U XVI stoljeću stvara se novi oblik organizacije u cilju odbrane zemlje. Ustanova kapetanstva, koja je ranije kod Osmanlija bila isključivo vezana za vojne operacije, u toku XVI stoljeća dobija potpuno novi značaj i označava pogranične teritorijalne jedinice pod upravom zapovjednika, koji su se zvali kapetani. One su predstavljale utvrđeni prostor, kojem je glavno uporište bila određena značajna tvrđava pojačana sistemom većih ili manjih utvrđenja. Kapetanima su bili podređeni zapovjednici većih ili manjih utvrda sa posadom. Nije poznato kada je prva osnovana, ali najstariji spomen bosanske kapetanije imamo u pismu Petra Erdeda iz 8. februara 1558. godine kada se spominje gradiška kapetanija, sa Džafer begom na čelu. Broj kapetanija i uloga u Bosanskom ejaletu će se mijenjati sve do 1835. godine, kada su one konačno ukinute.
