Nakon skupa održanog u Domu milicije 10. juna 1991. godine i izdatog “Proglasa”, Savjet za nacionalnu odbranu započeo je intenzivnu aktivnost na pripremi, organizovanju, obučavanju i opremanju patriotski orijentisanih građana Bosne i Hercegovine u cilju eventualne odbrane od agresije. Angažovanjem savjeta i rukovodećih kadrova Stranke demokratske akcije u jesen 1991. godine počinje formiranje Patriotske lige, na čijem čelu je bio Alija Izetbegović kao čelni čovjek Glavnog štaba Patriotske lige (GŠPLBiH). Pored Izetbegovića u GŠPLBiH su djelovali i Ifran Ajanović, Haris Silajdžić, Rusmir Mahmutćehajić, Omer Behmen, Sefer Halilović i dr. Primarni zadatak GŠPLBiH bio je vođenje borbe za suverenu BiH te odbranu njene opstojnosti i opstojnosti bošnjačkog naroda i svih onih građana koji BiH doživljavaju kao svoju domovinu. Prema planu generala Halilovića, izrađen je 2. decembra 1991. godine “Plan odbrane BiH”, po kojem su se u početnoj fazi rata patriotske snage suprostavile agresoru.
Pored vojnog u GŠPLBiH ulazio je i politički dio vrha. On se bavio političkim pripremama za odbranu zemlje te organizovanim radom sa patriotski opredijeljenim građanima i grupama, kao i istaknutim privrednicima, kulturnim i radnim radnicima koji su na bilo koji način mogli dati doprinos u pripremi otpora agresiji.
Na nižem nivou formirani su Regionalni štabovi PL, ukupno njih devet (sarajevski, mostarski, tuzlanski, dobojski, zenički, banjalučki, bihaćki, goraždanski i livanjski), ali i dva izvan države (novopazarski i prištinski). Oni su također imali svoj politički i vojni dio. Izvršavali su iste zadatke, samo na regionalnom nivou, kao i GŠPLBiH. Predlagali su GŠPLBiH članove i komandire regionalnih vojnih štabova, kao i komandante općinskih vojnih štabova. Po identičnim principima na kojima je djelovao GŠPLBiH, regionalni štabovi su formirali općinske štabove i ogranke PL u mjesnim zajednicama. Najviši vojni štab PL BiH, odnosno vojni dio GŠPLBiH, bio je Glavni vojni štab PL BiH (GVŠPLBiH) koji je bio podijeljen na tri grupe koje su pokrivale različite oblasti: jedna je bila zadužena za prikupljanje obavještajnih podataka, druga je radila na pripremi programa i sadržaja obuke jedinica PL i neposredno izvodila obuku, treća se bavila nabavkom naoružanja i vojne opreme za pripadike PL.
Kao što je navedeno formirano je devet regionalnih štabova unutar zemlje i dva izvan nje. Oni su bili sastavljeni od: štaba, organa za moral, odsjeka za sigurnost i odsjeka za pozadinu. Njima su bili potčinjeni općinski vojni štabovi PL, koji su imali slična zaduženja kao i regionalni samo na lokalnom nivou. Osim štabova planirano je i formiranje borbenih jedinica PL, a za njihov organizacijski model odabran je sistem Teritorijalne odrbane SRBiH – od odjeljenja do bataljona (od 10 do 500 ljudi). Planirano je formiranje manevarskih, prostornih i pozadinskih jedinica. Prostorne jedinice načelno jačine čete (do 200 ljudi) ili više četa u većim općinama bile su načelno predviđene za upotrebu na nivou općine, za zaštitu stanovništva, objekata i materijalnih dobara kao i za diverzantska i protivdiverzantska djelovanja. Manevarske jedinice su trebale predstavljati glavnu udaru snagu i bile su predviđene za upotrebu na bilo kojem teritoriju BiH. Pozadinske jedinice su načelno trebale osigurati pozadinsko osiguranje jedinica prostorne i manevarske strukture.
Bio je to veoma ambiciozan plan ustroja PL, koji je ipak u to vrijeme bio prihvatljiv za sve patriote, ali u isto vrijeme i veoma teško ostvariv iz razloga što je bilo nerealno očekivati da se u teškim uvjetima i u veoma brzom roku ustroje odredi, bataljoni pa čak i brigade. I pored nesumnjive volje, želje, patriotizma i opredjeljenja za mukotrpan rad formiranje jedinica je zahtijevalo popunu strukture vojnicima i starješinama, odgovarajuće vojno – evidencijske sposobnosti, što se nije moglo izvršiti u planiranom roku. Također, obzirom na jaku prisutnost JNA i SUP-a koji je bio naklonjen Srpskoj demokratskoj stranci (SDS), nije bilo moguće osigurati odgovarajući teren za obuku, provjeru obučenosti ili postrojavanje jedinica. Obzirom da je teritorij BiH već bio omeđen antibosanskim elementima, nabavka, distribucija i podjela naoružanja bila je teško izvediva, pogotovo kada se uzme u obzir da rukovodstvo Hrvatske nije bilo voljno ustupiti njihov teritorij za ilegalan prelazak veće i značajnije pošiljke naoružanja i opreme potrebne braniocima BiH.
Zbog navedenog, rukovodstvo PL je bilo primorano planove prilagoditi realnim mogućnostima. Tako je u analizi stanja iz januara 1992. godine konstatovano da su na teritorijalnom principu organizovane jedinice PL jačine voda do čete, da je zbog nedostatka naoružanja i municije svega 30% obučenog ljudstva izvršilo gađanje, da je naoružan veoma mali procenat pripadnika PL i da je potrebno uvezati neke samoorganizovane jedinice ranga čete u Sarajevu i Mostaru.
Organizacijom rukovođenja, komandovanja i veze PL nastojalo se zaštiti vlastite veze, ali i pratiti veze JNA i kolaboracionističkih snaga, te brzim djelovanjem sakupiti podatke o vojnim objektima JNA i aktivnostima u njima. Shodno sačinjenim planovima o izvedbi obuke, formiranju i osposobljavanju jedinica PL, realizovani su ambiciozni planovi i postavljeni na realne osnove. Prema dostupnoj dokumentaciji od izvršenih zadataka PL najvažniji su: od 18. januara 1992. godine u PL je bilo registrovano 70 720 pripadnika, od kojih 50 670 u prostornim i 19 800 u manevarskim strukturama sa oko 10% naoružanja, te 345 pripadnika PL u specijalnim sastavima; težišno su obučavani specijalni sastavi i jedinice ranga voda – čete manevarske strukture i to u sarajevskoj, tuzlanskoj i banjalučkoj regiji; na osnovu instrukcija Savjeta za nacionalnu odbranu u dokumentu “Obavijest o regrutaciji, mobilizaciji i vojnim vježbama” od 9. avgusta 1991. godine štabovi PL su preduzeli aktivnosti da u saradnji sa općinskim sekretarijatima odbrane, spriječe ili što više smanje odlazak regruta u JNA; pored GŠPLBiH, te njegovog političkog i vojnog dijela, formirani su i regionalni štabovi, kao i općinski, te mjesni ogranci PL.
Tako je komandant vojnog štaba PL za tuzlansku regiju u izvještaju GVŠPL od 27. decembra 1991. godine između ostalog naveo da i pored dobrih rezultata u organizaciji, postoje brojne opstrukcije, uključujući i neke od čelnih ljudi SDA, te da se treba više raditi na približavanju naroda i članova PL. Iako nije imala potpune i provjerene podatke o PL, djelovanje službi sigurnosti JNA najviše je otežavalo formiranje i osposobljavanje štabova i jedinica PL. Praćeni su svi koraci i skupovi članova PL, tako da su brojni njezini članovi do rata uhapšeni pa i likvidirani. Od aktivnosti GVŠPL posebno je bilo značajno savjetovanje i referisanje komandanata regionalnih štabova PL u Mehuriću kod Travnika od 7. do 9. februara 1992. godine. Prema procjenama ustanovljeno je da bi “agresija na BiH bila kratka i intenzivna, te da bi uz intervenciju međunarodne zajednice, brzo došlo do primirja i razrješavanja situacije u BiH”. Iako su određene procjene bile realne, brojne, kao i navedene, su imale krupne nedostatke, prije svega kada je riječ o trajanju agresije i odnosu snaga agresora i branilaca. Procjene GVŠ o brzom uspostavljanju balansa te prednost branilaca u ljudskom faktoru, nije bila realna i argumentovana. Sve i ako se uzme kao relevantan podatak o 80 000 pripadnika PL, zajendo sa MUP-om, nikada popunjenost naoružanja nije bila veća od 25%, pa samim time nije bilo moguće očekivati brzo uspostavljanje balansa snaga, pogotovo kada uzmemo u obzir da je prema različitim procjenama, broj agresorskih vojnika na teritoriji BiH u januaru 1992. godine iznosio oko 170 000.
Na sastanku u Mehurićima predstavnik GŠPLBiH izložio je glavne smjernice za odbranu od predstojeće agresije: odbrana mora biti u funkciji zaštite naroda, u prvom redu bošnjačkog, te očuvanju cjelovite i multietničke demokratske države; angažovanje odbrambenih patriotiskih snaga prije svega mora biti na temeljima patriotizma i općebosanskog karaktera; agresorske snage se moraju realno procjenjivati te raditi na tome da se poslije referenduma dio JNA stacioniran u BiH preobrazi u bosanskohercegovačku vojsku; raditi na tome da se učini sve kako bi bošnjački i hrvatski narod zajedno pružio otpor agresoru; borba patriotskih snaga se mora zasnivati na striktnom i potpunom poštovanju međunarodnih konvecija o zaštiti ljudskih prava u ratu; u slučaju agresije naročit akcenat otporu staviti na istočnu Bosnu, dok sarajevski i zenički region treba poslužiti kao unutrašnja rezerva za popunu ljudstva.
Tokom savjetovanja u Mehurićima komandant GVŠPL Sefer Halilović upoznao je prisutne sa “Direktivom za odbranu suvereniteta BiH” koja je i nakon skupa, do 25. februara 1992. godine, dorađivana. Izloženi stavovi i zadaci iz nje su oblikovani propustima i nedostacima od kojih su najbitiniji: snage PL BiH te pripadnici MUP-a, trebali su biti nosioci otpora dok za to nisu bile predviđene jedinice TO koje su bile legalne i organizovane odbrambene snage BiH; agresor će se zaustaviti, slomit će se njegova snaga te će biti protjeran sa cijelog prostora BiH u roku od 60 dana; dijeljeni su zadaci ali bez toga da za određene, kompleksnije, zadatke budu birane one jedinice koje su bile u stanju takav zadatak realizovati. Nakon skupa u Mehurićima i početka agresije na BiH snage PL su pružile otpor agresoru shodno stvarnim mogućnostima na pojedinim dijelovima teritorije BiH. Osnivanjem Armije Republike Bosne i Hercegovine 15. aprila 1992. godine, počeo je proces objedinjenja svih patriotskih snaga u jednu oružanu silu. Taj proces obuhvatio je i pripadnike PL.