Uredbom o obrazovanju Štaba Teritorijalne odbrane Republike Bosne i Hercegovine, koju je 8. aprila 1992. godine donijelo Predsjedništvo RBiH, jasno su naznačene i nadležnosti ovog organa odbrane. Predsjedništvo je preuzelo ulogu Vrhovne komande, koja je odlučivala o angažmanu snaga TO RBiH, dok Ministarstvo narodne odbrane, kako je stajalo u Uredbi, “preko Štaba TO RBiH rukovodi i komanduje sastavima TO”.
Ipak, u prvim danima rata, naročito nakon objedinjenja svih snaga u TO RBiH na čijem je čelu stajao Hasan Efendić, postojala je dvojna komanda. Sredinom aprila 1992. godine u Štabu TO RBiH u Sarajevu su se okupili svi glavni akteri, odnosno sva tri komandanta bosanske armije: Hasan Efendić, Sefer Halilović i Rasim Delić. Delić je odmah postavljen za načelnika Nastavno – operativnog organa i, kako se navodi, tada je bio “četvrti čovjek u hijerarhiji Štaba TO”, dakle iza komandanta Efendića, načelnika Štaba Šibera i njegovog zamjenika Divjaka. Sefer Halilović je tada rukovodio Operativnim centrom.
Prema svjedočenju Hasana Efendića, “Sefer Halilović je na svaki način pokušavao dokazati kako je postojalo dvojno komandovanje kada sam ja (Efendić) bio komandant Štaba TO”. Međutim, dvojnog komandovanja nije bilo. U skladu sa odlukom Predsjedništva, kao Vrhovne komande, sve naredbe i svi dokumenti išli su preko Štaba TO RBiH. Odlukom Predsjedništva i samog predsjednika Alije Izetbegovića, koji je i bio stvarni komandant odbrambenih snaga, određeno je da oružanom borbom rukovodi Štab TO na čelu sa Hasanom Efendićem. Tom Štabu bio je potčinjen i Sefer Halilović, a tih prvih dana njemu je pretpostavljeni bio i Rasim Delić, koji je dolaskom u Štab TO 13. aprila 1992. godine, postavljen za načelnika Nastavno – operativnog organa, u sklopu kojeg je bio i Operativni centar, na čelu sa Seferom Halilovićem.
Sa druge strane, o ovim događajima Sefer Halilović ima potpuno suprotno mišljenje: “Istina je, nije bilo dvojnog komandovanja… Jer, ja sam rukovodio oružanom borbom, a ne Hasan Efendić. Kao komandant Štaba TO, Hasan je išao na sjednice Predsjedništva, išao u Ministarstvo odbrane, javno istupao, a oružanom borbom je stvarno rukovodio Operativni centar na čijem sam se čelu ja nalazio”. Sefer dopušta mogućnost da je “na papiru” tada njemu mogao biti šef Rasim Delić, jer je on (Sefer) komandovao oružanom borbom, a nije se bavio papirima. Navodi i da je on zatražio od Rasima Delića i Envera Hadžihasanovića, koji su tek pristigli iz JNA, te Huseina Paravelića, koji je bio u TO-u, da naprave procjene snaga SDS-a i JNA i njihov raspored oko Sarajeva što su oni i uradili.
Sa druge strane Delić tvrdi da je on tu procjenu uradio sam, i to istog dana kada je iz JNA došao u Štab TO RBiH – 13. aprila 1992. godine, te da je napisao sve što je znao i da je to zapravo bila prva procjena te vrste na nivou Štaba TO RBiH. Prema njegovim riječima, tada se susreo sa Hasanom Efendićem i Seferom Halilovićem. Upoznao je i Kemu Karišika, Zagija, Mustafu Hajrulahovića, Ziju Rašidovića i dr. Nije imao, kaže, osjećaj da je Halilović šef jer nije vladao situacijom. Međutim, navodi da je Halilović bio stvarni komandant Patriotske lige. “Moj osjećaj je da je u tom momentu postojala dvojnost u sistemu rukovođenja i komandovanja. Na jednoj strani je bio Štab Teritorijalne odbrane, a na drugoj Štab Patriotske lige, kojima mi nismo rukovodili i komandovali. Njom je rukovodio Šab Patriotske lige”.
Do prvog ozbiljnijeg nesporazuma između Efendića i Halilovića došlo je 18. aprila 1992. godine, kada je Efendić izdao naredbu o okrupnjavanju sastava TO RBiH i njihovoj upotrebi. Tom naredbom je određeno formiranje vodova, četa i bataljona – odreda, baterija minobacača 120 mm, pa jedinica za protivoklopnu borbu. Halilović je zamjerio Efendiću zbog te odluke, jer PL odavno ima takve jedinice, pa i većeg ranga. Efendić, opet, navodi da je Sefer “mahao” brigadama koje, u stvari, nisu postojale.
Državna agencija BH PRESS je 23. maja 1992. godine objavila vijest da je Predsjedništvo RBiH “na današnjoj sjednici” za novog komandanta Štaba TO RBiH izabralo Sefera Halilovića. U vijesti agencije se navelo da je “Halilović u vojnim krugovima poznat kao izuzetan operativac i vrlo sposoban i kreativan vojni štručnjak”. Tako je TO RBiH, odnosno ARBiH dobila novog komandanta. Hasan Efendić svjedoči da ga je pozvao predsjednik Izetbegović i rekao da “ljudi traže mlađeg komandanta”. Efendić dalje navodi da su kod Izetbegovića ranije nekoliko puta dolazili Jerko Doko i Sefer Halilović i govorili da “Armijom ne može da komanduje čovjek čija je žena Srpkinja koja živi u Beogradu… Haliloviću se jako žurilo da postane komandant”.
O svom izboru za čelnog čovjeka odbrambenih snaga Halilović svjedoči: “Jednog dana pozvao me predsjednik Izetbegović i rekao: ‘S ovim Efendićem nismo zadovoljni i šta ti misliš ko bi mogao biti umjesto njega? Moj prijedlog je bio da to bude Rifat Bilajac, jer je od svih nas vojnički najobrazovaniji, a bio je s nama i u Patriotskoj ligi”. Zanimljivo je da su Sefera za komandanta Štaba TO RBiH predložili “hrvatski kadrovi”, Stjepan Kljujić i Jerko Doko. Halilović je naročito bio dobar sa Dokom, koji se, opet, nije slagao sa Efendićem. “(…) Pet – šest dana iza toga ponovo me zove predsjednik Izetbegović i kaže da svi predlažu mene za komandanta. Rekao sam mu da to ne bi bilo dobro iz dva razloga. Prvo, u Sandžaku je sva moja porodica, majka, braća, i onog časa kad se sazna da sam komandant, moraju svi bježati. Drugo, može neko iskoristiti činjenicu da sam ja iz Sandžaka, a na čelu bosanske armije, pa pokrenuti jaku propagandu”.
Izetbegović je rekao da poštuje Halilovićevu odluku, ali da će još malo razmisliti. Ipak, Izetbegović i treći put poziva Halilovića i saopštava mu da će ga najvjerovatnije na sjednici Predsjedništva postaviti za komandanta. “Rekao sam Predsjedniku da mi dva dana ranije saopšti kada će to biti, da mogu obavijestiti porodicu u Sandžaku da se skloni”, navodi Halilović. Halilović na prvoj sjednici nije prošao, ali jeste na drugoj. Prvi koji mu je prišao i saopštio da je postao čelni čovjek bosanske armije bio je upravo Doko.
Stvarni razlozi smjene Efendića bili su bizarni. Članovi Predsjedništva dobili su dokument koji se zvao “Prijedlog za razrješavanje sa dužnosti i penzionisanje Hasana Efendića, komandanta Štaba TO RBiH”. Prijedlog je 22. maja 1992. godine, dakle dan uoči smjene Efendića, lično potpisao Jerko Doko. Osnovni argument za smjenu nađen je u tome što je 20. maja 1992. godine Predsjedništvo donijelo Uredbu sa zakonskom snagom o Oružanim snagama RBiH, prema kojoj je prestao da postoji Štab TO, a formiran je Štab Oružanih snaga RBiH. Pored toga, utvrđeno je da Efendić ima 44 godine i 11 mjesci radnog staža, “čime je stekao pravo na penziju”.
