Dolaskon Austrougarske poduzimaju se aktivnosti u vidu istraživanja brojnih aspekata bosanskohercegovačkih fenomena. Shodno tome organiziraju se brojna naučna ispitivanja. Pionir naučnog djelovanja na našim prostorima je bečki arheolog Moris Hernes, koji je dobio zadatak da izvede uvodna arheološka ispitivanja na tlu Bosne i Hercegovine.
Nakon njega našu domovinu će posjetiti niz drugih naučnika, iz svoje naučne grane, koji će vršiti ispitivanja. Ipak, loša strana naučnog istraživanja, u prvim godinama nove vlasti, je što će većina pronađenih predmeta biti iznesena iz BiH. S toga se pristupa planu otvaranja odgovarajuće ustanove u koju će se pohranjivati i čuvati kulturno i historijsko naslijeđe BiH.
Međutim, tek 1884. godine, dr. Julijan Mekanec u sarajevskoj štampi objavljuje članak u kojem iznosi neophodnost otvaranja Muzejskog društva za BiH. U članku je navedena neophodnost provođenja šire akcije u cilju prikupljanja fundusa zbirki za budući Zemaljki muzej u Sarajevu. Ova intervencija je urodila polodom tako da je, zahvaljujući dr. Makencu i njegovim saradnicima, 1. februara 1888. godine osnovan Zemaljski muzej u Sarajevu, kao prva naučna institucija na prostoru BiH.
Godinu dana poslije izdaje se i prva publikacija ove ustanove, Glasnik Zemaljskog muzeja u kojem je javnost obavještavana o naučnim poduhvatima ove institucije. Publikacija je izdavana na njemačkom i bosanskom jeziku. Zemaljski muzej je kao prva državna naučna institucija u BiH, predstavljao svjetskoj javnosti sve oblike svog naučnog djelovanja, te je od prvih dana imao punu materijalnu i drugu podršku austrougarske vlasti.
U junu 1892. godine donesena je Naredba o čuvanju historičkih spomenika i Naredba o postupku sa starinama i drugim u historičkom ili kulturno – historičkom pogledu znamenitim objektima, koja je imala za cilj da pruži pomoć u prikupljanju novog naučnog materijala.
U cilju poboljšanja rada ove institucije, u oktobru 1913. godine svečano je podignut novi kompleks muzejskih zgrada paviljonskog tipa. Paralelno sa Zemaljskim muzejom od 1904. do 1918. godine, djeluje i Institut za istraživanje Balkana, kao druga naučna ustanova na prostoru naše domovine.
Svrha ovog Instituta je bila da prikupi nove podatke o Balkanu, koji je bio tendencija interesovanja Austrougarske vanjske politike. Pod rukovodstvom dr. Karla Pača, objavljeno je 27 naučnih knjiga iz oblasti svoga djelovanja, pod nazivom Zur Kunde der Balkanhalbinsel. Treba napomenuti da su gotovo sva naučna djelovanja Austrougarske na tlu BiH bila u cilju političkog interesovanja Monarhije za budući prodor na Balkan.
Ipak, BiH je svoje naučne i kulturne radove prezentirala na brojnim međunarodnim izložbama: milenijskom u Budimpešti 1886. godine i na svjetskom u Parizu. Paralelno sa djelovanjem Zemaljskog muzeja i Instituta za istraživanje Balkana, pojavljuje se i niz nezavisnih naučnika koji pokazuju svoju sklonost istraživačkom radu, poput Vladislava Škarića i Hamdije Kreševljakovića.
