Pristupanjem zemalja jugoistočne Evrope Trojnom paktu, Kraljevina Jugoslavija se gotovo u potpunosti našla u okruženju članica Trojnog pakta. U takvom okruženju i sama Kraljevina Jugoslavija 25. marta 1941. godine pristupa Trojnom paktu. Dva dana kasnije dolazi do državnog udara i velikih demonstracija širom jugoslovenskih gradova. Uvidjevši da neće imati u potpunosti osigurano zaleđe prilikom napada na Sovjetski savez, Hitler 6. aprila naređuje silovit napad na Jugoslaviju. Jugoslovenska vojska, potpuno nespremna i nesposobna za rat, doživljava poraz za samo jedanaest dana borbe, 17. aprila. Njemačka armija već 13. aprila prelazi rijeku Savu i time stupa na teritorij Bosne i Hercegovine, a dva dana kasnije zauzima i Sarajevo.
Položaj BiH već u prvim danima okupacije biva definiran. Proglašenjem Nezavisne Države Hrvatske 10. aprila 1941. godine, na osnovu “historijskog prava”, prostor naše domovine ulazi u sastav pomenute tvorevine. Između italijanskih i njemačkih okupacionih trupa povučena je demarkaciona linija, koja je najvećim dijelom zahvatala teritorij BiH, na taj način da je 31 bosanski srez pripao Nijemcima a 27 Italijanima. Njemačke interese u BiH, štitio je 51. armijski korpus čiji je primarni zadatak bio sigurna eksploatacija privrednih bogatstava i osiguravanje kvislinškog ustaškog režima u njoj. Italijanke interese su štitila dva korpusa vojske. Obzirom da su Italijani prostor BiH smatrali najbogatijim dijelom NDH, maksimalno su se trudili da eksploatišu njezino drvno i rudno bogatstvo.
Položaj BiH u NDH bio je definiran, još i prije samog osnivanja države. Sva vlast je bila u rukama poglavnika Ante Pavelića. Najveća upravna jedinica je bila velika župa, kojih se sedam nalazilo u BiH. Velike župe su bile uređena na način da se potpuno izbriše teritorijalna postojanost BiH. Naša domovina se u državno – pravnom smislu smatrala hrvatskom zemljom, dok su svi muslimani smatrani Hrvatima. Još u prvim danima osnivanja ustaški režim je užurbano radio u cilju prikazivanja BiH kao “historijskog dijela Hrvatske i duše Hrvata”. U cilju pridobijanja Bošnjaka na svoju stranu, ustaški režim je isticao svoju licemjernu naklonost prema bošanjačkom stanovništvu. Ustaški režim nastojao je iskoristiti Bošnjake da dobije prostor današnjeg Sandžaka, tvrdeći da je položaj Bošnjaka u Sandžaku veoma loš, te da će im biti puno bolje ukoliko se Sandžak nađe unutar granica NDH. Naravno, do toga nikada nje došlo. Kolika je propaganda bila i u samom isticanju ravnopravnosti dvije religije, katoličanstva i islama, dovoljno govori podatak da je “Katolički tjednik” naglašavao da država treba biti isključivo katolička, te da se mora raditi na programu kroatizacije stanovništva. S druge strane režim je punom snagom težio da ostvari politiku istrebljenja Srba u novoformiranoj državi. Biološkim istrebljenjem Srba i Jevreja trebalo je osigurati stvaranje čistog hrvatskog prostora. Premda je nekolicina istaknutih Bošnjaka, poput Džafer bega Kulenovića i Ademage Mešića podržavala ustaški pokret, uvidjevši da je raspirivanje mržnje prevazišlo sve granice, grupa uglednih Bošnjaka, u periodu od septembra do decembra 1941. godine, izdaje niz rezolucija u kojima se ograđuje od djelovanja ustaškog režima.
Grupa Bošnjaka, na čelu sa Uzeir agom Hadžihasanovićem, je 1. novembra 1941. godine uputila memorandum Hitleru u kojem ističe da politika Ante Pavelića ne ide u pravom smijeru, te ga moli da BiH dobije autonomni status pod zaštitom Njemačke. Također, delegacija Bošnjaka iz Mostara je pregovarala i sa italijanskom vladom u Rimu, u cilju zaštite Bošnjaka od četničkih zločina u Hercegovini i dijelu Bosne. Međutim, svi ovi pokušaji, da se BiH izdvoji iz sastava NDH, nisu imali uspjeha. Zbog toga u mnogim krajevima dolazi do osnivanja bošnjačkih milicija u cilju zaštite sela i stanovništva.
Istovremeno sa ustaškim pokretom zločine je činio i četnički pokret, Jugoslovenske vojske u otadžbini, na čijem čelu se nalazio Draža Mihailović. Četnički pokret u Drugom svjetskom ratu bio je prožet velikosrpskim hegemonizmom i šovinizmom, nad svime onim što nije srpsko i pravoslavno. Prva organizacija četničkog pokreta u BiH seže u septembar 1941. godine, kad je nekoliko emisara Draže Mihailovića stiglo u istočnu Bosnu u cilju organizacije tog pokreta na tom području. Premda su većinu pokreta činili pripadnici srpske narodnosti manji broj Bošnjaka, poput Mustafe Mulalića, je podržavao četnički pokret.
Politička vodilja pokreta je bio Moljevićev memorandum iz 20. juna 1941. godine, koji se zasniva na tvrdnji da Srbima pripada položaj vodeće nacije u Jugoslaviji, te da oni trebaju stvoriti etnički čistu jugoslovensku državu. Sličan plan izradio je i sam vođa pokreta, Mihailović u svojim Instrukcijama iz decembra, po kojem je trebalo stvoriti etnički čistu jugoslovensku državu i u njoj veliku Srbiju. Hrvate bi trebalo preseliti u one krajeve koje bi ostale od Hrvatske, a Bošnjake prije svega uništiti, a ostatak iseliti u Tursku.
Osnovni program pokreta zasnivao se na masovnom teroru nad Bošnjacima i Hrvatima. U periodu od jula 1941. godine pa sve do marta 1943. godine, pokret je učinio niz zločina nad Bošnjacima i Hrvatima na prostoru BiH. Samo je u periodu od decembra 1941. do januara 1942. u Foči i Goraždu likvidirano oko 5 000 Bošnjaka. Zločini su učinjeni i na prostoru Bosanskog Grahova, Vlasenice, Višegrada, Kulen Vakufa, Srebrenice, Stoca, Mostara, Prozora i brojnih drugih mjesta. Treba naglasiti da su četnici u početku zajedno sa komunistima (partizanima) počinili niz zločina na prostoru Koraja, Bosanskog Grahova, Kulen Vakufa i Borača. Početkom borbi za istočnu Bosnu, u proljeće 1942. godine, prestala je saradnja četnika i partizana. Također, četnici su sarađivali i sa ustašama od kojih su dobijali oružije i municiju.
Četnički pokret je usko sarađivao sa okupacionim snagama i zajedno sa njima učestvovao u borbama protiv partizana, sve do Bitke na Neretvi 1943. godine, kada je potpuno razbijeno između 12 000 i 15 000 četnika. Nakon ovog poraza četnički pokret potpuno gubi svoj značaj i snagu. Nakon što je sovjetska armija u oktobru 1944. godine oslobodila prostor Srbije, četnici su u decembru pokušali zauzeti Tuzlu i prostor sjeveroistočne Bosne, ali nisu uspjeli. Početkom 1945. godine pokret je, zbog napuštanja, potpuno desetkovan a preostali borci su se povukli u bosanske šume, odakle su i nakon rata djelovali.
Masovni zločin ustaškog režima i četničkog pokreta, nakon sloma Kraljevine Jugoslavije, je kod naroda (prije svega srpskog) izazvao potrebu za podizanjem oružanog ustanka na prostoru istočne Hercegovine. Jedina politička snaga, koja je i nakon aprilskog rata i okupacije, ostala kompaktna kao općejugoslovenska partija bila je Komunistička partija Jugoslavije. Iskoristivši pobunu na prostoru istočne Hercegovine i sjeverozapadne Bosne, KPJ se uključila u pružanje oružanog otpora okupatoru. KPJ je oružanu borbu na prostoru BiH otpočela 27. jula kada na prostoru Drvara, Oštrelja i Bosanskog Grahova dolazi do prvih napadnih akcija. Pokretom je rukovodio Glavni štab narodnooslobodilačke borbe na čijem čelu se nalazio Josip Broz Tito. Pod parolom “bratstva i jedinstva” određeni su glavni ciljevi borbe, koji su se sastojali u borbi protiv domaćih i stranih okupatora te izgradnji nove Jugoslavije na federativnom principu. Uporedo sa vođenjem borbi formirani su i novi organi vlasti. U početku narodnooslobodilački odmori a zatim antifašistička vijeća, čiji je zadatak bio organiziranje borbe i osiguranje namirnica stanovništvu.
