Pobjedom u Drugom svjetskom ratu komunisti započinju program promoviranja ateizma, što je bio veliki udarac za stanovništvo Bosne i Hercegovine svih religija, jer je ona igrala veoma važnu ulogu u njihovim životima. Pod parolom da za njih ateizam nije primarno pitanje, komunistički ideolozi su takvu politiku pravdali podatkom da se oni zapravo bave čovjekom i njegovim društvenim odnosima. Sam marksistički ateizam, kojeg je nova vlast propagirala, zastupao je ideju da glavnu energiju čovjeka treba usmjeriti na uništenje socijalnih korijena religije i njene materijalne sadržine, a ne njezinu formalnu stranu. Samom činjenicom da su komunisti sužavali čovjekova prava i slobode, time su zapravo razvijali jedan novi oblik religije – da predmet vjerovanja nije Bog na nebu nego čovjek na zemlji. Shodno tome, težilo se razvoju kulta jedne ličnosti, koji je vodio socijalističku Jugoslaviju kroz epohu rata, ličnosti Josipa Broza Tita. Iako je postojala određena razlika u odnosu prema pojedinim vjerskim zajednicama, partijska i državna struktura je proklamovala načelo potpune jednakosti svih vjerskih zajednica, ali su težili da oslabe vjerski utjecaj među običnim stanovništvom, posebno kroz zabranu vjerskih obreda, poslova i osjećanja u političke svrhe. Time su i funkcionere a i obično stanovništvo učili da je religija glavni protivnik novog socijalističkog poretka na kojem se izgrađuje Jugoslavija.
U svom nastupanju posebna pažnja je posvećena vaspitanju djece, za što su odgovornost preuzele partijske organizacije kako bi se kod mladih naraštaja eliminisao svaki utjecaj religije. Uporedo sa time podizao se i autoritet prosvjetnog kadra naspram vjerskih službenika koji su imali veći ugled u narodu nego li učitelji. Komunistički rukovodioci su smatrali da će procesu smanjenja religijskog utjecaja znatno pridonijeti isticanje naučnih dostignuća. U tom smislu najvažniji dio posla trebala je realizirati inteligencija kroz održavanje naučno – popularnih predavanja, dok je članovima Partije dat zadatak da na svakom skupu tumače pogled komunizma na te naučne oblasti. Problem su predstavljale antireligijske publikacije kojih je bilo nedovoljno, tako da su bile pristupačne samo malom broju stanovništva. Primjera radi, Sreski komitet Komunističke partije BiH u ljeto 1952. godine izdao je proglas da se u borbi “protiv reakcionarnog sveštenstva i uticaja religije uopšte (…) pojačano javlja potreba za antireligioznom literaturom”. S ciljem širenja ovakve ideologije Partija je posebnu pažnju posvetila i zabrani ispoljavanja religioznih uvjerenja i aktivnosti unutar vlastitog članstva. Svakom članu je zabranjeno da propagira bilo koje učenje, pa i vjersko, koje se kosi sa ideologijom komunizma. Vodeći se načelima Marksa i Engelsa, smatrali su kako član Partije može postati samo ona osoba koja se odriče bilo kakvog oblika bogomolje (crkve, džamije) i koja je oslobođena praktikovanja religije u bilo kojem obliku. Time je za jugoslavenske komuniste religija predstavljala glavnu barijeru u naučnom pogledu na svijet.
Prvi koraci su učinjeni 1947. godine kada je Politbiro CK Komunističke partije Jugoslavije, nakon odvajanja vjerskih zajednica od države i škole, zabranio komunistima da obilježavaju vjerske praznike i čin vjenčanja u vjerskim objektima. Naredne godine, u decembru, Predsjedništvo vlade Federativne narodne republike Jugoslavije uputilo je raspis u kojem zabranjuje slavljenje vjerskih praznika u zemlji. Na udaru se posebno našla Jugoslavenska armija, koja je trebala služiti kao glavna snaga u eliminaciji religijskih elemenata u državi, tako da je došlo do velike čistke religioznih lica u njezinim redovima. Još sa dolaskom prvih postratnih regruta, u decembru 1946. godine, donesen je novi pravilnik, po kome je bilo zabranjeno: odlazak u vjerski objekat, molitva, nošenje vjerskih simbola, kontrola običaja ishrane (muslimani koji nisu jeli svinjetinu su bili kažnjavani), odlazak na vjerske manifestacije, nošenje amajlija, isticanje zara i feredža. Također obrazovana je posebna komisija oficira koja je kontrolisala da li neko odlazi u vjerske objekte i na vjerske manifestacije. U narednim godinama izdat je niz proglasa na kojima je pisalo da članovi Partije ne mogu postati oni ljudi koji nisu raščistili sa vjerskim uvjerenjima.
Borba protiv religije se naročito zaoštrila tokom pedesetih godina. Na Šestom kongresu Saveza komunista Jugoslavije 1952. godine, Statutom je striktno definisano da status člana partije i zaposlenja, ima osoba koja ne posjećuje vjerske objekte i da se takva osoba ne može smatrati “ozbiljnim komunistom”. Konsekventno tome, u Partiji ne mogu biti religiozni građani koji djeluju kao vjernici. Zbog toga, u narednim godinama otpočeo je energičan proces eliminaciji ovog problema unutar Partije, što je rezultiralo većim brojem kažnjenih i isključenih zbog religioznosti. Primjera radi, samo u periodu od 1946. do 1958. godine iz partije je isključeno 7 019 članova zbog praktikovanja vjere, od čega je iz BiH tokom 1955., 1956. i 1957. godine iskjučeno 1 255 članova Partije. Prema podacima kojima raspolaže Ideološka komisija Centralnog komiteta SKJ, najveći broj isključenih je bio iz reda omladine, koji su pod utjecajem roditelja i sredine “pretjerano” praktikovali vjeru. Uglavnom se radilo o pravoslavcima i muslimanima. Najčešći razlozi isključenja su bili: odlazak u seoske vjerske objekte, posjećivanje vjerskih proslava, te prisustvo pogrebima na kojima su bili vjerski službenici. U nekim mjestima BiH vjerski službenici su za članove SKJ obavljali tajne vjerske obrede, tajna vjenčanja i odvođenje u crkve i džamije. Ideološki komitet SKJ navodi devet ovakvih srezova u BiH, u kojim su službenici po noći odlazili na mise, džumu, krstili djecu, vjenčavali i molili se. Da stanje unutar Partije po pitanju religije nije bilo bajno, svjedoče brojni primjeri i partijskih organizacija u BiH. Primjera radi, Partijsko savjetovanje u Šekovićima, održano u aprilu 1953. godine, iznosi ocjenu kako još uvijek “mnogi članovi Partije vode djecu na krštenje iz čega se vidi (…) da oni nisu još raščistili sa religijom”. Primjer je i osuda na račun jednog člana partije iz Lukavca ” (…) koji znajući da mu otac slavi Božić tri dana nije išao kući (…) samokritički izjavljujući da je i on kriv što nije u stanju da svog oca povede drugim, našim putem”.
