Nakon brze kapitulacije Kraljevine Jugoslavije u aprilskom ratu 1941. godine i osnivanja Nezavisne države Hrvatske, 10. aprila, počinje užurbani proces instaliranja ustaške vlasti na onom prostoru koji je obuhvatio novoformiranu državu. Taj proces je naročito teško tekao na prostoru istočne Hercegovine gdje je živio ogroman postotak srpskog stanovništva, koje nije pokazivalo simpatije prema novoj vlasti. U Trebinje je 28. maja stigla grupa ustaških omladinaca čiji je zadatak bio skidanje ćirilićnih natpisa. Prvih dana juna oružani sastavi NDH otpočeli su sa akcijom prikupljanja oružja od lokalnog stanovništva istočne Hercegovine. Do prvog ozbiljnijeg konflikta došlo je već u selu Drežnju 1. juna 1941. godine. Ustaše su likvidirale veći broj seljaka, a njihove domove spalili. Sličnih incidenata je bilo i u narednim danima mjeseca juna, kod Gacka, Bileće i Trebinja, a najteži zločin je počinjen u noći 4. na 5. juni kada je pod vodstvom ustaškog povjerenika Hermana Tonogala ubijeno oko 140 ljudi iz sela Korita i bačeno u jednu jamu. Pored zvjerskih likvidacija ustaše su ukrale i 5294 komada krupne i sitne stoke. Sve je ovo navelo srpske seljake da počnu pružati oružani otpor.
Dana, 22. juna 1941. godine u istočnoj Hercegovini kao i na drugim područjima NDH dolazi do nove situacije. Napad Njemačke na Sovjetski savez dio srpskog stanovništva je doživio kao napad “Rusije na Njemačku”. Pod takvim okolnostima izbio je i prvi organizovano otpor NDH. Dan poslije u gatačkom kotaru dolazi do borbe između pobunjenika i ustaša, nakon čega su ustaše zapalile sela Šukoviće, Przine, Stepen i Pusto Polje. U narednim danima uhapšeno je i likvidirano oko 200 Srba, koji uglavnom nisu ni učestvovali u borbama. Ovakav slijed događaja nije ostao bez odjeka kod Srba tako da se očekivao novi ustanak oko Vidovdana. Poglavnik Ante Pavelić je 26. juna izdao izvanredni zakon po kojem su bili kažnjavani svi oni koji bi širili glasine o ustanku. Time se prvenstveno namjeravala suzbiti mogućnost plašenja odanog stanovništva na prostoru NDH. Odlučeno je da domobrani i ustaše, kao mjeru predostrožnosti, uzmu određen broj talaca iz Nevesinja na Vidovdan. Nakon Vidovdana domobrani su pustili srpske taoce, dok su ustaše 19 taoca pobili. Ustaše su u noći 25. na 26. juni izvršili i justifikaciju nad 283 lica srpske nacionalnosti na obali rijeke Neretve kod Stoca, radi Srbstva i četničke akcije u kotaru Stolačkom. Srbi su se 24. juna pobunili i u kotaru Nevesinjskom, gdje je oko 600 pobunjenika napalo domobransku postaju Fojnica. Uskoro su počele stizati alarmantne vijesti o izbijanju ustanka u istočnoj Hercegovini. Ustaše su navele da se radi o brojci od 5 000 pobunjenika koji zajedno sa Crnogorcima namjeravaju napasti Nevesinje. Počele su stizati vijesti da se pobunjenici grupišu i oko Bileće i Stoca, te da je neophodno slanje pojačanja. Pobunjenici su u popodnevnim satima napali Stolac. Također izvršen je i napad na Bileću ali je on odbijen. Daleko teža situacija je bila u Nevesinju, gdje su stizale informacije da su pobunjenici zauzeli mjesto. Pojačanje koje je poslano na Nevesinje nije uspjelo da se probije, tako da je narednog dana, 26. juna, na mjesto zapovjednika nevesinjskog okruga postavljen pukovnik Antun Prohaska. Istovremeno je iz Mostara upućeno dodatno pojačanje, kako bi djelovali prema mjestu Bišina, gdje su se nalazili četnici. U predvečerje bataljon iz Mostara je potisnuo ustanike prema Nevesinju. Činilo se da stvari po oružane snage NDH kreću nabolje. Stanje u Nevesinju je bilo jasnije nakon informacija koje su dobijene od strane avijacije, koja je izvijestila da se u njemu još uvijek nalaze jedinice NDH. Stanje se po ustaše popravilo i na prostoru Stoca, gdje je zauzet prostor južno od Trusine. U jutro 27. juna Prohaska je imenovan za komandanta Nevesinjskog odreda. Dat mu je zadatak da ujedini sve svoje snage te da osigura cestovnu komunikaciju Nevesinje – Mostar, kao i da uspostavi prekinutu vezu sa odredima NDH u Nevesinju. Nakon deset sati borbe grupa ustaša je, uz podršku avijacije, zauzele mjesto Grebak, dok je druga grupa zaustavljena kod brda Vilenjak. Jake borbe su vođene i sjeverno od Berkovića, tako da je u večernjim satima prekinuta veza između Stoca i Berkovića. Situacija za ustaše se pogoršala i kod Bileće, gdje su na granici prema Crnoj Gori zapaljena neka sela. Glavni vojskovođa Slavko Kvaternik je primao vijesti da je narod u Hercegovini stupio u takvu pobunu da se samo po ratnim zakonima može riješiti stanje i obustaviti djela koja se vrše. Poglavnik Ante Pavelić je odredio da podmaršal Vladimir Lax preuzme vlast na području velike Župe Hum i Dubrava. Stavivši pod svoje izravno zapovjedništvo sve oružane formacije NDH, Lax je 28. juna zaveo opsadno stanje i proglasio vojni sud na teritoriji velikih župa Hum i Dubrava. Uvedena je stroga pripravnost, a civili su se morali razoružati i privesti najbližoj oružanoj stanici. Istog dana u Nevesinje je ušlo i pojačanje iz Mostara. Ipak, jedinice koje su napale Kifino selo su odbijene od strane pobunjenika. Ohrabreni ovim uspjehom pobunjenici su uzvratili napadom na selo Avtovac, kojeg je branilo 200 domobrana i 50 mještana. Nakon cjelodnevne borbe, sa promjenjivim uspjehom, pobunjenici su na kraju ovladali selom te ga opljačkali i ubili brojno civilno stanovništvo koje se nije uspjelo evakuisati na vrijeme. Ukupno je stradalo 30 civila. U borbama za Avtocu, na strani domobrana i mještana, su učestvovali i Italijani koji su imali 3 poginula i 17 ranjenih vojnika. U operaciju ugušenja ustanka priključila se i avijacija NDH, ali je doživjela potpuni fijasko izgubivši 3 od 6 aviona. Napad ustaša odbijen je i na pravcu prema Stocu, dok su pobunjenici na području Bileće razbili posadu u mjestu Zmijanac, dok je i podrška upućena iz Trebinja razbijena. Stanje je po oružane grupe NDH bilo poprilično loše. U zoru 29. juna pobunjenici su napali ustaše u selu Bišini. Uskoro je domobranima stiglo pojačanje iz Sarajeva, Travnika i Osijeka. Nakon dolaska pojačanja pobunjenici su odbijeni. Uskoro je stiglo i pojačanje Italijana od oko 100 kamiona u Gacko, nakon čega su se uputili u Avtovcu, koje je doživjela tešku sudbinu. Narednog dana, 29. juna, 10. bataljon domobrana krenuo je prema selu Ljubomir te protjerao pobunjenike s dominantih brda, te oko 18 sati zauzeo selo. Zapovjednik Lax je 30. juna naredio prodor prema Gackom i Avtovcu, kako bi se što prije oslobodila ova mjesta od pritiska, te kako bi se spriječio prodor Italijana. Bilo je očito da je ova akcija bila i političko pitanje. Plan je bio da se čim prije izvrši prodor prema granici NDH, a da se zatim izvrši energično čišćenje unutrašnjosti teritorija istočne Hercegovine. Za ovu akciju određen je Nevesinjski odred. Ipak, početak akcije nije išao po planu. Pobunjenici su iznenada napali domobranske snage kraj Plužina i nanijeli im poraz. Italijani, koji su krenuli u prodor prema Gackom, nisu uspjeli ostvariti ništa. Očekivao se napad pobunjenika, ali do njega nije došlo. 1. jula u borbu su uvedeni i italijanski tenkovi, čime je ojačana odbrana. Nakon dva dana odmora 3. jula krenuo je napad ustaša na pobunjenike, na pravcu prema Trusini, nakon čega su oni protjerani. Kod jednog zarobljenog pobunjenika pronađen je dokument u kojem je stajalo da su vođe ustanka Sokola Čedo Milić, braća Bjelogrlić iz Avtovca, pop Mastilović iz Nadinića, kapetan Radović iz Avtovca, Radojica Nikčević iz Nikšića, major Minja Višnjić iz Crne Gore i pukovnik Baja Stanišić. Italijani su također imali uspjeha porazivši ustanike kod Gacka, nakon čega su oružane snage NDH počele čistiti širu okolicu Nevesinja. U napad se krenulo sa 2 124 vojnika, pod komandom pukovnika Franje Simića. Plan je bio da se ovlada gotovo cjeloukupnom cestovnom komunikacijom istočne Hercegovine. Dvije kolone Nevesinjskog odreda uz podršku artiljerije napadaju 4. jula i odbacuju pobunjenike iz Kifinog Sela. U daljnem proboju pobunjenici su se razbježali prema Lukavičkom polju. Ipak, prodor oružanih grupa NDH ponovo su poremetile ustaše koje su cjelodnevno pljačkale sela radi lične koristi. Domobrani su užurbano oslobađali mjesta istočne Hercegovine od pobunjenika, dok su se oni povlačili prema crnogorskoj granici. Dana, 8. jula domobrani su ušli u Gacko. Paralelno sa čišćenjem terena tekle su pripreme i za zatvranje istočne granice NDH ustrojavanjem Vojne krajine. Zadaća Nevesinjske grupe je gotovo u potpunosti ostvarena, dok se dio pobunjenika povukao prema crnogorskoj granici, a dio u planine između puteva sa namjerom da ostave oružje i vrate se svojim domovima. Time je okončan junski ustanak, a ustanici su na određeno vrijeme prestali biti organizovana prijetnja.
Obzirom da je ustanak počeo prije nego što je Centralni komitet Komunističke partije Jugoslavije dao znak za početak, kao i činjenica da u njemu nisu sudjelovali komunisti, on je bio osuđen na usputno spominjanje, do “regularnog početka” ustanka 27. jula 1941. godine. Bilo kako bilo, on predstavlja stvarni početak ustanka na prostoru Bosne i Hercegovine.