Obred krštenja u Crkvi bosanskoj bitno se razlikovao od krštenja u katoličkoj i pravoslavnoj crkvi, a kako navodi historičar Anto Babić “ne samo po obrednoj radnji nego i po shvatanju njegovog simboličkog značenja”. Bosanski krstjani odbacivali su krštenje vodom. Kako navodi Babić “smatrali su besmislenim i vjerski bezvrijednim krštavanje male djece koja su van svake moći da shvate značenje ovog akta. Stoga su u zajednicu heretičke crkve aktom duhovnog krštenja primani samo odrasli ljudi, sposobni da samostalno odlučuju i da sa punom sviješću i sami učestvuju u obredu njihova primanja u zajednicu hrišćana”.
Kardinal Torquameda kao 28. zabludu bosanskih krstjana navodi: “Preziru krštenje, koje se podjeljuje vodom govoreći, da je krštenje Ivana (Vodonosca), po kojem se nitko ne može spasiti.” Za njihovo krštenje navodi da je “bez vode, polaganjem knjige evanđelja na prsa i polaganjem ruku.” Na osnovu historijskih izvora koji se odnose na krštenje Babić navodi: “Sam obred vršen je na taj način što bi jedan, svakako od uglednijih članova heretičke crkve – bez obzira je li u njoj imao hijerarhijsku funkciju ili nije – u prisustvu drugih vjernika, kršteniku na prsa stavio knjigu evanđelja i potom položio ruke na njegovu glavu. Knjiga evanđelja na prsima krštenika izražavala je simbolički njegovo usvajanje vjerskog učenja, a polaganje ruku njegovo primanje u vjersku zajednicu.” Svoj obred krštenja, u kojem su isticali razliku između Ivanova krštenja vodom i Isusova krštenja Duhom Svetim, bosanski krstjani zasnivali su na Ivanovom evanđelju i Djelima apostolskim, gdje stoji: “Ivan je krstio vodom, a vi ćete domalo biti kršteni Duhom Svetim.”
Za krštenje rukopolaganjem općepoznato je da je arijansko – gotski vjerski obred. Tako historičar Gibon u knjizi “Opadanje i propast Rimskog Carstva” navodi da su na teutonskom jeziku apostol Vulfil i njegovi sljedbenici obavljali obred na način da bi se sakupio dovoljan broj biskupa koji su vršili krštenje rukopolaganjem. Također zabilježeno je da su 1022. godine učeni redovnici u Orleansu zastupali krštenje polaganjem ruku na glavu krštenog. Na četvrtom listu nepoznatog gotskog komentatora Jovanovog envađelja stoji: “Ja vas krstim vodom, a onaj koji dolazi posle mene veći je od mene, kome nisam dostojan odrešiti ramena na obući njegovoj; on će vas krstiti Duhom svetim”. Uz bosanske krstjane, krštenje rukopolaganjem prakticirali su i bugarski bogumili i zapadni katari. Obzirom da se radi o pojavi koja je karakteristična za geografski prostor koji su nekada naseljavali Goti, bogumilski i katarski obred rukopolaganja može biti zajedničkog gotskog porijekla.
