Veliki bečki rat (1683 – 1699) i novi osmansko – austrijski rat koji je okončan Požarevačkim mirom 1718. godine, imali su drastičnu promjenu na konfesionalan sastav stanovništva Bosanskog ejaleta. Obzirom da je Austrija vratila ogromni teritorij Slavonije, Dalmacije i Ugarske, muslimansko stanovništvo je bilo primorano da se povuče na prostor Bosanskog ejaleta. Za razliku od muslimana, sultanovi nemuslimanski podanici su bili u znatno boljem položaju. Oni su još u toku ratova protiv Osmanskog carstva prelazili na stranu protivnika, a takva pojava je bila česta i u mirodopskom periodu. O tome govore spisi Vatikanskog arhiva koji navode da se tokom osmansko – mletačkog rata od 1714. do 1718. godine u blizini Imotskog naselilo oko 120 pravoslavnih porodica. Slično je bilo i sa katolicima koji se iz Bosanskog ejaleta iseljavaju još u vrijeme Velikog bečkog rata, a naročito veliko iseljavanje je uslijedilo nakon pohoda Eugena Savojskog na Bosnu u oktobru 1697. godine kada je sa njim krenulo 40 000 katolika. Oni su se u Habsburškoj monarhiji naselili na onim prostorima odakle su protjerani muslimani. Proces iseljavanja se nastavlja i u prvim decenijama XVIII stoljeća, kada se katolici počinju iseljavati iz istočne Hercegovine. No, istovremeno se broj pripadnika ove konfesije povećava na prostoru zapadne Hercegovine.
U tom periodu na prostoru Bosanskog ejaleta živjelo je oko 24 000 katolika i 77 000 pravoslavaca. To je period kada u Bosni muslimani čine apsolutnu većinu. Ipak, broj muslimana se zbog unutrašnjih i vanjskih okolnosti (kuga i odlazak na strana ratišta) znatno smanjio, tako da već 1732. godine u Bosanskom ejaletu živi oko 198 000 muslimana, 113 000 pravoslavaca i 30 000 katolika. Do osjetnog povećanja pravoslavaca došlo je uslijed njihovog naseljavanja na bogatim pašnjacima i obradivim površinama, dok je zbog aktivnosti franjevaca zaustavljen odlazak katolika.
Period od 1729. do 1739. godine obilježile su kuge koje su naročito pogodile urbane dijelove ejaleta. Obzirom da su u gradovima uglavnom živjeli muslimani oni su postali najveće žrtve kuga. U pismu od 29. decembra 1731. godine stolački kapetan Šarić piše Dubrovčanima: “Ako budete pitali za bolest: dosleka je iz našeg Stoca izišlo 300 mrtvaca. A sedara svaki dan izlazi četiri do pet mrtvaca, a mi hvala Bogu doslika živimo zdravo”. Kugom su naročito bili pogođeni veliki gradovi poput Sarajeva, Mostara i Banja Luke gdje je samo godišnje od kuge stradavalo preko 1 000 osoba.
Iako malobrojni u odnosu na pripadnike islama i pravoslavlja, stanovnici katoličke vjeroispovijedi su se dobro organizovali u Bosanskom ejaletu. Shodno tome naročitu pažnju su vodili o svom brojnom stanju, a aktivnost po tom pitanju se vodila u samostanima. Sa povećanjem broja vjernika došlo je i do povećanja broja svećenika. Tako je npr. 1724. godine na prostoru Bosanskog ejaleta bilo 47 franjevaca, četiri klerika, dva novaka i sedam braće laika. Odnos osmanskih vlasti i svećenika je bio korektan. I pored svih iskušenja i novčanih izdataka, životni standard bosanskih franjevaca je bio veći nego kod prosječnog muslimana. Zahvaljujući boljem standardu vjernika, brojni vjerski objekti bosanskih katolika su obnovljeni. Uz saglasnost vlade iz Istanbula, fojnički franjevci su od 18. oktobra 1734. do 5. januara 1735. godine, uz pomoć vjernika, pokrili dotrajali krov na samostanu i crkvi. Dobri međuljudski odnosi bili su i između franjevaca i pojedinih uglednih ličnosti. U pismu od 22. decembra 1735. godine duvanjski emin Mehmed aga Jusufbegović, između ostalog piše: “Ovi list neka se prida momu prijatelju Stipanu biskupu Blaškoviću od Makaraske”. Međutim, bosanski franjevci su imali poteškoće sa pravoslavnim sveštenstvom, te fra Filip Lastrić piše: “Mi u njima imamo ljuće dušmanine nego li su sami Turci”.
Jednako kao i katolici i pravoslavci su prelazili na stranu osmanskih protivnika. Ipak, oni se vraćaju nakon što se nisu najbolje snašli pod vlašću Mlečana i Austrijanaca. Njihovo vraćanje, kao i dolazak brojnog pravoslavnog stanovništva iz crnogorskih nahija, znatno će povećati broj pravoslavnih vjernika na prostoru cijelog Bosanskog ejaleta. Zbog izrazite sposobnosti u zanatskim i trgovačkim poslovima oni se počinju naseljavati i u gradovima, u kojima su do tada uglavnom živjeli muslimani. Kada je u Sarajevu 1724. godine izbio veliki požar, među stradalim objektima je bila i pravoslavna crkva. Tada pravoslavci traže da se ne samo obnovi crkva, nego da se i proširi. Uz dobru nadoknadu ličnostima koje su o tome odlučivale, 1729. godine odobrena je izgradnja crkve znatno većih dimenzija. Kadije su dozvoljavale i u ostalim mjestima Bosanskog ejaleta da pravoslavci popravljaju svoje objekte, pa i da ih proširuju.
