Pojam Bošnjaka i njihovog odnosa prema Nezavisnoj državi Hrvatskoj (NDH) u današnjem vremenu predstavlja jednu od najosjetljivijih historijskih tema. Ipak, u prvom planu treba naglasiti sam odnos ustaškog režima prema Bošnjacima i Bosni i Hercegovini, koji se ogledao u negiranju posebnosti BiH i integriranju Bošnjaka u hrvatski državni projekat, koji je išao u tom smijeru da su oni nazivani “cvijećem hrvatske narodnosti”. Već sa njemačkim napadom na Kraljevinu Jugoslaviju, 6. aprila 1941. godine, vođa ustaškog pokreta, Ante Pavelić preko hrvatskog radija se obratio katolicima i muslimanima, u kojim ih poziva da dadnu posljednji atom snage u formiranju Nezavisne države hrvatske, koja će se protezati od Mure, Drave do Drine i od Dunava do Jadranskog mora. Već četiri dana kasnije, preko radija Zagreb, Slavko Kvaternik je pozvao Bošnjake da se svrstaju pod ustašku zastavu, jer su oni najkorjeniti i najplemenitiji dio hrvatskog naroda. U oba slučaja Bošnjaci su tretirani kao političko oružje koje je trebalo ojačati ustaški pokret i novoformiranu državu. Iz kasnijih, političkih i vojnih, izvještaja ustanovljeno je da je nova vlast od Bošnjaka zahtijevala bezuslovnu lojalnost hrvatskoj državi i bespogovornu poslušnost ustaškom pokretu i njihovim vlastima. Već u početku “Sarajevski list” je izdao saopćenje Bošnjacima da sve političke odluke u novoj državi pripadaju poglavniku NDH – Anti Paveliću. Ipak, 19. aprila 1941. godine, četrdeset sarajevskih intelektualaca, na čelu sa reis ulemom Fehimom Spahom, izdaje prvu reakciju na novoformiranu vlast. U njoj, u formi deputacije, Bošnjaci mole generala njemačke armije u Sarajevu da Adolf Hitler prizna autonomiju Bosne, sa Muslimanima (Bošnjacima) na čelu. Ovakva inicijativa je obrazložena potrebom da Bošnjaci ne žele biti samo promatrači u oduzimanju njihove domovine i pripajanju osnovanoj državi Hrvatskoj. Krajem aprila grupa istaknutih sarajevskih Srba je također tražila od Hakije Hadžića autonomnu upravu za BiH. Hrvatske vlasti su oštro reagirale na ovakvu odluku, naročito na onu koja je izdata od strane srpske delegacije.
Ipak, autonomija BiH nije bila ključni predmet bošnjačkog konsenzusa. Glavno pitanje ticalo se vjerskih i građanskih prava Bošnjaka. Ante Pavelić je 25. aprila reis ulemi Spahi dostavio poruku u kojem je naveo da je njegova želja da se muslimani u NDH osjećaju svoji na svome, “slobodni, ravnopravni i zadovoljni”. Nakon toga u Islamskoj zajednici se pojavljuje pozitivno raspoloženje prema novoj državi. Vjerovalo se da je prošlo vrijeme marginaliziranja Bošnjaka. Posebno su pozitivno reagirali Bošnjaci iz Sandžaka koji su se nadali što skorijem priključenju Sandžaka novoformiranoj NDH. Međutim, dešavanja koja su nastupila u narednim mjesecima neće ići u prilog tvrdnjama Ante Pavelića. Bošnjaci u brojnim mjestima nisu bili ravnopravnima sa Hrvatima, tako da je došlo do niza pritužbi na odnos prema Bošnjacima (u Maglaju, Ljubuškom, Travniku, Livnu itd).

Progonom Roma, Jevreja i Srba, nastala je nova faza u profiliranju odnosa Bošnjaka prema NDH. Izdaju se brojne muslimanske rezolucije tokom 1941. godine u kojima se osuđuje nacionalna politika ustaškog režima, te se prožimaju autonomistički osjećaji. Ipak u rezolucijama se nigdje ne navodi namjera da se prekine saradnje sa ustašama. U njima čak nema ni pomena o antifašizmu, jer se od Njemačke zahtjevalo da pomogne u izdvajanju BiH iz ovkira NDH. Rezolucije su i pored svega bile manifest sve većeg neraspoloženja Bošnjaka prema ustašama, ali nisu predstavljale neku bitnu prekretnicu u političkom osvješćivanju Bošnjaka.

Osnivanje Dobrovoljačkog odjela narodnog ustanka bojnika Muhameda Hadžiefendića, 22. decembra 1941. godine u Tuzli, bio je oblik prevencije od četničkih zločina u tuzlanskom kraju, ali i jasan pokazatelj nezadovoljstva Bošnjaka prema politici NDH i gotovo minimalnim naporima da ih nova vlast zaštiti od četničkog noža. I sama ustaška vlast je izvještavala da je nepovjerenje muslimanskog stanovništva, pa čak i katoličkog, sve veće, jer nova vlast nije u stanju da ih zaštiti od četnika. Pored toga navedeno je da ih komunisti odvajaju od hrvatskog utjecaja i da ih Italijani smatraju posebnom, manje vrijednom, grupom naroda. Pojedini Bošnjaci su počeli optuživati i samog reis ulemu Spahu da mu je važniji proces islamiziranja pravoslavaca i jevreja od zločina koji se čine nad Bošnjacima. Iako je Spaho do kraja života ostao vjeran ustaškom režimu, na osnovu pisma koje je uputio Džaferbegu Kulenoviću, 5. februara 1942. godine, možemo ustanoviti da su ga posljednjih dana života obuzimale teške frustracije zbog nemoći hrvatske države da zaštiti Bošnjake i sredi stanje u BiH.
U drugoj polovini 1942. godine još uvijek se vjerovalo da je nova vlast u stanju promijeniti položaj Bošnjaka. Početkom septembra delegacija “El Hidaje” traži od Ante Pavelića da omogući Bošnjacima da se sami brane pod četnika, te da se država potrudi o zbrinjavanju muhadžira i siromašnih Bošnjaka koji su bili na ivici smrti zbog gladi. Muhamed ef. Pandža je 30. oktobra tražio od Pavelića da se Hadžiefendiću omogući osnivanje dodatnih vojnih formacija u cilju odbrane bošnjačkih mjesta.
Što se tiče političkog segmenta u NDH, Bošnjaci su i tu činili gotovo beznačajan faktor. U Ustaškoj nadzornoj službi nije bilo niti jednog Bošnjaka. Također, i među ustaškim oficirima i podoficirima Bošnjaka gotovo da uopće nije bilo. Nezadovoljstvo je bilo vidljivo već u prvim mjesecima od osnivanja nove države, tako da je veliki župan Usore i Soli Ragibaga Čapljić sredinom jula 1941. godine javno isprozivao novu državu nazivajući je zločinačkom. U izvještaju od 3. marta 1942. godine bijeljinski gradonačelnik Muratbeg Pašić je opisan kao politički žongler i manipulator jer je konstantno radio na uspostavi autonomne BiH. Uz njemačku pomoć razoružao je prve hrvatske jedinice koje su došle u Bijeljinu, da bi zatim postao ustaški logornik poznat po brojnim zvjerstvima nad srpskim stanovništvom. U aprilu 1942. godine domobranski pukovnik Sulejman Filipović je uhapšen jer je bio u kontaktu sa narodnooslobodilačkim pokretom. Kasnije je optužen da je početkom oktobra 1943. godine Tuzlu predao partizanima, nakon čega su partizani strijeljali zapovjednika Domobranske dobrovoljačke pukovnije Muhamedaga Hadžiefendića.
Optužbe na račun bošnjačke omladine da usko sarađuju sa komunističkim pokretom su bile česte. Tako je 23. avgusta 1941. godine u Trebinju uhapšeno 13 bošnjačkih omladinaca pod optužbom da su prihvatili komunističku ideologiju. Sličan slučaj se desio i u Brčkom. Takvo stanje iskoristili su aktivisti Komunističke partije Jugoslavije koji su vrbovali potlačene Bošnjake u partizanski pokret. Bošnjake je od NDH udaljila i sve veća saradnja između ustaša i četnika. Kada je sporazumom od 28. maja 1942. godine selo Lukavica kod Gračanice potpalo pod četnički teritorij, lokalno stanovništvo je uputilo predstavku nadležnim vlastima u kojoj traži da se njihovo selo izuzme iz četničkog utjecaja. Saznanje da četnička jedinica pod komandom Rajka Čelonje kolje Bošnjake po Vlasenici i Srebrenici i pri tome sarađuje sa domobranima, od kojih prima hranu i vodu, kod naroda dodatno pobuđuje sumnju u pozitivan karakter nove vlasti. Ovakva saradnja između četnika i ustaša pojačala je svijest kod Bošnjaka u neophodnost osnivanja vlastitih vojnih formacija čiji će cilj biti zaštita i odbrana bošnjačkih naselja.

Nakon 1942. godine došlo je do sve većeg ubistva bošnjačkih civila od strane ustaškog režima, što je bila kap koja je kod Bošnjaka prelila čašu. Prvenstveno iz razloga što ona gotovo uopće nisu bila sankcionisana. Navest ćemo samo pokolj ustaša pod komandom natporučnika Josipa Kurelaca koji se desio sredinom juna 1943. godine nad bošnjačkim i srpskim civilima u Srebrenici i okolnim selima. Nakon ovog zločina i brojni Bošnjaci, koji su bili pripadnici ustaškog pokreta, istupaju iz njega. Ovakvo stanje dovest će do sve većeg odziva Bošnjaka u partizanski pokret.
Porazi njemačke armije kod Staljingrada, na istoku, i El Alameina, u Sjevernoj Africi, kod Bošnjaka će proizvesti sumnju u perspektivu i opstanak NDH. Bošnjaci štaviše, sve više počinju negirati i samu NDH, pa tako imamo slučaj Hadžiefendića koji u jednom svom govoru od 13. maja 1943. godine ne spominje nigdje Hrvatsku državu, već krajeve na kojima žive muslimani. Ovaj govor je ocijenjen kao skandaloznim. Kapitulacijom Italije u septembru 1943. godine, a naročito nakon prvog zasjedanja ZAVNOBiH-a, Bošnjaci sve više prelaze u partizanski pokret. U Cazinskoj krajini Huska Miljković je sa cijelom svojom vojskom prešao u partizane. Krajem 1943. godine prijavljeno je nekoliko slučajeva narušavanja ustaške vlasti na prostoru Zenice, Prijedora i Travnika.
Bitne napore u opstanku Bošnjaka poduzeo je Muhamed ef. Pandža koji je 20. oktobra 1943. godine napustio Sarajevo i otišao u šumu. Razlozi ovakvog poduhvata su bili: okupljanje Bošnjaka i njihovo obavještavanje da moraju prekinuti svaku vezu sa ustaškom hrvatskom državom i okupatorom, aktivnosti na uspostavi međuvjerskog mira i saradnje među pojedinim konfesijama, obavještavanje Bošnjaka da moraju učiniti sve da dođe do ostvarenja autonomije BiH u jednoj jugoslavenskoj federativnoj državi ili balkanskoj uniji, uspostavljanje saradnje sa svima koji žele pomoći narodu, a naročito sa narodnooslobodilačkim pokretom. Pored Pandže u spašavanju Bošnjaka istakao se i Nešad Topčić, koji nije imao sklonosti prema partizanima, ali je jednako doprinosio razgradnji hrvatske države i jačanju borbenih potencijala Bošnjaka. S druge strane, partizanski zapovjednici su Topčićeve snage nazivali zelenokadrovskom bandom koju treba likvidirati.

Iako je ustaški vrh tokom cijelog perioda dobivao pouzdane informacije o raspoloženju Bošnjaka prema hrvatskoj državi, on sve do sloma NDH nije prestao insistirati na punoj lojalnosti i povjerenju Bošnjaka prema NDH. Posljednjih mjeseci NDH, otpor Bošnjaka je bivao sve veći, a naročito se ogledao kroz sve veći pristup zelenom kadru i partizanima, koji su radili na rušenju ustaškog poretka. Kraj rata većinski broj Bošnjaka je dočekao u ravnodušnosti spram države čija je uspostava dovela do nezapamćene golgote njihovih sunarodnjaka.