Nakon što su jedinice Hrvatske vojske, uz podršku Hrvatskoj vijeća odbrane, 13. septembra 1995. godine oslobodile grad Jajce, koji se od oktobra 1992. godine nalazio pod kontrolom Vojske Republike Srpske, u Hrvatsku, tačnije Split, je iz zbirke Franjevačke crkve u Jajcu odnešena bogata historijsko – kulturna baština, među kojima i posmrtni ostaci posljednjeg bosanskog kralja Stjepana Tomaševića.
Nakon što je na lokalitetu Carevog polja kod Jajca, po naređenju osmanskog sultana Mehmeda II pogubljen posljednji bosanski kralj zajedno sa nekolicinom velikaša, sve do 1888. godine niko nije poduzeo arheološka iskopavanja u cilju pronalaska kraljevih posmrtnih ostataka. Navedene godine iskopavanja je preuzeo Zemaljski muzej. Budući da se radilo o važnoj historijskoj ličnosti iskopavanja je lično predvodio kustos i kasniji direktor Zemaljskog muzeja Ćiro Truhelka. Tom prilikom je ispod stećka zaista pronađen muški skelet koji je imao odvojenu lobanju. Na nogama su pronađeni ostaci okova, a uz glavu novčić iz XV stoljeća. Nakon što su posmrtni ostaci obrađeni, povjereni su na čuvanje jajačkim Franjevcima. Oni su u zbirci svoje crkve više od stotinu godina pokazivali posjetiocima stakleni lijes u kojem su se nalazili posmrtni ostaci posljednjeg bosanskog kralja Stjepana Tomaševića. Tako je sve bilo do zauzimanja Jajca od strane HV-a i HVO-a.
Nakon što su novine “Slobodna Dalmacija” i Hrvatska radiotelevizija informisali javnost da su “hrvatske postrojbe ušle u Jajce i izuzele posmrtne ostatke posljednjeg kralja”, isti su predati u Muzej hrvatskih starina u Splitu. Navodno, pod opravdanjem da se izvrši konverzija te zaštita. Nakon ove informacije reagovao je Zemaljski muzej u Sarajevu, koji je uputio pismeni zahtjev Ministarstvu vanjskih poslova Republike Bosne i Hercegovine da učini demarš kod Republike Hrvatske od koje će se zvanično zatražiti objašnjenje u vezi sa ovim slučajem.
Komentarišući nastalu situaciju poznati bosanski historičar i arheolog Enver Imamović je rekao: “Ovdje je sasvim jasna situacija: posmrtni ostaci posljednjeg bosanskog kralja potječu sa teritorija države BiH i oni pripadaju bosanskoj nacionalnoj povijesti. Takav vrijedan spomenik se ne može ni pod kojim uvjetima iznijeti iz zemlje bez znanja i dopuštanja državnih tijela i institucija države BiH. Da bi stvar bila jasnija, postavit ću ovo pitanje: kako bi hrvatska javnost reagirala kada bi saznala iz stranih sredstava informiranja da su joj, naprimjer, krajiški Srbi odnijeli u Srbiju čuvenu Višeslavovu krstionicu iz IX stoljeća, izuzetno vrijedan spomenik hrvatske nacionalne povijesti. Uostalom, Hrvatska se u ovom ratu već susrela s pljačkanjem svog nacionalnog blaga. Srpski agresor je temeljno ispraznio vukovarske muzeje i sve prenio u Srbiju. Poznato mi je šta hrvatska strana još uvijek poduzima na međunarodnom nivou da zaštiti i povrati svoje blago. S pravom! Zašto bi se onda zamjerilo bosanskoj strani što diže glas protiv istih pojava kad je u pitanju otuđenje njenog nacionalnog blaga, bez obzira ko ga i zašto odnosi iz Bosne”.
Nakon velike pravne, ali i političke borbe, posmrtni ostaci posljednjeg bosanskog kralja su iz Splita vraćeni u Jajce 1999. godine. Naknadno se saznalo da je hrvatska strana namjeravala kraljeve posmrtne ostatke zadržati i smatrala ih je nekim vidom “ratnog plijena”. Poslije političkog pritiska i prozivanja sudionika, pod prijetnjom međunarodne tužbe, posmrtni ostaci su vraćeni. To se desilo prije svega “zahvaljujući” Muzeju hrvatskih arheoloških spomenika u Splitu, koji je primio i čuvao otuđeni spomenik, obzirom na to da je i Hrvatska članica UNESCO-a i ICOM-a, a time i potpisnica međunarodnih konvencija o zaštiti i čuvanju svog i tuđeg kulturno – historijskog blaga.
Ono što je svakako zasjenilo sam čin povratka kraljevih kostiju je ceremonija koja je upriložena povodom tog akta. Naime, organizovan je crkveni ritual nad kostima posljednjeg bosanskog kralja – osvećene su mu kosti i nad njim je obavljen crkveni ritual nakon 500 godina. Činjenica kralj je slikom političkim prilika u tadašnje vrijeme prihvatio katoličanstvo, ali je rođen kao pripadnik Crkve bosanske, od oca Tomaša i majke Vojače. Također, prilikom povratka posmrtnih ostataka na kovčegu se nalazila hrvatska zastava, umjesto zastave sa ljiljanima, što je svakako bio još jedan veliki propust izrežiran od strane hrvatskog političkog miljea u BiH. Sasvim je jasno da je cijelu ceremoniju organizovala HDZ stranka i hrvatski kler, dok se bošnjačko rukovodstvo ništa nije pitalo.