Kapitulacijom Kraljevine Jugoslavije u Drugom svjetskom ratu, Bosna i Hercegovina bez konsultacije njezinog stanovništva, uključena 10. aprila 1941. godine u sklop Nezavisne države Hrvatske. Ideja autonomije BiH, kojoj su težili Bošnjaci i Srbi, tretirana je u NDH kao antidržavna ideja. Suštinski zahtjev autonomije je bio da se prvenstveno Bošnjaci zaštite od ustaške asimilacije a naročito od četničkog nasilja i zlodjela, koje je kulminiralo u istočnoj BiH. Pošto je još prije proljeća 1942. godine ustaška strana uspostavila kontakte sa četničkom grupom u Hercegovini, vlada NDH je pokazala spremnost da sa predstavnicima četničkog pokreta povede pregovore o konkretnim oblicima i uslovima saradnje na teritoriji NDH. Bošnjacima je u takvim okolnostima ostalo da se snalaze kako znaju i mogu. Jedna od posljedica ustaško – četničkih sporazuma je i organizacija i jačanje jedinica Muslimanske milicije. Pored zaštite koju su im donekle svojom borbom pružali partizani, Bošnjaci su nastojali da sopstvenim jedinicama budu sami sebi neposredna zaštita. Time se stvaraju Muslimanske milicije na područjima gdje su Bošnjaci bili egzistencijalno ugroženi od četnika kao i tamo gdje je bilo dovoljno borbenog ljudstva i neophodnog naoružanja.

Kako su Bošnjaci na prostoru istočne Bosne postali najugroženiji, dolazi do formiranja Muslimanske milicije i na tom prostoru. Nakon što se italijanska vojska 5. decembra 1941. godine povukla iz Foče, u grad su ušle četničke jedinice te počinile stravičan zločin nad Bošnjacima. Domobranske snage su znale da su Italijani prepustile Foču četnicima pa su se i oni povukli. Četnici su do 21. januara 1942. godine, koliko su vladali Fočom, zaveli strahovladu u gradu. Njihova vlast je okončana navedenog datuma kada su u grad ušle partizanske jedinice. Četnici iz Srbije su se povukli, dok su domaći ostali u grad. To su iskoristile partizanske jedinice da ih pridobiju na svoju stranu. Time su doskorašnje četničke vojvode poput Straje Kočevića i Ranka Popadića, postavljene na mjesto partizanskog komandog kadra.

Za vrijeme četničkog upravljanja Fočom, manji broj Bošnjaka se naoružao lovačkim puškama te u nekim selima pokušao organizovati stražu. Iako samoodbrana nije imala značajniju ulogu, u ovakvim slučajevima se javljaju počeci muslimanskih milicija. Prvi slučaj se desio u fočanskom selu Curevo, gdje su seljani odbili predati partizanima lično naoružanje. Obećali su da neće pružati otpor ali su zahtjevali da zadrže naoružanje radi odbrane od mogućih četničkih napada. Partizanska komanda nije prihvatila ovaj prijedlog nakon čega su seljani razoružani, a u Curevo su poslani partizani radi odbrane od eventualnih četničkih upada. Stanje u Foči se stabilizovalo. Ipak, partizani u maju 1942. godine napuštaju grad u koji ulaze hrvatske i italijanske vojne vlasti. Međutim, polovinom avgusta četnici ponovo zauzimaju grad i čine novi zločin nad Bošnjacima. Veliki pokolj bio je povod da ugledni sarajevski muslimani 26. avgusta 1942. godine sazovu konferenciju, koju je otvorio hafiz Muhamed ef. Pandža. Na sastanku je Omer Čengić iz Foče iznio stav da vlasti NDH ne čine ništa da zaštite muslimane, kao i to da pomažu četnicima jer je samo dva dana prije pada grada grupa Fočaka krenula prema Sarajevu kako bi dobila oružje za odbranu, ali je više od pola ljudi izbačeno iz voza u Svjetlini i prepušteno četničkim koljačima. Tada je odlučeno da Bošnjaci sami preuzmu odbranu u svoje ruke, pa je s tim ciljem osnovan “Narodni spast”, na čije čelo je postavljem Muhamed Pandža, koji od druge polovine 1942. godine počinje aktivno da radi na osnivanju muslimanskih milicija. Pomoć u naoružanju je dobijao od Nijemaca, a u novembru 1944. godien imao je oko 8 000 boraca. Komandant muslimanske milice na prostoru Foče je bio Husin beg Čengić, čija je vojska držala položaje u Jabuci i okolnim selima, sve do Čajniča.

Kao i Foča i Čajniče su doživjeli sličnu sudbinu. Italijani su 7. decembra 1941. godine napustili grad u kojeg ulaze četnici i čine jednako teške zločine nad Bošnjacima. Kada su Italijani u aprilu 1942. godine ponovo zauzeli grad odobrili su osnivanje muslimanske milicije. Prema dostupnim podacima miliciju je na ovim prostorima činilo oko 1 500 ljudi. Bila je povezana sa pljevljanskom milicijom čiji je komandant bio Mustafa Zuković, a osiguravala je put od Čajniča do Boljanića. Kada su četnici u februaru 1943. godine napali čajnička, fočanska i pljevljanska sela Draža Mihailović je izdao naredbu da se muslimanska milicija ovom prostoru u potpunosti uništi. Nakon što su četnici zauzeli Meteljku, Italijani su razoružali dio milicije, koja se povlačila u pravcu Ustiprače i Međeđe. Borba se nastavila na Trebeškom brdu, istočno od Goražda, ali su Italijani i na tom prostoru razoružali miliciju, nakon čega su četnici prodrli sve do Kopača. Na osvojenim prostorima četnici su nastavili činiti zločine, dok je italijanska vojska sve pasivno posmatrala. Nakon nove tragedije, u Goradžu se osniva milicija na čelu sa Čengićem. Ipak, ona nije bila u stanju da poduzme odgovarajuće akcije jer nije posjedovala teško naoružanje.

Pored navedenih osnovane su i milicije na prostoru Borika, čiji je komandant bio Zulfo Dumanjić, u Bratuncu pod komandom Edhema Efendića. Odbranu bošnjačkog stanovništva na prostoru Srebrenice organizovao je Ismet Bektašević.