Sam čin proglašenja Kraljevstva Srba, Hrvata i Slovenaca u Beogradu 1. decembra 1918. godine, označio je početak zaoštravanja i nepovjerenja među svim narodima koji su se našli u prvoj zajedničkoj državi. Krajem decembra formirana je i prva Vlada u kojoj se regent Aleksandar Karađorđević odmah počeo ponašati kao diktator, jer je mandat povjerio Stojanu Protiću, čelniku Narodne radikalne stranke, a ne, kako je ranije bilo dogovoreno, Nikoli Pašiću. Prosrpska vlada je već u startu dala do znanja drugim narodima i regijama da će im biti nametnut velikosrpski koncept, koji većina drugih naroda nije mogla prihvatiti. U tom kontekstu posebno teška situacija će nastupiti za Bošnjake, kojima je bilo predviđeno nacionalno “osvješćivanje” i “nacionaliziranje” u srpskom smislu. Manjinskim narodima je ostavljena mogućnost ili da se asimiliraju u većinsku naciju ili da prihvate status građana drugog reda. Prema 10. članu Senžermenskog mirovnog ugovora sa Austrijom, potpisanog 10. septembra 1919. godine, Kraljevina SHS se obavezala da će na svojoj teritoriji “osigurati da muslimani u pogledu svoga porodičnog i ličnog statusa, imaju odredbe koje im dopuštaju da se njihova pitanja regulišu po islamskim načelima”. Ipak, tokom prve decenije svoga postojanja Kraljevina SHS nije realizirala niti jednu obavezu Senžermenskog ugovora, a neke niti kasnije. Prema 109. članu – stav 3, Vidovdanskog ustava, donesenog 1921. godine, država se obavezala na odredbu po kojoj “porodičnim i naslednim poslovima Muslimana [Bošnjaka] sude državne šerijatske sudije”. Međutim, šerijatski sudovi od ranije postojali su samo u BiH i dijelovima Crne Gore, dok je funkciju vrhovnog šerijatskog sudije za Srbiju i Crnu Goru obnašao vrhovni muftija u Beogradu na osnovu jedne zakonske odredbe od 30. januara 1922. godine. Odgađanje uvođenja šerijatskih sudova nastavilo se čak i poslije usvajanja jedinstvenog Zakona o šerijatskim sudovima, 21. marta 1929. godine. Nepravednost prema Bošnjacima se pokazala i kada je imenovan reisul ulema za cijelu državu, Džemaludin ef. Čaušević koji je deklarativno priznat za vjerskog poglavara svih muslimana u Kraljevini SHS, ali mu se onemogućavalo djelovanje u vjerskim poslovima izvan BiH. Treća obaveza se ticala zaštite vjerskih ustanova, džamija, vakufa i mezarja. Već u prvim mjesecima uspostave nove države stizale su informacije kako se oduzimaju džamije i pretvaraju u vojne magacine, škole i sokolske dvorane. Učestala je bila pojava i skrnjavanja i prekopavanja muslimanskih groblja, kao i onemogućavanje rada sibjan – mekteba (osnovne islamske škole).

U beogradskim političkim krugovima već po samom uspostavljanju nove države rađeno je na upućivanju pouzdanih ljudi iz Srbije u BiH na funkcije u državnoj upravi. Dotadašnji bosanskohercegovački službenici, uglavnom Bošnjaci i Hrvati, bili su smjenjivani pod različitim izgovorima ili postavljeni na takve dužnosti gdje nisu imali nikakvog utjecaja. Predstavnici srpskih političkih krugova pozivali su najodgovornije ličnosti Zemaljske vlade za BiH da umjesto dosadašnjih okružnih načelnika u Sarajevu, Tuzli i Travniku imenuju činovnike iz Srbije, što je Beograd odmah i odobrio. Štaviše, i zvanični organ Zemaljske vlade u Sarajevu, “Narodno jedinstvo” isticao je da je za BiH najpodeseniji upravni aparat iz Srbije. Državno – pravni aparat nove države nije radio gotovo ništa na zaštiti Bošnjaka u novoj državi, tako da je samo na području istočne Hercegovine u prvim godinama ubijeno van suda i zakona preko 3 000 Bošnjaka. Policija i žandarmerija je samo interno zaustavljala ovakve napada. Ništa bolji nije bio ni odnos od strane sudova i tužilaštva koji su bili zaduženi da privode one koji krše zakon. Zbog stalnog narušavanja reda i mira Narodna vlada u Sarajevu je tokom novembra 1918. godine uvela prijeke sudove, u Banja Luci, Brčkom i Derventi. Ipak, nije prihvaćen prijedlog da se on uvede na cijelom teritoriju BiH. Među primjerima lošeg položaja Bošnjaka navest ćemo slučaj Memoranduma kotara Bijeljina upućenog u januaru 1919. godine Narodnoj vladi u Sarajevu u kojem stoji: “Mi potpisani u svoje ime i u ime svih muslimana bez razlike staleža, kotara Bijeljina podnosimo ovaj memorandum da se shodni koraci preduzmu, da nam se pruži zadovoljština i ošteta za nedjela, što ih počiniše Narodno Vijeće u Bijeljini i težaci ovog kotara od dana prevrata na našoj osobnoj slobodi i imetku, a da nam se zajamči zaštita i sigurnost za budućnost. (…) Dok kod naših sugrađana pravoslavnih još danas imade vojničkih pušaka na pretek, mi smo morali predati sve oružje (…). Bijeljinsko Narodno vijeće rekviriralo je kola i sijeno jedino od Muslimana (…) Građani pravoslavni bili su pošteđeni. Stanovnici okolnih sela, u kojima mi bogatiji imademo naše slobodne posjede, u masama su navaljivali na ta naša slobodna dobra otimajući, oštećujući i paleći. Zulumi ove vrste ne prestaju još ni danas (…). Više puta smo zamolili vojnog komandanta mjesta i kotarskog predstojnika, da nam pruži zaštitu. Zaštita nam je svaki put uskraćena (…)”.

Politički izvještaji sa terena, koje su sačinjavali kotarski uredi, dokazuju da se stanje nije mijenjalo. Dolazi i do pojave razbojničkih bandi koje su ubijale putnike, pljačkali kuće i zastrašivali lokalno stanovništvo. Tako u jednom izvještaju sreskog načelnika Čajniča, od 31. jula 1920. godine, stoji: “Lična i imovinska bezbednost se u području sreza (…) pojavom razbojničke družine čuvenog razbojnika Boškovića silno ugrožene. Spomenuta družina je haračila sve do posljednjeg dana po srezu boljaničkom i pljevljanskom (…) Žandarmerija je neprestano u službi tragajući i progoneći (…) Progon je otežan još time, što se narod uplašio pa se boji da daje podatke o kretnju razbojnika”. Politička napetost se osjetila u gotovo svim dijelovima istočne Bosne, pa tako u izvještaju sreskog načelnika Višegrada stoji: “(…) Do sada pošlo mi je za rukom da ugušim razmirice među pravoslavnim i muslimanima ali od sada stvar postaje teža, jer srpska narodna organizacija živo agitira protiv narodnog jedinstva te smatra muslimane za Srbe i protiv njihove volje. Vraćajući se iz narodne skupštine težaci Milan Adžić iz Bijelog Brda i Ivan Tuba iz Dobruna, napali su bez ikakvog razloga… muslimana Šeću Marića iz Višegrada te su ga pretukli, da je sav krvav i onesviješten na zemlju pao”. Brojni napadi na živote i imovinu Bošnjaka i patološka šikaniranja stalnim povicima upućenim Bošnjacima: “Idite u Aziju”, “Selite u Aziju” i slično bili su učestala pojava u prvim godinama nakon stvaranja Kraljevine SHS. Haotična situacija se nije popravila niti nakon upozorenja ministra unutrašnjih poslova Svetozara Pribičevića, koji je tokom 1918. i 1919. godine poslao niz telegrama u kojima su stajala upozorenja šta se sve radi Bošnjacima. Ipak, ni upozorenja najodgovornijih lica nisu urodila plodom. Na stanje su se žalile i istaknute ličnosti iz reda bošnjačkog naroda, poput reisa Čauševića ali uzalud. Naročito teško stanje je bilo u Sandžaku gdje je u novembru 1924. godine u mjestima Šehovići i Pavino Polje izvršen genocid u kojem je ubijeno preko 500 Bošnjaka.

Negiranje bošnjačke posebnosti i dokazivanje njihovog srpskog porijeka postaje jedna od najvažnijih preokupacija za arhitekte i teoretičare velikosrpske politike. Na fonu takve orijentacije, Krsta Marić 1924. godine piše: “Muslimana ima u našoj državi više od milion. Nadpolovična većina tih Muslimana su Srbi po poreklu, ali za sada nemaju nikakva nacionalna osećaja […] Dakle, nacionalizovanje sedam do osam stotina hiljada muslimana nije baš tako neblagodaran i neznatan posao”. Paralelno sa tom propagandom nisu izostale niti primitivne ocjene vjerskih osjećanja Bošnjaka. Tako u jednom tekstu lista “Nova Evropa”, od 26. avgusta 1931. godine, piše: “Prorokov zeleni bajrak na suncu poratnog i bezbožnog doba počeo je da bledi i da budi svoju draž i privlačnost. Ipak, Islam za svoje verne ima nešto privlačno […] on daje potčinjenu ženu, brak, porodicu i domaćinstvo, tako tipično i take vrste kakvi se izvan njega ne mogu dobiti […] jer je slatko orijentalcu gospodariti nad drugim”.