Brzi slom Kraljevine Jugoslavije 1941. godine proizveo je nove političke podjele. Bosna i Hercegovina je ušla u sastav novoformirane Nezavisne Države Hrvatske. Ustaški pronacistički režim koji je vodio NDH vršio je vrbovanje mladića za vlastite oružane snage ali i njemačke, gdje su bili prisiljeni boriti se na zapadnom i istočnom frontu. Alija Izetbegović, nakon početnih dilema, priključuje se tek nastaloj organizaciji “Mladi muslimani” u trenutku kada je imao nepunih šesnaest godina. Tada nije izabran niti na jednu rukovodeću funkciju. Tek će se poslije, u toku ratne 1943. godine naći na mjestu zamjenika odbornika. Mladomuslimanska organizacija se uglavnom bavila globalnim pitanjima političko – duhovnog karaktera, tj. pitanjima u to vrijeme savremenog muslimanskog svijeta, njegovim stanjem i prosperitetom. Nacionalno pitanje Bošnjaka nije se nalazilo među prioritetima organizacije. Iako labavo ustrojena, organizacije je postajala sve popularnija među gimnazijalcima i studentima, koji su i činili jezgro organizacije. Primarna ideja je bila da se radi sa bošnjačkim narodom na njegovom prosjećivanju, kulturnom i političkom povezivanju, ali iznad svega na propagiranju islama i islamskih vrijednosti.
“Islam, protivljenje fašizmu i komunizmu (boljševicima), odnosno svakom totalitarističkom uređenju, ali i povratak nauci, bile su odrednice orijentacije organizacije” navodio je Alija Izetbegović. Njega je organizaciji privukla posebno suština islamske misli kojom su se oni zanosili, za razliku od formalizma tradicionalnog ili prevladavajućeg pristupa tadašnje islamske uleme. No Izetbegović nikada nije generalizirao i bio je itekako svjestan da su određeni imami i alimi tadašnje Jugoslavije, poput Džemaludina Čauševića, Mehmeda Handžića i Kasima Dobrače, odigrali značajnu ulogu u osavremenjivanju islamske misli u BiH. Rad “Mladih muslimana” nastavljen je kroz čitav Drugi svjetski rat a Izetbegović je 1942. godine došao u sukob sa organizacijom jer je svojevoljno uključena, kao omladinska sekcija, u “El Hidaju” – staleško udruženje službenika Islamske zajednice. Suština njegovih zamjerki bila je njihovo kruto tumačenje islama koje je “za posljedicu imalo blokiranje njegovog unutrašnjeg i vanjskog razvoja”. Međutim, organizacija je, da bi spriječila njezino prisilnu priključenje ustaškoj mladeži, potražila zaštitu “El Hidaje”, na prijedlog alima Islamske zajednice Mehmeda ef. Handžića, inače inicijatora Sarajevske i niza drugih rezolucija koje je potpisala bošnjačka inteligencija protiv nasilja ustaškog režima nad Srbima, Jevrejima, Romima itd. Želeći dobre odnose sa Islamskom zajednicom, ustaška vlast je dopustila rad udruženja izvan ustaške mladeži, pa su aktivisti nesmetano mogli djelovati u skladu sa svojim programskim načelima i ciljevima.
U ratnim godinama “Mladi muslimani” su se bavili humanitarnim radom, zbrinjavanjem izbjeglica, islamskom edukacijom omladine i sl. Zna se da je Izetbegović učestvovao i u prihvatanju izbjeglica s Korane i istočne Bosne te da je radio na skupljanju priloga za stradale u bombardovanju. Suočenje sa genocidom nad Bošnjacima zapadne i istočne Bosne tokom 1941. i 1942. godine i kod Izetbegovića je jačao stav da se Bošnjaci moraju braniti, jer ih NDH žrtvuje velikosrpskoj politici kao meso za odmazdu zbog pokolja Srba. Četnici i partizani poslije sastanka u selu Stolice u septembru 1941. godine otvoreno sarađuju i zajedno vrše pokolje nad Bošnjacima. Komunistička historiografija je poslije rata uglavnom prešućivala podatak da je na savjetovanju između ostalog dogovorena otvorena saradnja između četnika i partizana. Formira se i “četničko – partizanski štab”, što je izazvalo podozrenje Bošnjaka i njihov otklon od oružane borbe protiv okupacije i marionetske NDH. Pašaga Mandžić, kao član Pokrajinskog komiteta KPJ za istočnu Bosnu i politički komesar Ozrenskog partizanskog odreda, te narodni heroj i vijećnik AVNOJ-a i ZAVNOBiH-a, je 1973. godine javno ukazao na greške partizansko – četničke saradnje i izjavio da je takvo djelovanje odvojilo partizanski pokret od većine naroda istočne Bosne. Ovakva saradnja potrajala je sve do proljeća 1942. godine na mnogim područjima. Prerastanje partizanske gerile u Narodnooslobodilački pokret (NOP), političko organiziranje putem AVNOJ-a i ZAVNOBiH-a, koji su tokom 1942. i u novembru 1943. godine održale značajna zasjedanja afirmirajući budući republikanski, demokratski i federativni karakter Jugoslavije te ravnopravnost njezinih federalnih jedinica – republika, kao i naroda, ukinule srpsku monarhiju o potpuno prekinule saradnju NOP-a sa četnicima i Dražinom vojskom, Bošnjaci počinju masovnije pristupati pokretu i boriti se na strani Saveznika, koji počinju, posebno nakon sporazuma Tito – Subašić iz 1944. godine, obilato pomagati NOP.
Izetbegović se trebao prijaviti na regrutaciju odmah po polaganju mature 1943. godine, što je izbjegao učiniti. Za tadašnju ustašku vlast postao je bjegunac, pa se skrivao čitavu 1944. godinu. Kada je postalo isuviše opasno da kao bjegunac boravi u Sarajevu, uspjeva pobjeći od ustaških vlasti i sakriti se kod rodbine u Posavini. Prije odlaska u Posavinu, prema svjedočenju njegovog prijatelja i mladomuslimanskog saradnika iz gimnazijskih dana Nedžiba Šaćirbegovića, objavljenom u ‘Sabahu’, bošnjačkom listu u Sjedinjenim Američkim Državama, Aija Izetbegović bio je vinovnikom incidenta u jednom sarajevskom kinu, čime je privukao pažnju ustaške nadzorne službe. Njih su dvojica, Šaćirbegović i Izetbegović, tokom okupacije Sarajeva otišli u kino pogledati neki film. Prema tadašnjoj praksi, prije filma emitirani su propagandni žurnali putem kojih se javnost obavještavala o aktuelnim dešavanjima i političkim zbivanjima i stavovima vlasti, a posebno su se naglašavali uspjesi njemačke vojske, čak i kada ih u stvarnosti nije bilo. Na tu propagandu njih dvojica su glasno počeli negodovati i uzvikivati da su to neistine. Došlo je do komešanja među prisutnom publikom, nakon čega oni bježe iz kina. Ovaj čin mogao je biti još jedan poticaj da se Izetbegović skloni iz Sarajeva.
Kako će sam kasnije svjedočiti po dolasku u Posavinu niti jedna od vojski koje su na tom prostoru operirale nije mu imponirala: ni partizani, ni muslimanska milicija, a pogotovo to nisu bili četnici i ustaše. Ratne 1943. i 1944. godine provodu u origanizovanju humanitarne pomoći brojnim muhadžirima iz istočne Bosne koji su preživjeli četničke i četničko – partizanske pokolje. U takvim akcijama, poginulo je više pripadnika “Mladi muslimana”, čiji je Izetbegović i dalje bio član, unatoč sukobu sa “El Hidajom”. Prilikom jedne pojete Gradačcu, poslije posljednjeg rata, spomenuo je kako je kao mladić učestvovao u borbama za oslobođenje tog grada od okupacije tokom 1945. godine. Nažalost, osim njegovih fragmentarnih sjećanja, nema dostupnih podataka o Izetbegovićevom sudjelovanju u borbenim akcijama NOP-a. Tako se može zaključiti da je Izetbegović kao dvadesetjednogodišnjak svojevoljno pristupio oslobodilačkom pokretu i partizanskim jedinicama. Nažalost, nema potpuno pouzdanih podataka o vremenu njegova učešća u NOP-u. Po nekim svjedočanstvima tek 1945. godine, nakon pobjede NOP-a, negdje u kasnu jesen biva mobilizovan, jer je formalno još trajalo ratno stanje, i sve do početka marta 1946. godine pripadnik je divizije koja se prvenstveno bori protiv ostataka četničkih bandi istočno od Sarajeva. U kopiji registra matičnih knjiga Općine Centar (Sarajevo) zapisano je da je Izetbegović u redove Jugoslavenske armije ušao u aprilu 1945. godine, ali se ni ti podaci ne mogu smatrati potpuno pouzdanim.