Komunističko ograničavanje vjere i nacije probudilo je u narodu želju da izražavaju svoj religijski i nacionalni identitet. Među takvima posebno se isticao Alija Izetbegović koji je nastojao poistovjetiti “religijski i nacionalni identitet”. Njegovi su protivnici zbog toga iznijeli niz optužbi na njegov račun krivom interpretacijom “Islamske deklaracije” 1983. godine, koja je ponovo objavljena u Sarajevu 1990. godine. Srpski protagonisti su često prikazivali taj tekst kao program transformacije Bosne i Hercegovine u fundamentalističku islamsku državu. Ali, takvih planova nije bilo ni u programu Stranke Demokratske Akcije a ni u samoj raspravi, Islamskoj deklaraciji.
Rasprava je napisana krajem šezdesetih godina XX stoljeća i obuhvatala je opću raspravu o politici i islamu, upućenu cijelom islamskom svijetu. Štavište rasprava nije o Bosni, u njoj se Bosna čak ni ne spominje. Izetbegović objašnjava dva osnovna elementa – islamsko društvo i islamsku vlast. Navodi da se islamska vlast ne može uspostaviti ako već ne postoji islamsko društvo, a islamsko društvo postoji samo onda kada apsolutnu većinu naroda čine pravi muslimani i vjernici. “Bez ove većine, islamski poredak se svodi samo na vlast (jer ukoliko nedostaje drugi element – islamsko društo) i može se pretvoriti u nasilje”. Ovim je preduslovom u potpunosti isključena mogućnost formiranja islamske vlasti u BiH, gdje su muslimani – čak i oni koji su samo nominalno, a kamoli dobri i pobožni vjernici – bili u manjini. Stoga se sva rasprava o naravi islamskog političkog sistema, koja zauzima veći dio knjige, ne može odnositi na BiH. Naročito je na udaru srpskih protagonista bio Izetbegovićev citat, istrgnut iz konteksta, u kojem se navodi: “Nema mira ni koegzistencije između islamske vjere i neislamskih društvenih političkih institucija”. Izetbegović, u ovom citatu, misli na one zemlje u kojima, za razliku od BiH, postoji muslimansko društvo i tvrdi da onde gdje su muslimani vjernici i u većini, oni ne mogu prihvatiti da im se nametnu neislamske institucije. U cijeloj raspravi ima samo jedno mjesto koje se izravno odnosi na politički status bosanskih muslimana. “Muslimanske (Bošnjačke) manjine u sastavu neislamskih zajednica, pod uslovom garancije vjerskih sloboda i normalnog života i razvoja, lojalne su i dužne izvršavati sve obaveze prema toj jednoj zajednici, izuzev onih koje štete Islamu i Muslimanima”.
Određene tvrdnje su etiketirane kao “fundamentalističke” od strane komunista i “slabašnih muslimana”, ali sa njima bi se složio svaki pravi vjernik. Tako, recimo, Izetbegović kaže da bi islamska država morala pokušati iskorijeniti alkoholizam, pornografiju i prostitucije. Tvrdi da Islam nije samo niz ličnih uvjerenje nego i čitav jedan način života, sa društvenom i političkom dimenzijom. Niti za jednu od ovih izjava se ne može reći da je fundamentalistička. Izetbegović fundamentalističke tvrdnje odbacuje i tvrdi da se islamsko društvo može stvoriti samo dugotrajnim procesom vjerske edukacije i moralnog uvjerenja. Istina, Izetbegović kritikuje naglu i prisilnu sekularizaciju kao na primjeru Turske pod Ataturkom, ali njegov stav nikako ne odbacuje zapadne civilizacije. Tako on, recimo, kaže: “U svom prvom nastupanju Islam je bez predrasuda prišao razmatranju i prikupljanju cjelokupnog znanja koje su ostavile ranije civilizacije. Ne znamo zašto bi se Islam današnjice drugačije odnosio prema tekovinama euro – američke civilizacije s kojom se dodiruje na tako dugačkoj liniji”.
