Dokaz da je domaće stanovništvo Bosanskog ejaleta više bilo okrenuto sebi i Bosni, nego li osmanskoj državi i Istanbulu, imamo u pobunama Bošnjaka koje se dešavaju tokom XVII i XVIII stoljeća. Pobune su bile produkt propusta lokalne i centralne osmanske vlasti, što je nagnalo Bošnjake da se bune kao i ostali sultanovi podanici širom Carstva. Da su svjesni Bosne, Bošnjaci dokazuju već 1636. godine kada u Sarajevu izbija prva pobuna protiv osmanske vlasti. Seljaci sarajevskog kadiluka su se u to vrijeme pobunili protiv ubiranja poreza bade – l šayka. Tom prilikom je opljačkana sarajevska sudnica a ubijen je i jedan sudija. Sljedeća pobuna Sarajlija se događa 1650. godine a povod je bio tadašnji defterdar Mehmed paša, koji je od Sarajlija pokušao protuzakonito i silom uzeti novac umjesto regruta. Posebno je velika bila pobuna koja je, zbog sličnih razloga, izbila 26. maja 1682. godine. U narednom periodu, prvenstveno zbog Bečkog rata (1683 – 1699), nije bilo pobuna. Novi nemiri su nastupili nakon potpisivanja Karlovačkog mira 1699. godine a razlog su bili problemi oko granice duž Bosanskog ejaleta. Tada se u osmanskoj komisiji za razgraničenje nalazio predstavnik sarajevskog kadije Abdulah efendija Drnišlija, koji je pokazao svu svoju stručnost i ozbiljnost prilikom obavljanja posla i nije dopustio podmićenim osmanskim zastupnicima da predaju dijelove Bosanskog ejaleta.
Posebno je bosanska samosvijest došla do izražaja kod Bošnjaka u XVIII stoljeću. To se najbolje vidjelo kako u miru, tako i u tri rata (1714 – 1718; 1737 – 1739. i 1788 – 1791) koji su se vodili i na teritoriju Bosanskog ejaleta. Neposredno nakon zaključivanja mirovnog ugovora u Sremskim Karlovcima 1699. godine, sa Austrijom i Mletačkom, dolazi do što većeg izražaja kod domaćih ljudi za gradnjom fortifikacijskih objekata na granici sa Austrijom i Mletačkom. Zahvaljujući tome Bosna je imala minimalne gubitke u prvom ratu. Prava samosvijest je pokazana u ratu kojeg su Bošnjaci vodili protiv Austrije od 1737. do 1739. godine. Znali su da će ukoliko ne poraze austrijsku vojsku doživjeti sudbinu muslimana koji su u Bečkom ratu protjerani sa teritorija gdje su generacijama živjeli ili će u najboljem slučaju morati preći u kršćansku religiju. U Bici kod Banja Luke 4. avgusta 1737. godine Bošnjaci će sami pobijediti nadmoćnijeg protivnika i zbog toga se može tvrditi da Banjalučki boj predstavlja prvu stranicu u buđenju bošnjačke samosvijesti, hrabrosti i patriotizma. Poslije Beogradskog mira 1739. godine na našim prostorima je u narednih pet decenija vladao mir. Međutim, upravo u tom periodu mira, svijest još više jača. U tom periodu jača utjecaj domaćih ljudi koji će se naći na istaknutim civilnim i vojnim položajima. Naročito su se istakli kapetani i spahijske porodice. Konačno se u Bosni pojavila elita koja se mogla suprostaviti lokalnoj vlasti koja je zloupotrebljavala položaj. S toga i u periodu XVIII stoljeća u više navrata dolazi do pobuna domaćeg stanovništva, a prije svega muslimana. Ozbiljnija pobuna je izbila 1735. godine u mostarskom, a zatim i u drugim kadilucima hercegovačkog sandžaka. Izbijanjem osmansko – austrijskog rata (1737 – 1739) pobuna se stišala, ali su nemiri ponovo buknuli u periodu od 1747. do 1757. godine i to na prostoru cijelog Bosanskog ejaleta. Bošnjaci su prije svega štitili sebe, svoju domovinu i interese. Najbolji pokazatelj toga je slučaj iz 1784. godine kada je Porta na austrijski zahtjev tražila da joj se predaju neka pogranična mjesta i tvrđave. Protiv toga se pobunilo stanovništvo na čelu sa tadašnjim bosanskim namjesnikom Abdulahom pašom Defterdarevićem, koji se ponio patriotski. To su iskoristili njegovi protivnici pa su ga osudili za izdaju. Po predanju, kada je u Travnik u februaru 1785. godine stigla časica sa otrovom, Abdulah paša je izgovorio sljedeće riječi: “Baš vererum, bir taš vermem” (I glavu ću svoju dati, a kamena jednog ne dam”. Novi izražaj patriotizma dolazi u periodu novog osmansko – austrijskog rata koji se vodio od 1788. do 1791. godine. U toku ovog, u historiografiji poznatog kao Dubički, rata Bošnjaci su grčevito i hrabro pružili otpor na svim napadnutim mjestima. Austrijski car Josip II je znao za nezainteresovanost Istanbula po pitanju Bosne, pa je austrijskom generalu Laudonu, koji je bio vrhovni zapovjednik vojske na bosanskom frontu, napisao “da je Bosna prepuštena Bošnjacima i da to treba iskoristiti i napasti Berbir”. Ipak, Bošnjaci su pružili žestok otpor tako da Austrijanci nisu ostvarili gotovo ništa. Nakon potpisivanja Svištovskog mira 1791. godine Krajišnici se nikako nisu mogli pomiriti sa podatkom da je prema odredbama mira Cetingrad pripao Austriji. Tome se posebno odupirao Hasan aga Pećki, koji je skoro 30 godina upadao na austrijski teritorij i vodio neku vrstu privatnog rata za Cetingrad.
Pokušaj reformi Osmanskog carstva u vrijeme sultana Mahmuda II (1808 – 1839) imat će velikog utjecaj na kompletan prostor Carstva, pa tako i na Bosanski ejalet. Reforme nisu nailazile na podršku sultanovih podanika. Kada je došlo do ukidanja janjičarskog reda 1826. godine pobunili su se bosanski kapetani, ajani i druge ugledne ličnosti. Vođa ovih pobuna je bio Hasan aga Pećki, koji se 30 godina borio za Bosnu. On je, zajedno sa drugim kapetanima i uglednim ličnostima, bio na sastanku u Tuzli koji je trajao od 20. januara do 5. februara 1831. godine i na njemu je donesena odluka da se zatraži autonomni status Bosne u sklopu Osmanskog carstva. Za vođu pokreta je odabran Husein kapetan Gradaščević. On će se time naći na čelu bosanskog naroda koji se borio za svoja prava. U svojoj korespodenciji austrijskom caru Franji II on naglašava da je izabran “po želji cijelog bosanskog naroda”. Ovakva bosanska samosvijest nije odgovarala sultanu i vodećim ličnostima Osmanskog carstva. I pored propasti pokreta, ideja nije nestala, čemu svjedoče brojne pobune u Krajini. Kada su Krajišnici u Bici za Bihać 1849. godine porazili namjesnika Tahir pašu, Porta je naredne godine u Bosnu poslala Omer pašu Latasa, sa ciljem da potpuno uguši autonomni pokret i smiri Bošnjake. U narednom periodu Omer paša je brutalno likvidirao pokret i eliminisao kompletnu bošnjačku inteligenciju. I u narednom periodu, nakon Omerovog odlaska, bilo je nekoliko sitnih pobuna ali one nisu imale tako jak karakter kao ranije. Kada je odlukom Berlinskog kongresa 1878. godine Bosna predata Austrougarskoj, tada su se kod naroda mogle čuti riječi: “Bosna njihov vatan (domovina) i da sultan može dati Stambol, a ne Bosnu”. Bošnjaci su se sa istim žarom suprostavili novom okupatoru, baš kao što se i srednjovjekovna bosanska kraljevina suprostavila Osmanskom carstvu 1463. godine.