U julu 1995. godine zaštićena zona UN-a Srebrenica pala je u ruke vojske i policije Republike Srpske, nakon čega je počinjen stravičan genocid. Zbog bojazni da će biti ubijeni veliki broj muškaraca i dječaka, ali i žena i djece krenuo je u proboj prema slobodnoj teritoriji pod kontrolom Armije Republike Bosne i Hercegovine. Padom Srebrenice i u danima nakon nje, kada je već bilo izvjesno da veliki broj muškaraca nedostaje, bilo je jasno da se dogodio strašan zločin. Već u prvim mjesecima se počinje pričati o grobnicama i genocidu, a samim time i o obilježavanju i okupljanju preživjelih žrtava.
Prvo obilježavanje srebreničkog genocida desilo se 11. jula 1997. godine u mjestu Ravne kod Kladnja pod sloganom “Ne zaboravimo mrtve, mislimo na žive”. U prisustvu više od 3 000 ljudi klanjana je prva dženaza za sve žrtve, koju je predvodio tadašnji reisul – ulema Mustafa ef. Cerić. Iste godine posjećen je i Nezuk, naselje na slobodnoj teritoriji, u koje su se probili prvi Srebreničani. Godinu dana poslije, obilježavanje je održano u Sportskoj dvorani Mejdan u Tuzli, gdje je više od 5 000 žena Srebrenice tražilo krivce za genocid. Ovo tragično okupljanje održano je pod motom “Ako nema živih, nema ni Dejtona”. Obilježavanje treće godišnjice genocida u BiH proteklo je pod sloganom “Ko nas je izdao”, a organizirane su i posjete mezarjima u Boriću, Golom brijegu u Tuzli, Sarajevu, Živinicama, te u komemorativnim centrima u Tuzli i Visokom. Četvrta godišnjica genocida obilježena je ispred Fabrike akumulatora u Potočarima u kojoj su Srebreničani bili zatočeni, a muškarci starosne dobi od 12 do 80 godina odvajani od žena i odvođeni na strijeljanje. Tu je klanjana još jedna dženaza. Tada je predloženo da se posmrtni ostaci ukopavaju u Kladnju, što je odbijeno. Nedugo zatim, 20. oktobra 2000. godine, odlukom visokog predstavnika Wolfganga Petricha, određena je lokacija u Potočarima za mezarja i spomen – obilježje za žrtve genocida. Peto obilježavanje održano je u Potočarima 2001. godine, na lokalitetu na kojem će biti ukopavane žrtve genocida. Tada je postavljen i kamen temeljac za gradnju Memorijalnog centra. Osim vjerskog obreda postavljen je i nišan sa tekstom dove proučene prethodne godine u Potočarima, kojim je ujedno i označen početak gradnje Memorijalnog centra u Potočarima. Uredbom visokog predstavnika Padyyja Ashdowna od 25. marta 2003. godine utvrđeno je da “Fabrika akumulatora, zgrada koju je holandski bataljon koristio kao svoje sjedište tokom 1994. i 1995. godine, treba pripasti Memorijalnom centru Srebrenica – Potočari, spomen obilježje i mezarje za žrtve genocida iz 1995. godine”. Memorijalni centar zvanično je otvorio bivši američki predsjednik Bill Clinton 20. septembra 2003. godine.
Prva kolektivna dženaza u Memorijalnom centru u Potočarima obavljena je 2003. godine, kada je u tri faze ukopano 969 žrtava. Memorijalni kompleks sastoji se iz dva dijela. Prvi je dio sakralni, u kojem se ukopavaju posmrtni ostaci identificiranih osoba. Drugi dio Memorijalnog kompleksa zauzima površinu od 120 000 m2, a to je bivša Fabrika akumulatora. U okviru ove fabrike smješteni su: spomen – soba, multimedijalna soba i arhiva, te muzej holandskog bataljona sa stalnom postavkom fotografija i eksponata. U centru su do sada ukopane 6 504 žrtve genocida. Žrtve potječu iz različitih općina, a najviše sa područja Bratunca, Srebrenice, Vlasenice, Zvornika i Milića. Žrtve su pronađene na 150 različitih lokacija, od čega je riječ o 77 masovnih grobnica. Najmlađa do sada ukopana žrtva u Potočarima bilo je novorođenče, djevojčica Fatima Muhić, a najstarija nana Šaha Izmirlić, rođena 1901. godine.