Premda je ustaški pokret uspijevao da vrbuje ili da u svoje redove nasilno uvuče jedan broj Bošnjaka, koje je isključivo nazivao Hrvatima islamske vjere, oni se izuzev na političko – upravnim funkcijama i niskim položajima u vojsci, nikada nisu mogli naći na najvišim položajima u ustaškoj državi. Jedan od razloga takve politike je plan da se Bošnjaci, nakon Srba, milom ili silom prevedu u katoličku vjeru. O ovim planovima postoji nekoliko izvornih dokumenata. Sam vrh Katoličke crkve i ustaškog pokreta nije se ni trudio to da sakrije – da će od Hrvatske da napravi “Božiju državu”. List “Katolički tjednik” je već krajem aprila 1941. godine pisao: “Mi novu, slobodnu Hrvatsku pozdravljamo kao kršćansku, katoličku državu (…)”. Ustaški doglavnik Mile Budak je u govorima u proljeće i ljeto 1941. godine isticao da je ustaška država “država kršćanstva”. Jedan katolički župnik u Lici, također, ljeta iste godine je izjavio: “Do sada smo za katoličku vjeru radili molitvenikom i krstom, a sada je došlo vrijeme, da radimo puškom i revolverom”. Istina, ne odustajući od teze da je NDH u prvom redu “katolička država” Ante Pavelić je povremeno “Hrvatima muslimanima” činio i “ustupke”. Tako je zagrebačkom muftiji Ismetu Muftiću, inače jednom od onih kojeg su ustaške vlasti vrbovale, izjavio da su bosanski muslimani “krv naše krvi”, “cvijet naše hrvatske narodnosti”.
Poglavar Islamske vjerske zajednice reisul – ulema Fehim Spaho je iz raznih izvora tada bio obaviješten o planovima Katoličke crkve i ustaškog vrhovništva prema Bošnjacima. Nuriji Pozdercu, ranijem poslaniku Jugoslavenske muslimanske organizacije i senatoru, i Hasanu Miljkoviću, veleposlaniku, obojici iz Cazinske krajine, izjavio je “da je obaviješten sa vjerodostojne strane da je donesena odluka da se, bezuvjetno, tokom ovog rata ima Kordun i Banija očistiti od Srba; isto tako da se svim sredstvima nastoji da se Bosanska Hrvatska, tzv. Krajina, tj. Pounje, očisti ne samo od Srba nego i Muslimana (Bošnjaka)… Prema Bošnjacima odlučilo se postupiti tako da se svim sredstvima angažiraju baš Bošnjaci u ubijanju pravoslavnih i da im se stavi u izgled pa i najbezobzirnija pljačka, jer u tom međusobnom klanju, što bi ostalo, proglašeno bi bilo koljačima i sa strane hrvatskih vlasti najjednostavnijim načinom bi se jednim hicem ostvarila oba cilja”.
U jednom njemačkom dokumentu visoki oficir iz Himlerovog štaba SS trupa, Haumptamtes Berger, iz 1943. godine, o nastojanjima i planovima ustaškog državnog vrhovništva da “stvori jedinstvenu hrvatsku katoličku državu”, navodi izjavu sarajevskog nadbiskupa Ivana Šarića. U toj izjavi se kaže da će s jednom trećinom muslimana svršiti partizani, jedna trećina će propasti kao izbjeglice, dok će s ostalim stvar riješiti Katolička crkva.
