Nakon što je u toku Velikog bečkog rata (1683 – 1699) austrijska vojska odbranila Beč, u septembru 1683. godine, i u narednim godinama nanijela nekoliko teških poraza osmanskoj vojsci, austrijska vojska se pred kraj rata našla na granicama Bosne, odnosno Bosanskog ejaleta i vodila nekoliko teških borbi protiv Bošnjaka.
Znajući koliko će odlučno Bošnjaci braniti ovaj dio Osmanskog carstva, vojne snage bečkog cara pod komandom Lepolda I kreću u napad na Bihać. Bitka za ovaj značajan grad i utvrdu trajat će od 14. do 28. juna 1697. godine. U konačnici branioci grada su odnijeli značajnu pobjedu i protjerali austrijsku vojsku. Nekoliko mjeseci kasnije, austrijski vojni odredi pod komandom Eugena Savojskog prelaze rijeku Savu kod Bosanskog Broda i munjevitim maršom, uz rijeku Bosnu, brzo prodiru do Sarajeva. Nakon zauzimanja Sarajeva 24. oktobra 1697. godine, grad je zapaljen a Eugen je sa sobom poveo 40 000 katolika.
Osvojeni prostori Bosanskog ejaleta biće predmet mirovnih pregovora u Sremskim Karlovcima za okončanje Velikog bečkog rata. Tako u V članu Karolovačkog mira, potpisanog 26. januara 1699. godine, piše: “… A područje Bosne, koje se nalazi sa ove strane rijeke Une, omeđeno je s jedne strane obalama Save, a sa druge strane rijeke Une. Austrijska vojska u Dubici, Jasenovcu, Doboju i Brodu koji su unutar spomenutih granica, i u svim sličnim mjestima na tom području, da se izvede i evakuiše, i da se to područje u potpunosti otrijebi. Pošto su Kostajnica i ostala ostrva u rijeci Uni, nizvodno od teritorija Novog prema rijeci Savi sa suprotnom obalom rijeke Une u području spomenutog ćesara, međa između dvije strane neka se utvrdi s druge strane rijeke Une, zaposjednuta od čuvara sa pučine rijeke Save, zajedno sa njihovim zemljama iz vremena prije ovog rata, neka ponovo bude u njihovim rukama…” Ovim ugovorom Bosna i Hercegovina je prvi puta dobila današnje, međunarodno priznate, granice na sjeveru i zapadu.
Međutim, Austrija je i dalje osjećala pretenzije prema BiH. Tako da su u toku XVIII stoljeća vođena još tri rata protiv Osmanskog carstva na prostoru Bosanskog ejaleta. U prvom ratu, vođenom od 1716 – 1718. godine, austrijske trupe pod komandom Eugena Savojskog napadaju nekoliko fortifikacijskih objekata u Bosanskom ejaletu. Ohrabreni uspjesima iz prethodnog rata Austrijanci su očekivali brzi pad Bosne. Sredinom avgusta 1716. godine austrijske trupe pod komandom Ivana Draškovića, grofa Rabate i pukovnika Petraša napadaju pokrajinske krajiške utvrde.
Bosanska vojska je uspjela poraziti Austrijance u svim bojevima, osim u boju za Bosansku Gradišku, koju su Austrijanci uspjeli zauzeti. Napadi na bosanske utvrde nastavljeni su i naredne godine. Austrijancima će ova godina donijeti još manje uspjeha tako da će u Bici za Zvornik, odigranoj 7. oktobra 1717. godine, doživjeti težak poraz i izgubiti oko 10 000 vojnika. Težak poraz su doživjeli i kod Bosanskog Novog, čime je propao austrijski plan o lahkom zauzimanju Bosne.
Ipak, na drugim dijelovima fronta, osmanske trupe su doživjele niz teških poraza, naročito u Srbiji, i sjeveroistočnoj Bosni, tako da je prilikom potpisivanja mirovnog ugovora u Požarevcu 21. jula 1718. godine, niz odredbi išao na štetu Bosanskog ejaleta. To se najbolje vidi iz člana III i IV. Sva izgubljena teritorija Osmanskog carstva u ovom ratu je pripala Austriji: Brčko, Bijeljina, Jasenovac, Bosanska Dubica, Novi, Kobaš, Bosanski Brod, Kostajnica i Furjan. Prema odlukama mirovnog ugovora pod vlast Austrije je došao i teritorij sa bosanske strane Save, u širini od 10 do 15 km. Time je po prvi put vlast austrijskog cara prešla rijeku Savu.
Ovakvo stanje će ostati sve do izbijanja novog osmansko – austrijskog rata, vođenog od 1737. do 1739. godine. Ipak, Austrija ni ovaj put nije ostvarila zacrtane ciljeve, tako da su Bošnjaci u nizu bojeva, gotovo bez ikakve pomoći osmanske Porte, nanijeli nekoliko teških poraza Austrijancima. Svakako najznačajniji je onaj kod Banja Luke od 4. avgusta 1737. godine. Ovim ratom, Bosanski ejalet ne samo da se odbranio nego je vratio sve izgubljene teritorije iz prethodnog rata, prema odlukama mira u Beogradu od 18. septembra 1739. godine. Time je po drugi puta, i trajno, Bosna stekla svoje sjeverne i zapadne granice.
Sa istom odlučnošću Bošnjaci će braniti bosanskohercegovačku granicu i u narednom, posljednjem ratu protiv Austrijanaca, vođenom od 1788. do 1791. godine, poznatom kao Dubički rat (dobio takav naziv po žestokoj borbi za Bosansku Dubicu). Bošnjaci će i ovaj put u više bojeva teško poraziti austrijske trupe i ponovo odbraniti svoju domovinu. Dokaz tome je pismo austrijskog generala Gideona caru Josipu II u kojem navodi kako je nevjerovatno sa kojom hrabrošću i vojnom vještinom bosanski ratnici brane svoju zemlju. Uvidjevši da je Bosnu teško pokoriti vojnim putem, car Josip II upućuje proglas muslimanskom stanovništvu Bosanskog ejaleta da će im garantirati ličnu, imovinsku i vjersku slobodu ukoliko pređu na austrijsku stranu. Međutim, ova politika nije imala nikakvog efekta. Ipak, i u ovom ratu Austrija je uspjela da zauzme neka utvrđenja, tako da je po odredbama mira u Svištovu, od 4. avgusta 1791. godine, Austriji pripao Cetin, Lapac i Srb, te pojas ispod Plješevice i Plitvičkih jezera. Zauzvrat Austrijanci su se povukli iz Bosanske Dubice, Bosanskog Novog i Bosanske Gradiške.
Uvidjevši da vojnim putem ne može pokoriti Bosnu, Austrija će tokom XIX stoljeća nastojati diplomatskim metodama dobiti Bosnu. U tu svrhu u Travniku će 1807. godine otvoriti konzulat, koji će sa prekidom od 1821. do 1856. godine, raditi sve do austrijske okupacije BiH 1878. godine.
