Jedan od prvih popisa koji navodi precizan broj stanovnika Bosanskog ejaleta je izvršen 1852. godine. Ipak po njemu su popisani samo muškarci, kao i broj kuća u ejaletu. Kako je Bosanski ejalet bio podijeljen na sedam kajmakamija (raniji sandžaci) tako posjedujemo relevantne podatke o broju muškaraca i kuća u Bosanskom ejaletu. Obzirom da je osmanska vlast sve stanovnike smatrala Bošnjacima popis je rađen po principu podjele stanovništva na muslimane i kršćane s tim da su u kršćane ubrojani i katolici i pravoslavci.

Prema tome, u Sarajevskoj kajmakamiji koja je obuhvata Sarajevo, Visoko, Fojnicu, Neretvu i Rogaticu živjela su 26 544 muslimana i 18 992 kršćanina. Muslimani nisu bili većina jedino u Fojnici. U Zvorničkoj kajmakamiji, koja je obuhvatala Gornju i Donju Tuzlu, Zvornik, Bijeljinu, Brčko, Gradačac, Maglaj, Kladanj i Srebrenicu, je živjelo 52 114 muslimana i 59 025 pravoslavaca. Zanimljiv je podatak da u Gradačcu živi čak 36 119 muškaraca od čega na pravoslavce otpada 20 117. U Banjalučkoj kajmakamiji koju su činili samo Banja Luka, Derventa i Tešanj živjelo je 13 330 muslimana i 61 949 pravoslavaca. Bihaćka kajmakamija, koju su činili Bihać, Krupa, Novi, Dubica, Prijedor, Kozarac, Ivanjska, Stari Majdan, Ključ i Petrovac, imala je 34 933 muslimana i 49 261 pravoslavca. Muslimani su bili većina jedino u Krupi, Ključu i Petrovcu. U Travničkoj kajmakamiji koju su činili Travnik, Zenica, Skoplje, Jajce, Jezero, Glamoč, Livno i Prozor živjelo je 24 106 muslimana i 55 978 pravoslavaca. Muslimani su bili većina jedino u Zenici. U Novopazarskoj kajmakamiji je živjelo 21 440 muslimana i 20 492 pravoslavca. Hercegovačka kajmakamija nije popisana. Tako je u Bosanskom ejaletu 1852. godine bilo 263 587 muškaraca kršćana koji su stanovali u 62 777 kuća i 175 177 muškaraca muslimana koji su stanovali u 49 851 kući. Tom broju treba pripisati i 1 074 Jevreja i 4 640 Roma. Katolici i pravoslavci su popisani zajedno, iako se broj katolika pouzdano znao: u 1856. godini ih je bilo ukupno 121 486.

Posmatrajući muslimane, katolike i pravoslavce odvojeno, sasvim je sigurno da su Bošnjaci – muslimani i dalje, barem u Bosni (bez Hercegovine), činili relativnu većinu ali kada uzmemo u obzir podatak francuskog konzula Fossesa iz 1807. godine koji tvrdi da su muslimani činili skoro 60% stanovništva Bosanskog ejaleta onda zaključujemo da su oni vidno opali. Jedan od razloga takvog stanja su burna vremena prve polovine XIX stoljeća u kojem je osmanska vlast u krvi gušila brojne ustanke Bošnjaka – muslimana, koji su se bunili protiv reformi koju je poduzimalo Osmansko carstvo. Također, muslimani su i dalje bili primorani da hrle u nepotrebne ratove koje je osmanska vojska vodila protiv Rusije i u kojima je redovno doživljavala poraze, kao i gušenje brojnih pobuna širom Osmanskog carstva. Kulminacija je svakako misija Omer paše Latasa koja je prolila još više krvi među muslimanima, a koja se podudara sa popisom stanovništva.

Hrvatski historičar Ivan Kukuljević koji je 1857. godine putovao po BiH navodi da u Bosni živi ukupno 1 077 865 stanovnika, od kojih je 384 000 muslimana, 561 000 pravoslavaca, 122 865 katolika, 8 000 cigana i 2 000 jevreja, dok Hercegovina ima ukupno 289 000 stanovnika, od kojih je 68 000 muslimana, 180 000 pravoslavaca i 41 000 katolika. Konzul Zorab je 22. jula 1860. godine pisao da u Bosni ima oko 1 200 000 stanovnika, i to muslimana 490 000, katolika 160 000 i 555 000 pravoslavaca. Ovim se da zaključiti da su Bošnjaci – muslimani veoma brzo postali manjina. Uvidjevši da se stanje mijenja u korist nemuslimana Osmanlije, shodno donošenju Hatihumajuna iz 1856. godine koji je garantovao jednaka prava svim stanovnicima Osmanskog carstva, počinju uvažavati mješoviti sastav stanovništva Bosanskog ejaleta, pa je tako prilikom obrazovanja krivičnog suda u Mostaru 1857. godine za prvog predsjednika postavljen Turčin iz Istanbula, dok su komisiju činila po dva muslimana, pravoslavca i katolika. Time Bošnjaci – muslimani i definitivno gube prevlast na prostoru Bosanskog ejaleta.