Zbog sve veće samovolje feudalnih velikaša, osmanske najezde i uplitanja Katoličke crkve u unutrašnje stvari Kraljevine Bosne, počev od dvadesetih godina XV stoljeća, bosanski kralj i njegova vjerna vlastela postaju sve nemoćniji u jedinstvenom nastupanju prema stanju u državi i vanjskoj opasnosti. Ovakvo stanje odrazilo se i na Crkvu bosansku čiji pripadnici su se sve više dijelili i postajali članovi različitih feudalnih gospodara. U takvim okolnostima katolički i pravoslavni misionari konačno uspijevaju da ostvare određene rezultate u srednjovjekovnoj Bosni. Papinski legat Toma Tomasini piše 1451. godine Ivanu Kapistranu da manihejci, kako on naziva pripadnike Crkve bosanske, isčezavaju poput voska na vatri, dok carigradski patrijarh Genedije II izvještava o velikim uspjesima pravoslavlja u Bosni. Ipak posljednji bosanski kralj Stjepan Tomašević, koji je zbog političkih razloga prihvatio katoličanstvo, piše papi Piju II da bosansko stanovništvo ne slijedi učenje Katoličke crkve.
Kada je 1410. godine i definitivno okončano teritorijalno jedinstvo srednjovjekovne bosanske države, kao jedina snažna institucija na prostoru teritorije bosanskog kralja (Kotromanića) se našla Crkva bosanska. Zbog snažnog utjecaja Ugarske i Katoličke crkve ona pak gubi svoju jaku ulogu na prostoru zemalja Pavlovića i Kosača, iako su se njezini predstavnici i dalje nalazili na dvoru ove dvije porodice, tako da su još uvijek imali snažan utjecaj na svu bosansku gospodu. Gotovo kroz čitavu prvu polovinu XV stoljeća ni jedni ni drugi nisu uspjeli steći dovoljnu premoć i potpuno istisnuti iz kraljeve blizine druge predstavnike. Jačanjem središnje, vlasti u doba katoličkih vladara Stjepana Tomaša i Stjepana Tomaševića, postupno je potiskivan utjecaj Crkve bosanske i njezinih redovnika u prilog podupiranja Katoličke crkve, koja je svoju ulogu počela snažnije razvijati tek od tridesetih godina XV stoljeća, kada su u Bosni djelovali Jakov Markijski i biskup Toma Tomasini. Međutim, zbog većinskog patarenskog stanovništva kralj nikada nije smio u potpunosti raskrstiti sa Crkvom bosanskom. Da je utjecaj djeda Crkve bosanske i dalje bio jak svjedoče dvije dubrovačke upute od 1. juna i 31. jula 1428. godine namijenjene kralju Tvrtku II, u kojima Dubrovačka republika naređuje poslanicima da prvo toplo pozdrave djeda Crkve bosanske i ako ga zateknu kod kralja da mu kažu kako polažu lijepu nadu u njega da će se zauzeti za njihove trgovce koji su pretrpjeli veliku štetu u kraljevoj zemlji. Dva mjeseca kasnije šalju pismo Tvrtku II i mole ga da ga pokaže i djedu Crkve bosanske. Treba istaknuti da, i pored određenih uspejha u širenju pravoslavlja i katoličanstva u tom periodu, niti franjevački vikar a ni biskup, nisu nikada imali takav status kod kralja kao što je imao djed Crkve bosanske. Također, 1428. godine Dubrovčani upućuju pismo papi Martinu V u kojem optužuju Tvrtka II da je lažni katolik i da je okružen samim šizmaticima, na što Tvrtko II upućuje demant da je vjeran katolik i da slijedi katoličke obrede. Ništa se nije promijenilo ni naredne godine, čemu svjedoči dubrovački podatak po kome je kralj obećao poslati dvojicu krstjana vojvodi Radoslavu da bi ga odgovorili od započinjanja oružanih neprijateljstava s Dubrovčanima. Bilo je jasno da Crkva bosanska još uvijek ima najizraženiji status u Kraljevini Bosni. Da bi Bosnu više privezali Katoličkoj crkvi, Bošnjani su pozvani na Baselski koncil, ali niko od izaslanika nije došao. Navodeći razloge zbog kojih Bošnjani nisu mogli poslati svoje izaslanike, Dubrovčani su u odgovoru Ivanu Stojkoviću 5. oktobra 1433. godine, između ostalog, naveli građanski rat koji bijesni u njihovom zaleđu i osmansku vojnu nazočnost. Na kraju su spomenuli i postojanje Crkve bosanske i njezine snažne hijerarhije, nazivajući ih “prvacima u krivovjerju i nevjerstvu” među samim Bošnjanima. Autoritet Crkve bosanske i djeda je potvrđen i i u uputama dubrovačkog Vijeća umoljenih od 28. aprila i 28. maja 1438. godine, u kojem ga stavljaju u istu ravan sa Tvrtkom II i vojvodom Radoslavom Pavlovićem. Katolička crkva nikada nije nastupala kao posrednik i zaštitnik zakona kralja Tvrtka II a o toj ulozi bosanskih franjevaca imamo spomen tek vojvode Juraja Vojsalića.
Smrću kralja Tvrtka II 1443. godine na vlast dolazi Stjepan Tomaš, koji je bitno utjecao na vjerske prilike u Bosni, naročito na sudbinu Crkve bosanske čija je kolijevka bila u kraljevskim zemljama. Ipak, Tomaš je u početku bio veoma popustljiv prema patarenima, zbog čega je dolazio u sukob sa franjevcima. O napetosti odnosa svjedoči odgovor pape Eugena IV, od 11. novembra 1445. godine, upućen biskupu Tomi Tomasiniju, na franjevačke optužbe da i novi kralj predaje veliki značaj Crkvi bosanskoj. Tomaš se pravdao navodima da su njezini pripadnici jako moćni i vrlo brojni. Ipak, nakon predaje Dragišića u ruke djeda Miloja i učvršćivanja vlasti, više nemamo dokaza o njegovim tijesnim vezanam sa Crkvom bosanskom. Već u pismu od 19. jula 1447. godine, Tomaš je predao vojvodu Sladoja Semkovića sa braćom Grgurom i Ulrikom u ruke bosanskog vikara, a do tada je praksa bila da se predaju u ruke bosanskog djeda. Od tog doba kralj nastupao kao prvi pravi katolički vladar, tražeći od pape Nikole V da mu odobri uzeti dvojicu franjevaca za svoje kaplane. Potiskivanje utjecaja Crkve bosanske nastavljeno je i u narednom periodu čemu svjedoči Tomaševa isprava od 18. decembra 1451. godine kojom potvrđuje savez sa Dubrovčanima, a odluku potvrđuje pred hvarskim biskupom i pred kapelom Marinom. Kraljevim stopama su krenuli i bosanski velikaši tako da su i oni većinom prihvatili katolički vjeru, barem kako izvještava kralj Stjepan Tomaš. Tome je pridonijela i izgradnja crkava i samostana u čemu su prednjačili kralj i kraljica. Već u pismu pape Nikole V od 1. februara 1448. godine navodi se da su u Kraljevini Bosni ostali “herezom zaraženi” još samo neki plemići i redovnici Crkve bosanske. Među tim “otpadnicima” se našlo ime Stjepana Kosače, vjernog pripadnika Crkve bosanske i vojvode Ivaniša Pavlovića, za kojeg se kaže “da je drugi puta otpao od vjere”. Ipak, nemamo dokaze savremenika da su vlastele Nikolića, Sankovića, Budisalića, Milatovića i Santića bili zakleti katolici, a i sam podatak da imamo samo pojedinačne poznate primjere velikaša koji su uzeti u zaštitu Rimske crkve, ne dokazuju o pretjeranom uspjehu franjevačke misije u Bosni. Njihovom uspjehu mogu svjedočiti samo podignute brojne katoličke crkve: Bočac, Vranduk, Greben, Jajce i Hum. Ipak, i sam uspjeh širenja katoličanstva na prostoru Huma je upitan iz razloga što je nadložna Trebinjska biskupija stolovala u Dubrovniku, a nikada nije potvrđena jaka franjevačka prisutnost na ovim krajevima. U prvim godinama jake katoličke propagande spominje se jedino slučaj kneza Juraja Tardislavića, koji je postao katolik. Uvidjevši da je misija propagiranja katoličanstva donijela veoma slabašne rezultate, kralj Tomaš je krajem svoje vladavine sproveo odlučnu politiku eliminacije pripadnika Crkve bosanske, a svo njegovo djelovanje može se okarakterisati kao vid potpune eliminacije njezinih pripadnika, što je za posljedicu imalo veće vezivanje pripadnika Crkve bosanske za Osmanlije. Kraljev imidž je dodatno narušen 20. juna 1459. godine kada je njegov sin Osmanlijama predao Smederevo, nakon čega je kralj optužen da on i njegova porodica koketiraju sa patarenima. Da bi se opravdao otpočeo je sa žestokim progonom pripadnika Crkve bosanske. Prema pisanju pape Pija II Tomaš je svoju zamisao počeo provoditi već u drugoj polovini 1459. godine. Prema različitim podacima, do 1461. godine, do kada je vladao, pokršteno je najviše 12 000 pripadnika Crkve bosanske, dok je oko 40 njezinih redovnika prebjeglo hercegu Stjepanu Kosači. Nemamo relevantne podatke o tome koliko je običnih vjernika prešlo na njegovu stranu, ali jedan izvor spominje broj od 40 000. Treba navesti i da je progon bio izrazit samo na području gdje je kralj neposredno vladao i na prostoru gdje su ga oblasni gospodari priznavali za kao vladar, što dodatno dovodi u pitanju uspješnost katoličke vjere u Bosni, pogotovo kada uzmemo u obzir da se radi o izrazito velikom broju protjeranih. Podatku da je i Stjepan Tomaš pokušavao izbjeći nasilnu emigraciju pripadnika Crkve bosanske svjedoče osmanski defteri iz 1468. i 1588. godine, u kojem se razlikuju “savršeni krstjani” od drugih, katolika i pravoslavaca, koje označavaju izrazima “gebr” i “kafir”. Također, podatak iz katoličkog šematizma hercegovačke biskupije iz 1867. godine u kojem stoji da je u selu Dobičanima porodica Helež, prije koju godinu prešla na islam, a “bila je posljednja, koja se držala ludila bogumilskog”, dodatno ide u prilog neuspjehu katoličke propagande i opstojnosti autohtone srednjovjekovne Crkve bosanske.
