Neposredno poslije okončanja Drugog svjetskog rata, nova komunistička vlast je nizom montiranih procesa uklanjala nepodobne osobe, pri čemu su optuženi za ratne zločine često bili povod takvim suđenjima. Među optuženim našli su se i pripadnici 13. SS divizije “Handžar” kojima je na teret stavljeno “masovno ubijanje civila, mučenja i silovanja, ubistva ratnih zarobljenika i neprijateljskih ranjenika, progoni, hapšenja i likvidacije saradnika i simpatizera partizana, paljevine i pljačka”.
Ovakvo posmatranje divizije se uglavnom temeljilo na referatu pod naslovom “13. SS bosanskohercegovačka divizija Handžar” kojeg je 1947. godine objelodanila Zemaljska komisija za utvrđivanje zločina okupatora Bosne i Hercegovine. Referat je sastavila Vjera Rukavina, a potpisali su ga predsjednik Komisije Miloš Škorić i sekretar Jovo Gutalj. Referat se tokom komunističke Jugoslavije smatrao najvjerodostojnijim izvorom za zločine Handžar divizije, ali opširnom analizom Zije Sulejmanpašića u knjizi “13. SS divizija Handžar – istine i laži” (Zagreb, 2000.) ustanovljeno je da je referat pisan tendenciozno i subjektivno, uz pregršt neprovjerenih i lažnih informacija, kako bi se divizija pokazala isključivo kao zločinačka. Primjera radi u referatu se navodilo da su se vojni imami divizije nazivali “mladim muftijama”, da su nosili tetovirano slovo “SS” na podlakticama, pa čak i da je naziv jedinice došao od tobože specijalnih “noževa za klanje”, koji su se nazivali “handžarima”. Na osnovu referata nastajala su brojna djela o diviziji Handžar, koja su također pisana neutemeljeno i tendenciozno. Primjer je knjiga “Istočna Bosna u NOB-u” od Ješe Perića, koji je bez ikakvih referenci navodio “ogromne likvidacije po istočnoj Bosni od strane pripadnika divizije”.
Naravno, to ne znači da pripadnici divizije nisu činili zločine, ali je gotovo sigurno da takvi zločini nisu bili razmjere kakvim ih je predstavljala komunistička historiografija. Divizija “Handžar” u sjeveroistočnoj Bosni nije imala karakter kazneničke ekspedicije, kakvom je predstavljana, već je imala namjeru da trajno zaposjedne i umiri to područje. U realizaciji tog zadatka računalo se na širu podršku stanovništva, i to ne samo muslimanskog.
Dokazi takvog zadatka leže u brojnim pismima i proglasima komandanata divizije. Primjer je proglas komandanta divizije, generala Sauberzweiga, upućenog vojnicima: “(…) Vi znate da je borba, osobito pri sadašnjem vremenu, vrlo naporna i teška. Upamtite dakle: ma kako teška i bila, održite uvijek disciplinu (…) Naš marš kroz prve gradove i sela južno od Save u Bosni, oslobođene od nas, mora stanovništvu donijeti puno povjerenje u nas.” Tako navodi Sauberzweig u pismu iz februara 1944. godine: “(…) Mi moramo donijeti mir. Da bi to izvršili, moramo neprijatelja izbaciti iz područja koje želimo umiriti i uništiti ga, a zatim zaštititi stanovništvo, i to tako da zadobijemo njegovo povjerenje i da ga uvjerimo u poštenju i ispravnosti naših namjera. Vi znate da u Bosni pored muslimana žive još i pravoslavci i katolički Hrvati. Svi oni zovu ovu zemlju svojom domovinom. Svi oni moraju biti uključeni u bosansku narodnu zajednicu, jer smatraju ovu zemlju svojom kolijevkom. Koliko god se mi nadamo i znamo da nam baš muslimani daju prvo čvrsto tlo za oslobođenje, u tolikoj mjeri ne smijemo izostaviti ni druge. Molim, mislite na to i zaboravite sitne mržnje, koje samo stvaraju nove nerede.” General je izdao i posebno uputstvo za svoje trupe: “Poštedite sela. Bez razornog bijesa: napadajte samo neprijatelja. Uvijek pamtite da roditelji, braća i sestre naših drugova pripadnika divizije žive u selima. Ne uništavajte kuće. Ne sijecite voćke. Naši liječnici i zubari trebaju liječiti civile kad god je to moguće. Bez kratkovidnosti prema civilnom stanovništvu… Ne: koliko sam neprijatelja pobio? Radije: koliko sam prijatelja stekao…”
Objektivno gledajući, ne može se tvrditi da pripadnici divizije tokom borbi nisu činili zločine prema civilnom stanovništvu. Tokom antipartizanske borbe u Bosni, njemačke trupe su u mnogo slučajeva pribjegavale represijama nad stanovništvom, koje je sarađivalo sa partizanima. Takav primjer je masakr u selu Košutica kod Sokoca, kada su vojnici SS divizije “Princ Eugen” u julu 1943. godine ubili 68 muslimanskih civila, a to se desilo baš u vrijeme kada se vršila regrutacija za diviziju “Handžar”. U spomenutom referatu Zemaljske komisije, navode se zločini nad civilima Semberije, Majevice i Birča, koje je bilo naseljeno srpskim stanonvištvom, ali i gdje su postojala jaka četnička utvrđenja. Obzirom da se u redovima divizije “Handžar” borio veliki broj ljudi koji su iz istočne Bosne pobjegli od četničkog noža, može se pretpostaviti da su takvi zločini bili produkt osvete prema Srbima, koristeći borbu za ličnu osvetu. No neki zločini za koje su optuženi pripadnici divizije počinjeni su i nad Bošnjacima – muslimanima. Takav je bio masakr u selu Vražići kod Brčkog, gdje je ubijeno dvadesetak civila, navodnih saradika partizana.
Niko ne može tvrditi da su ovakvi zločini bili plod naređenja komande divizije, jer ne postoji dokument koji svjedoči takvom naređenju. Naprotiv, postoje brojni dokumenti koji svjedoče da su vojnici divizije zbog pljačke i nasilja izvođeni pred vojni sud, a neki su čak osuđeni i na smrt. Ne smije se ispustiti iz vida da su zločini za koje su optuženi pripadnici divizije počinjeni tokom borbenih dejstava sa partizanima. Sulejmanpašić predpostavlja da je dio civila mogao izgubiti život od posljedica vođenja borbi, iako nije isključeno da su neke od žrtava namjerno ubijene, u znak odmazde. Također, u borbama sa divizijom “Handžar” učestvovale su i brojne druge jedinice: zeleni kadar, ustaše, domobrani pa i četnici, pa se pitanje odgovornosti zločina mora postaviti i za ove snage.
Treba ukazati da važnu činjenicu – snage divizije “Handžar” su više od pola godine pod svojom kontrolom držale Semberiju i Majevicu, kao prostor većinski naseljen srpskim stanovništvom. Ukoliko je divizija činila masovne zločine nad Srbima, kako to da je navedeni prostor poslije rata i dalje ostao naseljen Srbima? I kako je moguće da je tokom borbenog angažmana u Bosni divizija ostvarila relativno dobru saradnju sa četnicima, koji gotovo sigurno ne bi pristali na takvu saradnju da je ova divizija masovno ubijala i progonila Srbe!? Iako je teško utvrditi koliki je stvarni broj civila likvidiran od strane divizije (prema komunističkoj literaturi 1803 u sjeveroistočnoj Bosni i između 300 i 400 u Srijemu) postoji dovoljan broj činjenica koje ukazuju da ti zločini nisu bili sistematski, niti dio većeg zločinačkog plana, već se radilo o ratnim zločinima kakvi nisu neuobičajni ni u jednom konfilktu. Jednako tako, niti dovođenje divizije “Handžar” u istu ravan sa četnicima i ustašama, što se u javnosti danas čuje, nije utemeljeno niti prihvatljivo, jer četnička i ustaška ideologija jeste imala plan sistematskog istrebljenja određenog naroda.