Okupacijom Bosne i Hercegovine 1878. godine od strane Austrougarske monarhije u životu bosanskohercegovačkih naroda nastupaju brojne promjene i otvaraju se nova pitanja, problemi i izazovi. Jedno od najvažnijih pitanja postat će i pitanje suvereniteta BiH u okviru nove države. Istovremeno, okupacija nije imala jednake posljedice za sve bosanskohercegovačke nacionalno – konfesionalne identitete. I dok kršćansko stanovništvo brzo i lahko napušta elemente orijentalno – islamske kulture, Bošnjaci (tada nacionalno Muslimani), u nemogućnosti da to prihvate, jednostavno se izoliraju i povlače u sebe. Kao rezultat političkih aktivnosti u okviru bošnjačkog pokreta za vjersko – prosvjetnu autonomiju u BiH, utemeljena je 3. decembra 1906. godine Muslimanska narodna organizacija (MNO), kao prva politička stranka u BiH. Politički program stranke, na čijem čelu se nalazio Ali beg Firdus, zahtijevao je proširenje autonomne borbe sa vjerskih pitanja na pitanje političkih sloboda, uređenje agrarnih odnosa, općinske samouprave i ravnopravnosti građana. Program je jasno ukazao na teško stanje u kojem se našao bošnjački narod. Već početkom 1907. godine održani su izbori na cijelom prostoru BiH, na kojima je pravo glasa imalo preko 130 000 punoljetnih Bošnjaka. MNO je dobila široku podršku, prije svega gradskog stanovništva, zanatlija i trgovaca. Sa druge strane, podrška bošnjačkih intelektualaca je izostala tako da su njezino vodstvo činili uglavnom zemljoposjednici.
Srpska narodna organizacija (SNO) osnovana je na skupštini održanoj od 27. do 31. oktobra 1907. godine, ujedinjenjem triju političkih grupa koje su se među srpskim građanstvom oformile sredinom prve decenije XX stoljeća. Jednu grupu činile su vođe autonomne borbe sa srpskom čaršijom. Njeni najistaknutiji predstavnici bili su Gligorije Jeftanović i Vojislav Šola, a od intelektualaca pridružio im se dr. Milan Srškić. Ova grupa je 1905. godine pokrenula Srpsku riječ, ‘list za politiku, prosvjetu i privredu’, preko kojega je zastupala svoje, u prvom redu, ekonomske interese. Iz djelatnosti radničkog i sindikalnog pokreta osnovana je 28/29. juna 1909. godine i Socijaldemokratska stranka za BiH.
Kakav je bio stvarni cilj hrvatskog i srpskog nacionalnog programa u BiH najbolje se vidi iz propagande koju je vodila Radikalna stranka iz Srbije u cilju “srpske nacionalne ideje”. Austrougarska vlada dobro je pratila stanje nacionalnih odnosa u BiH. Tako je Benjamin Kalaj u noti upućenoj grofu Kolnakiju 23. oktobra 1891. godine, osvrčući se na sve učestaliju propagandu iz Srbije naveo: “Tako se u Bosni sada čuje sve češća parola da je čitava Bosna i Hercegovina nastanjena od jednog narodnog plemena, srpskog, a tamošnji katolici i muhamedanci nisu ništa drugo nego Srbi koji su uzeli drugu vjeru, umjesto prvobitne pravoslavne, i da će prije ili kasnije morati u njih da se probudi prava nacionalna svijest.” U širenju srpske nacionalne ideje prednjačilo je društvo ‘Zora’. ‘Napredak’, politički list Srba, svojom pojavom 1890. godine pojačao je širenje trokonfesionalne ideologije srpske nacije u BiH. I list ‘Bosanska vila’ suprostavljao se bilo kakvoj ideji bosanstva i bošnjaštva. Sve tadašnje događaje ‘Bosanska vila’ posmatrala je sa srpskog gledišta, šireći, prije svega, srpski ugled. List je uporno ponavljao tezu da je “BiH srpska zemlja i da u njoj živi jedan jedini srpski narod razjedinjen u tri vjere”. Ovakvoj srpskog propagandi suprostavilo se hrvatsko političko vodstvo prije svega preko ‘Glasa Hercegovca’ i ‘Osvita’, čiji je osnovni politički cilj bio “sjedinjene BiH sa Hrvatskom a u okviru Habsburške monarhije”.
Neposredno prije zvaničnog konstituisanja MNO, čelnici ovog političkog pokreta uočavaju društveno zaostajanje i materijalno opadanje Bošnjaka, te zahtijevaju energičan kulturni napredak, pored borbe za vjersko – prosvjetnu autonomiju i borbe za političke slobode. Ključno pitanje je ipak bilo pitanje autonomije i suvereniteta BiH – istina ograničenog suvereniteta pod okriljem sultana Osmanskog carstva. Sve do aneksije 1908. godine, MNO je kroz svoj list ‘Musavat’ BiH smatrala u državno – pravnom pogledu dijelom Osmanskog carstva, dok je Austrougarsku smatrala tek opunomoćenom evropskom silom, koja je sticajem neprilika po Bošnjake na Berlinskom kongresu dobila upravu nad ovom pokrajinom. Da bi što jače istakla sultanov suverenitet, MNO nastoji organizovati sultanov rođendan u cijeloj zemlji (tada je na vlasti bio sultan Abdulhamid II). Početkom avgusta upućen je poziv svim muslimanima da proslave sultanov rođendan. Ovu proslavu okupacione vlasti silom sprječavaju, iako je svake godine proslavljan rođendan Franje Josifa.
Pitanje suvereniteta BiH i njezinog autonomnog položaja došlo je i do izražaja kada se imenovao reis ulema. To se najbolje može vidjeti iz pregovora MNO i Vlade 7. januara 1908. godine: “Već prvog dana pregovora izbio je oštar sukob, pošto se pokazalo da bošnjački prvaci i vlada zauzimaju sasvim suprotna gledišta u pitanju suvereniteta nad BiH. Bošnjački pregovarači su insistirali da je sultan pravi suveren okupirane zemlje, dok je austrijskom caru Berlinskim ugovorom dato samo administrativno pravo, a ne i duhovno, koje pripada sultanu kao halifi, pa prema tome jedino on, odnosno njegov zamjenik u pitanjima vjere šejhul – islam, može izdati menšuru reisu kao vjerskom poglavaru Bošnjaka. Ovaj stav podržali su hafiz Sulejman ef. Šarac, vrhovni šerijatski sudija, hadži Salih ef Korkut, član Ulema – medžlisa, i ugledni mostarski muderiz hadži Salih ef. Alajbegović, koji su u ranijim pregovorima učestvovali na strani vlade. Zbog toga je vlada hafiza Šarca, kao vrhovnog sudiju, suspendirala i stavila pod disciplinski sud.” Da su bošnjački prvaci kroz vjerska pitanja postavljali i državno – pravna pitanja, primjetio je i baron Benko, koji je oštro napao Egzekutivni odbor MNO i istakao stav “da vlada ne može odstupiti od principa da pravo imenovanja reisul uleme pripada jedino caru i kralju”. Naravno, ovakav stav je zastupan zbog potrebe udaljavanja Bošnjaka od Osmanskog carstva. Proglašenjem aneksije za to više nije bilo razloga pa se vlada nije miješala u veze Bošnjaka sa Istanbulom.
I uređenje agrarnih odnosa MNO je predstavljalo važan faktor. Predstavnici MNO-a protivili su se povlaštenom položaju stranih kolonista, koji su dobijali državnu zemlju, “dok se od našeg seljaka beskućnika stvara varoški proleterijat”. Opredijelivši se za fakultativni, a ne obligatni, otkup kmetova, austrougarska vlada je u dobroj mjeri uvažila stavove MNO o pitanju agrarnih odnosa i iskazala razumijevanje značaja istih u BiH kao općepolitičkog pitanja. Pored agrarnog pitanja MNO je bio važan i odnos prema drugim nacionalno – političkim pokretima, kao i odnos bošnjačke inteligencije prema samoj stranci. Većina bošnjačke inteligencije, koja se školovala uglavnom na Zapadu, nije bila uključena u djelovanje MNO. Zasigurno je nedostatak inteligencije jedan od glavnih razloga česte krize i teškoća u koje je zapadala MNO tokom pregovora sa vladom. Nedostatak inteligencije odrazio se i na nesigurnost u saradnju sa drugim strankama, čemu svjedoči rasprava iz lista ‘Musavat’ od 23. do 29. maja 1908. godine pod nazivom “S kim ćemo?”. Ipak, u pogledu najvažnijeg pitanja, nedvosmisleno je dat odgovor, “kako smo god protiv pripojenja naše domovine Hrvatskoj, isto smo tako protiv njenom usjedinjenju sa Srbijom!” U svojoj borbi da BiH ostane u okviru Osmanskog carstva MNO je imala podršku SNO. Razlika je bila u trajnost i iskrenosti proklamovanja političkog cilja, jer svakako da SNO nije odgovaralo niti Osmansko carstvo, ali kako je Austrougarska u tom trenutku bila jača i trenutna, stali su na stranu MNO. Dok je za MNO autonomija BiH u okviru Osmanskog carstva bila trajni i konačni politički cilj, za SNO bosanskohercegovačka autonomija predstavljala je privremeno rješenje na putu ka krajnjem cilju – pripajanju BiH Kraljevini Srbiji.