Dolaskom u Bosnu Omer paša Latas nije birao sredstva kako bi eliminisao ustanike. S toga je pristupio metodi koju su stranci rado primjenjivali, kada su željeli ostvariti svoje interese na bosanskohercegovačkim prostorima. Kao bivši lički Srbin i pravoslavac želio je iskoristiti bosanske katolike i pravoslavce u svom obračunu sa muslimanskim ustanicima. Stjecajem okolnosti Bošnjaci – muslimani su u vrijeme osmanske uprave bili povlašteni sloj društva, dok su kršćani imali daleko manja prava i uglavnom su muslimanima bili sluge. Sultanove reforme, zbog kojih su se muslimani i pobunili, predviđali su rješenje agrarnog pitanja za koje su kršćani bili itekako zainteresovani. Zbog toga je razumljivo zbog čega su bosanski katolici i pravoslavci sa oduševljenjem dočekali Latasa. Latas je lukavo iskoristio takvo stanje i pridobio ih za obračun protiv begova i aga, odnosno muslimana. Tako nakon nekoliko stoljeća bosanskohercegovačke historije, netrepeljivost među narodima u Bosni i Hercegovini dobija vjerski karakter, dok je do tada imala isključivo klasni. Ovakvo stanje je dovelo do izrazitog bujanja nacionalizma, koji će postati osnovno obilježje politike u budućem vremenu. Stavljajući u prvi plan svoje slavensko (srpsko) i kršćansko (pravoslavno) porijeklo, potrudio se da kršćanska raja stekne uvjerenje da je on u Bosnu došao kao njihov zaštitnik i neko ko će im dati veća prava. Po telalima je isticao da kršćani u buduće neće morati pred begom ili agom silaziti sa konja u znak pozdrava i poštovanja, kakav je bio običaj u Bosni. Oslanjajući se na to kršćani su se ponadali da je konačno došao kraj njihovim obavezama prema begovima i agama, te da će dobiti veća politička prava. To je bio razlog zbog kojeg su bosanski katolici i pravoslavci na sav glas hvalili Latasove mjere i djelovanja protiv muslimana.
U tome su se naročito isticali franjevci, koji su mu 30. marta 1851. godine iz Fojnice uputili zahvalnicu u kojoj je stajalo: “Omer – pašo, mila majko naša. Mi sterešine triuh katoličkih manastira čestitujemo vam s neizpisanom radostju vaše nepretergnute pobiede”. Latasom je posebno bio očaran Ivan Franjo Jukić, koji mu je pomagao u borbi protiv ustanika u Bosanskoj krajini, dostavljajući mu podatke o stanju ustanika u tom dijelu Bosanskog ejaleta. Također, u časopisu “Bosanski prijatelj” Jukić je Latasu posvetio poseban broj. Ovakvo šurovanje sa Latasom nije prošlo bez reakcije, pa je hrvatski političar dr. Ante Starčević poslao Jukiću pismo u kojemu je stajalo: “Nesretniče! Da bi bili ljudi, da bi imali razum i poštenje, vi bi se združili s agama, pa s njima protjerali neprijateljsku vojsku. Ako age padnu, onda i vi dolazite na red”. Ovakva predviđanja su se ubrzo pokazala tačnim. Dok je Latas vodio borbu protiv muslimana na svaki način je iskorištavao krščane pa im je redovno tražio volove i konje za vuču topova, odjeću, hranu za vojsku, radnu snagu i sl.
Nakon što je Latas završio obračun sa muslimanima promijenio je stav i prema kršćanima. Oni su umjesto poboljšanja stanja, dobili zatrovan odnos sa muslimanima. Kada su kršćani zatražili nadoknadu štete za davanja vojsci (između ostalog oduzeto im je 4 000 konja), Latas ih je neosnovano optužio da su sarađivali sa vanjskim neprijateljem, koji radi na razbijanju Osmanskog carstva. Prva ozbiljnija reakcija se desila u septembru 1852. godine u Banja Luci, kada su se pravoslavci požalili na teško stanje. Latas je na njih poslao vojsku pa su jedni pretučeni a drugi uhapšeni i odvedeni u zatvor. Naredio je da svi kršćani moraju predati oružje u roku od tri dana, a ako to ne učine platit će glavom. Nakon toga izdao je i naredbu da se pohapse seoski knezovi, župnici, popovi i ugledniji ljudi, kako bi obezglavio kršćane i spriječio moguće pobune. U konačnici obračunao se i sa samim Franjom Jukićem. Jukić kada je shvatio da od reformi nema ništa počeo je na sav glas proklinjati Latasa, što ga je u konačnici stajalo glave. Latas ga je prvo stavio pod prismotru da bi ga nakon kraćeg vremena i uhapsio. Na kraju ga je otpremio u Istanbul, da mu se sudi za veleizdaju. Intervencijom austrijske diplomacije spašen je tamnice i protjeran u Rim sa doživotnom zabranom povratka u Bosnu.
