Tek kada je počelo teritorijalno širenje srednjovjekovne bosanske države, u vrijeme bana Stjepana II Kotromanića koji osvaja Hum i bana/kralja Tvrtka I Kotromanića koji osvaja Podrinje i Polimlje, u XIV stoljeću, povećava se i broj pravoslavnog stanovništva te utjecaj Pravoslavne crkve u Bosni i Hercegovini. Na osnovu ovoga možemo zaključiti da je (Srpska) Pravoslavna crkva bila jedva naznočna na teritoriju današnje BiH prije dolaska Osmanlija, osim u slučaju istočne Hercegovine. Hercegovina je bila sjedište kulturnog i političkog života srpskih župa i kneževina, zajedno sa Zetom (Crna Gora) i Raškom (jugozapadna Srbija).
Veći dio hercegovačkog plemstva je u XIV i XV stoljeću bio pravoslavne vjere, pa je pretpostavka da je i samo stanovništvo bilo pravoslavno. Sa ostatkom srednjovjekovne bosanske države to nije bio slučaj gdje je preovladavala Crkva bosanska. Pravoslavna crkva je Crkvu bosansku smatrala heretičkom. Kada je kralj Tvrtko I proširio bosansku državu na istok, tokom šezdesetih i sedamdesetih godina XIV stoljeća, i uloga pravoslavaca počinje da raste. Jedan od većih razloga tome je i što se važan pravoslavni manastir – Mileševo, našao u rukama bosanskog vladara. U gornjem toku rijeke Drine nema jasnih tragova o postojanju pravoslavaca i pravoslavnih crkava. Barem do dolaska Osmanlija.
U tadašnjim izvorima, 1420. godine, spominje se samo jedna pravoslavna porodica na prostoru Vrhbosne (kraj oko današnjeg Sarajeva). Što se tiče teritorijalne organizacije ne posjedujemo tragove naznočnosti Pravoslavne crkve na tlu same Bosne. Stanje se tek mijenja osamdesetih godina XV stoljeća, kada se osmanska vlast već uveliko instalirala na područje današnje BiH.
Tada se spominju pravoslavni svećenici i vjernici u mnogim dijelovima Bosne u kojima ih do tada nije bilo. Tokom XVI stoljeća podiže se i nekoliko pravoslavnih manastira: Tavni, Lomnica, Paprača, Ozren i Gostović. Obzirom na zakon, poznat kao kanun – i raya, po kojem je bilo zabranjeno građenje novih crkava, pretpostavljamo da je za sve navedene trebalo izdati posebnu dozvolu. Pravoslavna crkva je bila podređena Pećkoj Patrijaršiji, dok je radom crkve u Bosni upravljala Mileševska mitropolija. Pravoslavci se u toku druge polovine XV stoljeća, u sklopu osmanske politike naseljavanja opustošenih područja, naseljajavaju na sjeveru Bosne.
Navest ćemo samo primjer osmanskog deftera iz 1476. godine, kada se u kraju oko Maglaja, naseljava 800 Srba sa dvojicom pravoslavnih sveštenika. U narednih 50 godina broj Srba u srednjoj i sjeveroistočnoj Bosni je nastavio rasti, a Srbi su sepočeli doseljavati i na prostoru sjeverozapadne Bosne. Naseljavanja su nastavljena i tokom XVII stoljeća, u jeku ratova sa Austrijancima, kada je za osmansku vlast bilo nepoželjno da pogranični krajevi budu naseljeni katoličkim stanovništvom koje je bilo sklono Austrijancima.
