Porazom kod Kurska u ljeto 1943. godine njemačke snage prelaze u potpunu defanzivu. U narendih godinu dana sovjetske oružane snage su prodrle sve do Rumunije. Dana 23. avgusta 1944. godine zbačena je pronjemačka vlada a Rumunija je pristupila protivnjemačkoj koaliciji. Preokret u Rumuniji izmjenio je situaciju i u Nezavisnoj državi Hrvatskoj, koja je postala jedini njemački saveznik na jugoistoku. U njemačkoj Vrhovnoj komandi smatralo se da je to bila zasluga ustaškog kursa koji se pokazao gospodarem situacije. Ipak, njemačke analize svjedočile su o izrazito teškom stanju u NDH. Unutar Hrvatskih oružanih snaga (HOS) došlo je do naglog osipanja ljudstva. Bila je to reakcija na poziv Vrhovnog komandanta partizanskih formacija pripadnicima hrvatskih vojnih jedinica da ih do 15. septembra 1944. godine napuste i uključe se u formacije Narodnooslobodilačke vojske Jugoslavije.
U izvještaju je posebno naglašeno da je osip najveći u 13. SS diviziji i legionarskim formacijama koje su obuku završile u Njemačkoj. Do 18. septembra iz 13. SS divizije dezertiralo je preko 2 000 podoficira i vojnika. Kada je njemačka komanda za ‘Jugoistok’ razmatrala mogućnost angažovanja 13. SS divizije na frontu Vinkovci – Beograd, postojao je strah da bi to izazvalo masovno dezerterstvo. Ipak, još prilikom osnivanja divizije obećano je njezinim pripadnicima da će ostati na bosnskohercegovačkom području, što je bio primarni zahtjev njezinih pripadnika – odbrana bošnjačkih sela od partizanskih i četničkih zločina. Pojava dezerterstva znatno je okupirala pažnju njemačkih jedinica u Bosni i Hercegovini. Pored problema dezerterstva nastao je veliki problem i u pogledu sakupljanja poljoprivrednih proizvoda zbog sve veće koncentracije partizanskih jedinica po ruralnim dijelovima zemlje i presijecanju putnih komunikacija. Prelaskom Rumunije i Bugarske na stranu antinjemačke koalicije 13. SS divizija se našla u veoma skučenom prostoru, a prelaskom 12. brigade na stranu partizana izgubljen je industrijski bazen grada Tuzle. Grad Gračanicu napustili su pripadnici 13. SS divizije, dok je Doboj izgubljen zahvajujući izdaji domobranskog puka, koji je sa cijelim artiljerijskim pukom prešao na stranu partizana.
Bila je prava rijetkost od septembra 1944. godine čuti nešto što je išlo u korist njemačkim trupama na prostoru BiH i općenito NDH. Pored sve većeg dezerterstva HOS-a i među njemačkim folksdojčerima koji su poslije kapitulacije Kraljevine Jugoslavije 1941. godine naseljeni na prostoru bivše države, dolazi do sumnje u pobjedu njemačkih snaga u ratu. Zahvaljujući sve većem pristupu hrvatskih formacija i 13. SS divizije partizanima, oni postaju sve aktivniji i na prostoru Banja Luke, koja se 23. septembra morala evakuisati, tačnije većina njezinih sela. Sedam dana nakon oslobođenja Beograda, od strane partizana i sovjetskih snaga (27. oktobar 1944. godine) njemačka komanda je izvjestila da 13. SS divizija više nije spremna za borbu i da je vidljiv veliki jaz prema Nijemcima. Već sutradan telegrafisano je da je u zadnja dva mjeseca dezertiralo preko 2 000 pripadnika divizije. Čak i u takvim okolnostima ustaške vlasti su glavni problem vidjele ne u komunizmu, odnosno partizanima, nego u srpstvu. Svaki pokušaj “nacionalnih Srba” da se protiv komunizma bore na njemačkoj strani shvatan je kao ugrožavanje NDH i njezinog “hrvatskog stanovništva”.
Hrvati su pod utjecajem elemenata Hrvatske seljačke stranke (HSS) počeli sa masovnim približavanjem NOP-u. Prekid odnosa Turske sa Njemačkom imao je do tada neviđeno pozitivan efekat među Bošnjacima. Smatrajući da imaju Tursku, kao svoju podršku, pripadnici 13. SS divizije konačno glasno ustaju protiv Njemačke koja nije osigurala autonomiju BiH u sklopu NDH, te što nije regulisala agrarne odnose koji su još od perioda austrougarske išli na štetu Bošnjaka. Dotadašnje prijateljsko držanje prema Njemačkoj i nada da će im oni priteći u pomoć, jedva da se više osjećalo. Bošnjačka inteligencija nastojala je da se zadovolji nekom svojom idejom “nove Jugoslavije”. Široke narodne mase vezale su svoje nade za Tursku i njeno prijateljstvo sa Engleskom. Smatrano je da će Turska zaločiti svoj utjecaj i osigurati im povoljan položaj nezavisno od države kojoj pripadaju. Vrijeme nakon 1945. godine pokazalo je da nije tako bilo.
Još u novembru 1944. godine ambasador Njemačke u NDH, Zigrid Kaše je uvjeravao Ribentropa da je bio u pravu kada je govorio da su bosanski muslimani (Bošnjaci) neprovjeren element za formiranje SS divizije [misli na 13. SS diviziju] i da se više trebalo bazirati na Hrvate, kao provjeren i vjeran element njemačkog rajha. Da je takvo stanje vladalo od početka nikada ne bi došlo do masovnog dezerterstva. Suprotno Kašeu, visoki pozicioneri SS u NDH su do kraja rata imali povjerenje u muslimanski borački element. Izvjesne provjere pokazale su da se u ustašama i domobranskim jedinicama HOS-a nalazilo ukupno 11 000 Bošnjaka.
