Okončanjem Drugog svjetskog rata, Komunistička partija Jugoslavije se žestoko obračunala sa svojim neistomišljenicima. Takva politika izazvala je strah kod mnogih predratnih i ratnih lidera koji su sarađivali sa okupatorom ili tolerirali zločine protiv drugih naroda. Mnogi Bošnjaci i Hrvati su pobjegli u Austriju, Kanadu, Sjedinjene Američke Države, ili na neka druga mjesta koja su ih bila spremna prihvatiti. Ipak, u poređenju sa širom jugoslavenskom slikom, egzodus iz Bosne i Hercegovine je bio skroman.
Srpska pravoslavna crkva je imala višestoljetnu tradiciju koegzistencije djelovanja (Osmanlije, Austrougarska i Kraljevina Jugoslavija). Nakon rata, patrijarh Gavrilo se vratio u Beograd iz njemačkog zatvora. I pored činjenice da je Pravoslavna crkva pružala veliku podršku četničkom pokretu, Tito i Gavrilo su se sastali i riješili glavne uzroke animoziteta. Režim je nakon toga dopustio rad Pravoslavne crkve u BiH ali bez pružanja bilo kakve posebne podrške.
Partija je izbjegavala i otvorene napade na muslimane iz razloga što su se od druge polovine rata brojni pridružili partizanskom pokretu i dali važan doprinos žestokim borbama na tlu BiH. Ipak, većima muslimana je bila podijeljena, na one koji su podržavali rat partije i na one koji su bili protiv. Vlada je ukinula finansiranje islamskih kulturnih institucija, prisiljavajući muslimane da prikupljaju dobrovoljne priloge u džamijama. U avgustu 1946. godine, Vrhovni vakufski sud bio je primoran podržavati novu vlast. Time je vlast odobrila rad Islamske vjerske zajednice, ali u duhu antireligijske politike. Ta politika se ogledala zatvaranjem pripadnika Mladih muslimana, krajem četrdesetih godina i ukidanjem zara i feredža te zatvaranjem tekija i mekteba, početkom pedesetih godina XX stoljeća.
Najburniji odnosi vlade su bili sa Katoličkom crkvom. Pored zagrebačkog nadbiskupa Stepinca, koji je tokom rata otvoreno podržavao ustaške akcije, koji je doživio strašnu represiju, katolički nadbiskup Šarić, iz Sarajeva i banjalučki biskup pobjegli su napustivši svoju pastvu. Stepinac je savjetovao i niže sveštenstvo u BiH da odu, ali ih je većina ostala – predstavljajući stalni izazov za komunistički režim. Tito je u početku ohrabrivao katolike da proglase nacionalnu crkvu, odvojenu od Vatikana, ali ih je Stepinac odgovorio od ovog prijedloga. Nadbiskup je u konačnici osuđen na šesnaest godina prisilnog rada, ali je zbog teškog stanja odslužio samo pet. Također, pored lošeg tretmana službenika, stradali su i brojni vjerski objekti, crkve i samostani, koji su srušeni ili zatvoreni.
