Ulaskom u sastav Nezavisne države Hrvatske Bošnjaci su se našli u nezavidnom položaju, gotovo bez ikakvih prava. Uskoro se javlja inteligencija koja će težiti autonomnom položaju Bosne i Hercegovine. Posebno težak položaj je nastupio u proljeće 1942. godine kada je došlo do otvorene saradnje između četnika i ustaških vojnih komandanata. Obzirom da im je Narodnooslobodilački pokret još uvijek bio stran i da nisu bili dovoljno dobro organizovani da osnuju jaku muslimansku mliciju, Bošnjaci su jedini izlaz vidjeli u tome da upute Memorandum Adolfu Hitleru, novembra 1942. godine, u kojem su od njega tražili da BiH dobije autonomni položaj u okviru Rajha.
U Memorandumu je istaknuto kako su Bošnjaci sastavni dio 300 – milionskog islamskog naroda Istoka, te da umjesto da dobiju slobodu za njih se priprema tragedija. Navodi se da su dosadašnje žrtve muslimana oko 150 000, a da svu odgovornost za to snosi Ante Pavelić. Da bi se dodvorili Hitleru, u Memorandumu ističu da bosanski muslimani, “iako govore bosanskim jezikom nisu slavenskog već gotskog porijekla”. Za njih se kaže da su se u Bosnu “doselili sa sjevera još u III stoljeću kao germansko pleme Bosni”. Pored ovoga istakli su da se treba bojati da će svi Bošnjaci, ako bi ove nenormalne prilike potrajale duže, otići u šumu i tamo pokrenuti otpor protiv onih koji žele njihov nestanak.
