U period XVIII stoljeća Bosanski ejalet ulazi sa nizom promjena, poput administrativnih (smanjuje se broj sandžaka) i vojnih (usavršava se spahijski red, pojava kapetanija). Period mira nije dugo trajao, tako da 1714. godine dolazi do novog rata. Želeći da povrati izgubljene teritorije Porta objavljuje Mletačkoj republici rat. Teritorij Bosanskog ejaleta je ponovo bio izložen nizu pograničnih sukoba. Do najveće bitke je došlo kod Sinja, u avgustu 1715. godine, gdje su osmanske snage doživjele poraz. Kako Mlečani nisu imali snage da vode ozbiljnije akcije na njihovu stranu se 1716. godine uključuje Austrija. Habsburška vojska je ponovo nanijela niz poraza osmanskim trupama te su zauzeti Jasenovac, Bosanska Dubica, Kostajnica i Bosansku Gradišku. Ipak, Bošnjaci su se ponovo istakli odbranom Bosanskog Novog i Zvornika. Mlečani su 1717. godine zauzeli Imotski, što je bio njihov jedini veći uspjeh u ovom ratu. Mirovnim ugovorom u Požarevcu 1718. godine, Bosanski ejalet je izgubio dijelove Bosanskog i Zvorničkog sandžaka. Obzirom da je mirovnim ugovorom Mletačka dobila Imotski, Dubrovačka republika ne želeći da graniči sa Mletačkom, Osmanskom carstvu ustupa Neum i Klek na sjeveru i Sutorinu na jugu. Time je Hercegovački sandžak, a samim time i Bosna i Hercegovina, dobila dva izlaza na more.

Nakon ovog rata nastupio je period od nepunih dvadeset godina mira. Za to vrijeme Bošnjaci su zarad osmanskih interesa ratovali na drugim ratištima, izvan svoje domovine. Naročito su se istakli u bitkama kod Isfahana i Hamadana, protiv Perzijskog carstva, 1727. godine i u Bici kod Ozije, protiv Ruskog carstva, 1736. godine.

Banjalucki boj
U 10 dana borbi za Banja Luku, habsburška vojska je imala oko 1 000 poginulih vojnika i oficira

Kako je Austrija sve više ispoljavala svoju politiku osvajanja Balkana, 1737. godine objavljuje Osmanskom carstvu novi rat. I dok je prvi kontigent habsburške vojske, koji se borio u Srbiji, imao velike uspjehe, onaj drugi, koji se borio na prostoru Bosanskog ejaleta, doživljava potpuni fijasko. Rat će za Bosanski ejalet i Bošnjake biti karakterističan po jednoj od najvećih pobjeda u historiji Bosne i Bošnjaka. Bitka kod Banja Luke, koja se odigrala 4. avgusta 1737. godine i u kojoj su Bošnjaci, sami bez ikakve pomoći Porte, do nogu potukli osvajačku habsburšku vojsku izazvat će val oduševljenja i divljenja širom Osmanskog carstva. Izuzev Ali paše Hećimoglua, svi branioci Banja Luke su bili Bošnjaci. Ova pobjeda ne samo da je sačuvala Bošnjake od fizičkog nestanka nego je i povećala svijest kod Bošnjaka o neophodnosti opstanka na ovim prostorima. Pored pobjede kod Banja Luke, Bošnjaci će odnijeti veličanstvenu pobjedu i kod Bosanskog Novog. Mirovnim sporazumom u Beogradu 1739. godine, Bosanski ejalet se vratio na granice iz mira u Sremskim Karlovcima 1699. godine, ali samo prema Austriji, pošto Mletačka republika nije učestvovala u ratu.

Završetkom ovog rata konačno je nastupio period “mirnijeg” vremena za prostor Bosanskog ejaleta. Ipak, period od narednih pet desetljeća će biti obilježen slanjem Bošnjaka u ratove protiv Perzije i Rusije, te nizom buna seoskog  muslimanskog stanovništva protiv lokalne uprave i sudstva. Također, i katoličko stanovništvo se bunilo zbog povećanja poreza. Ovakvi događaji su dodatno potvrdili da Osmansko carstvo ni na unutrašnjem planu više ne predstavlja ozbiljnu državu.

Dubica
Zbog najtežih borbi za Dubicu, rat je dobio naziv Dubički

Smatrajući da može iskoristiti ovakvo stanje u Bosanskom ejaletu i pridobiti na svoju stranu muslimansko i nemuslimansko stanovništvo Austrija 1788. godine Osmanskom carstvu objavljuje novi rat. U našoj literaturi ostat će poznat pod nazivom Dubički rat. Rat je ponovo pokazao veliku hrabrost i otpor Bošnjaka, koji su bili glavna odbrambena uzdanica i ovog rata, jer je pomoć Porte i ovoga puta izostala. Nakon tri godine žestokog rata, habsburška vojska uspjela je da zauzme samo Bosansku Dubicu, Bosanski Novi, Cetingrad i Bosansku Gradišku. Mirovnim ugovorom u Svištovu 1791. godine, Austrija je dobila samo prostor Plješevice i Pltivičkih jezera, dok je gradove uz Savu morala vratiti.

Prostor Bosanskog ejaleta, okončanjem ovog rata, neće više biti predmet osvajanja od strane habsburške vojske, međutim brojni drugi problemi će se u narednom periodu pojaviti. Tokom cijelog XIX stoljeća na prostoru današnje Bosne i Hercegovine živjelo je između 1 i 1,3 miliona stanovnika. Austrija, najveći neprijatelj Osmanlija na ovom prostoru, će iz vojnog preći na političko djelovanje u cilju pridobijanja prostora Bosne i Hercegovine. Shodno tome osnovat će i svoj konzulat u Travniku. Interese će pokazati i Francuska te Rusija, koje će također imati svoje predstavnike u Bosanskom ejaletu.

Godine 1804. prostor Bosanskog ejaleta biva ugrožen pojavom srpskog ustanka. Ustanici su se preko Sandžaka namjeravali povezati sa Crnom Gorom. U periodu od 1806. do 1813. godine Bošnjaci će ponovo biti ključni faktor osmanske vojske u borbi protiv srpskih ustanika. Uz sve probleme, istovremeno u zapadnoj Bosni izbija ustanak pravoslavaca. Blizu 40 000 Bošnjaka je učestvovalo u borbi protiv srpskih ustanika. I pored činjenice da su Bošnjaci u Bici na Mišaru 1806. godine doživjeli težak poraz, na kraju su upravo oni, na čelu sa beglerbegom Ali pašom Derendelijom, 5. oktobra 1813. godine, zauzeli Beograd čime je ugušen Prvi srpski ustanak.

Sve ove pobjede, koje su izvojevane prvenstveno zahvaljujući Bošnjacima, nisu bile cijenjene na Porti. Ona je zahtjevala što brzo sprovođenje reformi u Bosanskom ejaletu, na što bosanski kapetani nisu željeli pristati. Ovakvo negodovanje prouzrokovat će niz buna protiv sistema na prostoru Bosanske krajine, Travnika, Mostara i Sarajeva. Ni postavljanje sposobnih beglerbegova, poput Sulejmana paše Skopljaka, nije urodilo plodom pa su bune još više kulminirale. Situacija se poboljšala tek dolaskom Seid Dželaludin paše, na mjesto bosanskog beglerbega. Svojom surovom vladavinom (1820 – 1822), eliminisao je niz bosanskih prvaka, te je poboljšao sistem trgovine i ubiranja poreza.

Janjicari
Janjičari su dugo vremena predstavljali jednu od najelitnijih vojnih jedinica u Evropi

Janjičarski red, koji je nekoliko stoljeća bio simbol moći Osmanskog carstva, konačno biva ukinut 1826. godine od strane sultana Mahmuda II. Ista sudbina, naredne godine, zadesila je i janjičare na prostoru Bosanskog ejaleta. Obzirom da su janjičari bili uglavnom domaći ljudi, pobunili su se toj odluci jer su smatrali da Porta nije u stanju da odbrani granice Carstva. Ipak, 1827. godine, nakon kratke pobune janjičara, i u Bosni biva ukinut janjičarski red.

Porta i dalje nije odustajala od nastavka sprovođenja reformi na prostoru Bosanskog ejaleta. Bosanski velikaši, uvidjevši da se nalaze u nezavidnoj situaciji, odlučiše se ujediniti u zajedničkoj borbi. Perjanica te borbe će postati Husein kapetan Gradaščević. Pokret za autonomiju, Huseina kapetana Gradaščevića, predstavlja svakako jednu od najinteresantnijih i najvažnijih epoha u cijeloj historiji Bosne i Hercegovine. Ujedno je to i jedna veoma bolna epizoda, gdje su Bošnjaci krvlju pokušali ostvariti svoja zaslužena prava. O samom pokretu se ima dosta toga napisati i svakako da će on biti predmet nekih od budućih članaka. S toga ćemo u ovom dijelu navesti samo da je osnovni zahtjev pokreta Huseina kapetana Gradaščevića bio da Bosna dobije autonomni položaj u sklopu Osmanskog carstva, baš kao što su i brojne druge pokrajine to dobile. U dvije godine (1831 – 1833), koliko je trajala borba Bošnjaka za svoja prava, pokret je bio blizu ostvarivanja zacrtanih ciljeva, međutim prvenstveno izdajom domaćih velikaša, na čelu sa Ali agom Rizvanbegovićem, pokret doživljava neuspjeh.

U periodu od 1833. do 1851. godine Hercegovina će postati centralna regija današnje Bosne i Hercegovine, zahvaljujući pomenutom Ali agi Rizvanbegoviću, koji zbog lojalnosti sultanu dobija čin paše i Hercegovinu na upravu. Hercegovina biva izdvojena iz Bosanskog ejaleta i postaje zasebna oblast. Za vrijeme njegove uprave Hercegovina će doživjeti potpunu privredu ekspanziju, uvođenjem novih kultura u poljoprivredi te stočarstvu. Također, na Buni je izgradio i prvu pilanu 1845. godine.

Nakon ugušenja pokreta za autonomiju na prostoru Bosanskog ejaleta je došlo do niza novih buna, naročito na prostoru Bosanske krajine i Posavine. Razlog su ponovo bile reforme (ukidanje kapetanija i spahijskog reda), na koje Bošnjaci nisu željeli pristat. U cijelom Osmanskom carstvu je tekao proces sprovođenja novih reformi, poznatih kao Tanzimat. Posebno energičan u gušenju pobune je bio beglerbeg Tahir paša (1847 – 1850), ali je i on doživio niz poraza od bosanskih velikaša, baš kao i njegovi predhodnici.

latas
Omer paša Latas se smatra jednim od najvećih krvnika Bosne i Bošnjaka. Njegovim djelovanjem gotovo je potpuno eliminisana muslimanska elita

Uvidjevši da ne može stati na kraj sa pobunama u Bosanskom ejaletu, Porta u Bosnu dovodi eksperta za gušenje ustanaka, Omer pašu Latasa. Nizom akcija, tokom 1850. i 1851. godine ne samo da je skršio svaki mogući otpor bosanskih velikaša, nego je sproveo i niz reformi u Bosanskom ejaletu. Tokom njegovih brutalnih akcija stradalo je oko 2 500 bosanskih muslimana, uključujući i Ali pašu Rizvanbegovića. Time su definitivno ugušene bune muslimana, ali je došlo do niza kršćanskih pobuna tokom 50-tih i 60-tih godina XIX stoljeća u istočnoj Hercegovini i Bosanskoj krajini.

Nakon niza poteškoća u Bosanskom ejaletu, dolaskom Šerif Osman paše 1861. godine na mjesto bosanskog beglerbega, Bosna će i konačno doživjeti svoj “Zlatni period”. U narednim godinama, sve do 1869. godine do kada je bio glavni čovjek ejaleta, Osman paša će sprovesti niz pozitivnih reformi. Najvažnija reforma je svakako “Vilajetski ustavni zakon” iz 1865. godine, po kome je ejalet postao vilajet a beglerbeg valija. Bosanski vilajet je dobio i niz vijeća pomoću kojih se lakše upravljalo pokrajinom. Kroz niz zakona sprovedena je i reforma vojske, privrede i sudstva.

Odlaskom Osman paše u Bosni je ponovo nastupio nemirni period. Najznačajnije obilježje ovog perioda je svakako Seljački ustanak, koji je izbio 1875. i trajat će sve do 1878. godine. Ustanak se brzo širio po ostalim evropskim dijelovima Osmanskog carstva, te je naveo da se u sukob uključe Rusija, te Srbija i Crna Gora. Iako je odlukom Sanstefanskog mira iz marta 1878. godine, Bosni pripao autonomsni status u sklopu Osmanskog carstva, Austrougarska je dobila saglasnost od Rusije da okupira Bosnu i Hercegovinu. Na Berlinskom kongresu, održanom od 13. juna do 13. jula 1878. godine, po 25. članu mirovnog ugovora, teritorij Bosne i Hercegovine, osim Novopazarskog sandžaka, je predat na upravu Austougarskoj. Time je Bosna i Hercegovina i zvanično predata na upravu Austrougarskoj imperiji, nakon čega je širom Bosanskog vilajeta došlo do niza nemira zbog osmanskog napuštanja Bosne. Zvanično, 27. jula 1878. godine, podnošenjem ostavke posljednjeg bosanskog valije, Ahmeda Mazhar paše, prestala je 400-godišnja osmanska uprava nad Bosnom i Hercegovinom.