dio hrvatskog naroda”, i danas se koristi kod hrvatskih nacionalista kako bi se dokazala tzv. rasprostranjenost hrvatske ideje među Bošnjacima.

Ko god Bošnjacima pripisivao fašizam, u historijskom smislu a samim time u konktekstu političkih tokova Drugog svjetkog rata, njima su obraz osvjetlale tzv. “muslimanske rezolucije”. Naime, radi se o intelektualnom i političkom poduhvatu poduzetom krajem ljeta i tokom jeseni 1941. godine kojima su predstavnici bošnjačkog građanstva digli glas i ogradili se od ustaške politike i osudili progone i istrebljenje srpskog naroda. Putem niza rezolucija – sačinjene u Zenici, Sarajevu, Prijedoru, Mostaru, Banja Luci, Tuzli, Bijeljini i Trebinju – upućenih najvišim predstavnicima organa vlasti NDH, izražen je protest i iskazan humanizam po prvi put u porobljenoj Evropi.