Neposredno pred početak Drugog svjetskog rata nastala je organizacija Mladi Muslimani. Nastala je pod utjecajem sličnih organizacija u islamskim zemljama. Organizacija je u toku rata djelovala u okviru vjerskih i svjetovnih institucija na širenju prosvjete i kulture među omladinom. Uglavnom je svoj rad bazirala na prikupljanju pomoći za izbjeglice koje su pobjegle od četničkog noža.
Podržavala je plan da Bosna i Hercegovina bude pod protektoratom Hitlerove Njemačke, kako bi izbjegla daljnu marginalizaciju i zloupotrebu u sklopu Nezavisne države Hrvatske. Ustaški režim nije odobravao njihov politički program. U toku ratnih dana programski cilj organizacije je bio da bosanski muslimani vrate izgubljenu moć orijentacije i moć shvatanja Islama. Taj cilj bi ostvarili eliminacijom neukog i licemjernog hodžinskog staleža kojeg nije interesovao prosperitet bosanskih muslimana nego samo velikohrvatska politika. Reafirmaciju islama su zamišljali i kroz suprostavljanje evropeizaciji u sferi tehnike, nauke, a sa njima i kapitalizmu i komunizmu, jer je islam predstavljao sintezu bez klasa i klasnih suprotnosti.
Organizacija je isticala tvrdnju da se kod bosanskih muslimana (Bošnjaka) ne treba propovijedati samo vjerska pripadnost, već i nacionalna i politička posebnost Bošnjaka. Okončanjem Drugog svjetskog rata i dolaskom jednopartijskog sistema, organizacija je svoju djelatnost morala vršiti ilegalno. Međutim, njezin broj članova je bio izrazito mali. U postratnim godinama organizacija je isticala da nema ništa protiv bratstva i jedinstva, ali da želi očuvati individualnost bosanskih muslimana (Bošnjaka), kao i to da se BiH treba prestati okretati prema Zagrebu i Beogradu, te da se više bazira na vlastitoj inteligenciji, koja će BiH osamostaliti u svim pogledima. Kada je došlo do velike čistke u Jugoslaviji tokom 1949. godine uništena je i organizacija Mladih muslimana. Preko 1 000 njezinih članova je osuđeno na razne vremenske kazne. U Mostaru su ubijena četiri njezina pripadnika, a u Sarajevu dva.
