Dolaskom austrougarske vlasti 1878. godine, Bosna i Hercegovina postaje jedinstvena upravna jedinica – corpus separatum (odvojeno tijelo), jer se dvije države – Austrija i Mađarska, koje čine Austrougarsku, nisu mogle dogovoriti oko upravljanja BiH. Time je zapravo BiH imala privilegovan položaj u novog državi. Bošnjaci su smatrali da ih nova država poštuje i iskreno cijeni, tako da su joj bili odani. Tek u periodu Prvog svjetskog rata, kada ih austrougarska vojska nije dovoljno zaštitila, naročito u istočnoj Bosni, počinje polahko da se gasi privrženost Austrougarskoj, te dolazi do jačanja projugoslavenske ideje među Bošnjacima, ali ih je generalno strah od mogućeg pripajanja Srbiji još uvijek činilo lojalnim Austrougarskoj.

Međutim, kroz cijeli period, od četrdeset godina austrougarske vlasti, kovani su planovi o stvarnoj podjeli BiH između Austrije i Mađarske, a taj plan bi se gotovo sigurno ostvario da je Austrougarska izašla kao pobjednica iz Prvog svjetskog rata. O tim planovima u tom periodu se nije puno znalo niti se javno govorilo, ali je sasvim izvjesno da se oni pojavljuju kao izraz jasnog stava prema BiH. Mali broj bošnjačke elite prozreo je ove planove, što je dodatno dovelo do jačanja projugoslavenske ideje. Prije svega radi se o jednom projektu generala Oskara Potioreka, izrađenog početkom Prvog svjetskog rata, koji je predviđao podjelu Bosne između Austrije i Mađarske tako da bi Bosna istočno od linije Banja Luka – Jajce pripala Mađarskoj, a Austrija bi uzela bihaćki kraj i čitavu Hercegovinu. Ako detaljnije izanaliziramo ovaj projekat, kojeg je Potriorek krajem 1915. godine prezentovao Lajošu Talociju, onda se vidi da bi Austriji pripali kotarevi Bosanski Petrovac, Ključ, Sanski Most, Mrkonjić Grad i jugozapadni dio Jajačkog kotara, potom kotarevi uz rub Dinarskih planina: Glamoč, Livno, Bugojno, Županjac, Prozor, kao i čitava Hercegovina sa kotarevima Konjic, Ljubuški, Mostar, Stolac, Ljubinje, Bileća, Trebinje, Gacko, Nevesinje, zatim u istočnoj Bosni kotarevi Foča i Čajniče, južni dio Višegradskog kotara i trnovski predio Sarajevskog kotara. Ipak, da su postojali dogovori o podjeli BiH i u prvim godinama nakon uspostave nove vlasti, govori plan Ištvana Tice iz 1883. godine, prema kojem bi Ugarskoj pripali okruzi Banja Luka i Bihać, a okruzi Travnik, Donja Tuzla, Sarajevo i Mostar bi pripali Austriji.

Austrijski planovi nastali početkom Prvog svjetskog rata o podjeli Bosne, prouzrokovali su kod Mađara mišljenje da bi se to moglo iskoristiti kako bi se pridobili Bošnjaci, a zatim bi Mađarska sebi priključila cijelu BiH. S time u vezi, ideja je našla pristaše i među samom bošnjačkom političkom elitom. Već 1916. godine postoje izvještaji koji govore o promađarskom raspoloženju među Bošnjacima. Tako okružni predstojnik iz Tuzle javlja kako je “raspoloženje muslimanskog stanovništva za Mađare povoljno, a s tim tendecijama su saglasni inače rezervisani Srbi, dok Hrvati žele priključenje Austriji”. Slično je javljeno i iz Travnika, gdje su na toj saradnji naročito radili begovi. Osnovni motiv ovakvog raspoloženja je bilo mišljenje da će BiH pod Mađarima dobiti autonomni status. Kada je sredinom 1917. godine održana konferencija u Beču, na kojoj su južnoslavenski političari trebali donijeti rezoluciju po kojoj bi Južni Slaveni pod vodstvom Habsburga ostvarili svoje nacionalne težnje, Bošnjaci su odbili prisustvovati i time, zapravo, razbili čitavu tu ideju. Safvet beg Bašagić, jedan od onih koji su odbili prisustvo, dostavio je šefu Zemaljske vlade, Sarkotiću, pismenu izjavu o lojalnosti i privrženosti Monarhiji, te precizirao bošnjački stav o “samostalnoj autonomiji”. Ipak, sve očiglednijim porazom Austrougarske u Prvom svjetskom ratu, i Bošnjaci od druge polovine 1918. godine sve više prihvaćaju ideju o zajedničkoj državi Južnih Slavena.