Zbog bogate prošlosti, ali i prirodne ljepote koju posjeduje, Jajce i njegova okolina spadaju u jedno od najznačajnijih mjesta Bosne i Hercegovine. Kao prijestolnica Kraljevine Bosne, Jajce je još u srednjem vijeku bilo interesantno Ugarskoj kraljevini, ali i Osmanskom carstvu. To se naročito vidjelo kada je osmanska vojska sa sultanom Mehmedom II osvojila ovaj grad, početkom juna 1463. godine, koje je sve do decembra 1463. godine bilo sjedište bosanskog sandžaka. Ali kada je šest mjeseci kasnije ugarski kralj Matija Korvin sa velikom vojskom opsjeo i osvojio grad, Osmanlije su se povukle a sjedište sandžaka premjestile u Sarajevo. Jajce je postalo sjedište istoimene, Jajačke banovine u sklopu Ugarske. U tom svojstvu ostao je svedo januara 1528. godine, kada ga ponovo osvajaju Osmanlije. Grad sa širom okolicom ponovo je uključen u sastav bosanskog sandžaka. Bilo je to vrijeme glasovitog bosanskog sandžak bega Gazi Husrev bega. U narednih 350 godina ovaj grad je, sve do dolaska austrougarske vojske 1878. godine, bio pod neposrednom sultanovom vlašću.

Poslije pada Jajačke banovine 1528. godine dolina rijeke Vrbas je postala veliko gradilište. Obnavljaju se osvojene tvrđave, od Oboraca do Gradiške gradi se šest sultanovih džamija, preko Vrbasa i Plive podižu se četiri sultanova mosta. U drugoj polovini XVI stoljeća osnivaju se Gornji i Donji Vakuf, Varcar i Skender Vakuf, Kotor Varoš, Trn Lišnja i Dubočac; grade se najmonumentalniji banjalučki objekti: Ferhadija, Arnaudija i Gazanferija; Gazi Husrev beg, Karađoz beg, Ferhad beg Sokolović, Sinan beg Boljanić, Ibrahim beg Malkočević i mnogi drugi za ovaj kraj vežu svoje bogate vakufe. U dolinu Vrbasa dolaze sultanovi neimari (graditelji), pridružuju im se domaći dunđeri (zidari) i svi oni čija su se znanja i usluge oko gradnje trebali. Za sve je bilo posla, a oni koji su htjeli učiti imali su od koga, pa je svako gradilište bilo ujedno i svojevrsna građevinska škola i škola primijenjenih umjetnosti. Srednjovjekovna bosanska tradicija građenja obogaćena je novim iskustvima, novim arhitektonskim rješenjima, upotrebom novih konstruktivnih elemenata i materijala, usvajanjem nove terminologije. U narednih sedamdeset godina, tj. sve do kraja XVI stoljeća, Jajce i Jezero su dobili sasvim drugi izgled i nove sadržaje, a selo Gornja Kloka preraslo je u kasabu. Sam sultan Sulejman I (1520 – 1566) u Jajcu podiže dvije džamije, u jezeru dva mosta, a starješina mjesta čitav jedan mali grad – Varcar Vakuf, odnosno današnji Mrkonjić Grad.

Ono što je posebno krasilo Jajce u odnosu na ostala mjesta je njegova tvrđava ali i posada. Njezina veličina je bila znatno impozantnija u odnosu na ostale fortifikacijske objekte. Za razliku od mnogih drugih mjesta koja su zbog ratnih aktivnosti doživjela materijalna razaranja, Jajce je od toga bilo pošteđeno. Naime, ugarski komandanti grada i tvrđave Blaž Cseri i Ivan Habordanes su u januaru 1528. godine napustili Jajce sa skoro cjelokupnim stanovništvom. Vjerovatno zbog pograničnog položaja u kojem se našlo Jajce, između Osmanskog carstva i Ugarske, u narednih dvanaest godina gotovo da nije bilo civilnog stanovništva u gradu. Prvu grupu koja se doselila i to po naredbi sultana Sulejmana I činila su 24 stanovnika koja su živjela kod crkve sv. Marije, odnosno tada kod sultan Sulejmanove džamije. Međutim, od druge polovine XVI stoljeća u Jajcu, kao i drugim bosanskim mjestima, dolazi do naglog poveaćanja stanovništva. U to vrijeme u Jajcu je formirano 13 mahala. Posebno je zanimljiva činjenica da niti jedan Bošnjak – musliman tokom cijele osmanske uprave nad Jajcem niti jednu crkvu nije pretvorio u džamiju, što je bila praksa Osmanlija kada osvoje nove područje.

Važnu ulogu u razvoju grada imali su i vakufi, kojih je tokom 350 godišnje vladavine bilo 23, računajući i prvi iz kratkotrajne vladavine sultana Mehmeda II. Među njima bilo je i žena vakifa. Zanimljivo je da i pored velikgo značaja Jajce nije odmah dobilo status kadiluka (sudsko i upravno područje). Odlukom Visoke porte, prema različitim izvorima, ono je taj status dobilo između 1580. i 1590. godine. No prvi dokument koji konkretno govori o tome je osmanski pisan između 28. decembra 1590. i 6. januara 1591. godine. Najznačajniji jajački kadija bio je Mahmud Kozarčanin, koji je radeći u jajačkoj mehkemi ispisao najbolje stranice nadaleko poznatog jajačkog sidžila. Jajce je pored ostalog bilo i sjedište muftija. Prve muftije koje su vršile svoju dužnost u Jajcu pojavljuju se tek u XVII stoljeću. Ta dužnost je u kontinuitetu trajala sve do sredine XIX stoljeća. Zadnjeg muftiju uklonio je sa položaja zloglasni Omer paša Latas. Ovaj osmanski velikodostojnik je 1851. godine spalio Hadži Abdurahimovu medresu koja je bila pored džamije Esme sultanije. Tada je grad ostao i bez medrese i muftije.

Jajce je u vrijeme osmanske uprave bilo i jako privredno područja na čijem prostoru je zabilježeno preko 30 zanata. Njime su se bavili pripadnici svih konfesija. Mnoge zanatlije iz Jajca su zbog svojih ličnih sposobnosti bile veoma tražene i cijenjene ne samo u okolnim mjestima, nego i na prostoru cijelog Bosanskog ejaleta. Ljudi sa sela su se tokom cijelog osmanskog perioda uglavnom bavili stočarstvom, zemljoradnjom, pčelarstvom, te ribolovom i vinogradarstvom. To je primjetio i jedan od najvećih osmanskih putopisaca Evlija Ćelebija. Boraveći u ovoj sredini, zapisao je: “Suncem obasjana rijeka Pliva, koja zasja kao nedžefski kamen i backanje mnogih velikih i malih riba jedne za drugom kao munje, krasan je i čudan prizor!”

Što se tiče školstva, prvu osnovnu školu u Jajcu podigao je poznati mostarski vakif Hadži Muhamed beg Karađoz, dok je obavljao dužnost jajačkog dizdara 1542. godine. Slične škole podigao je u Mostaru, Konjicu i Potocima. Karađoz beg je kao vakif u svojoj oporuci – vakufnami odredio plate učitelja, način rada škole i postupak sa djecom. Tako je propisao “da učitelj treba biti čestit, pobožan i oženjen čovjek, da poznaje pravila učenja Kur'ana i njegovu ortografiju. Upozorio je da se među djecom ne pravi razlika, da ih učitelj uči kao svoju djecu i da se u toku školske godine ne dozvoljava izostajanje sa nastave osim u opravdanim slučajevima.” Tokom osmanskog perioda u Jajcu su postojale četiri medrese, te ruždije. Zahvaljujući dobrom sistemu školstva Jajce je dalo veliki broj pojedinaca koji su prepisivali knjige iz različitih naučnih disciplina.