Razočaranost Bošnjaka u njemačku i ustašku politiku u Bosni i Hercegovini, navest će Bošnjake da se počnu okretati partizanskom pokretu. Najprije je u pitanju bio veoma mali procenat koji je pristupio Narodnooslobodilačkom pokretu. Među prvima je pristupio pokretu “Muslimanski bataljon” pod vodstvom Muje Hodžića na Romaniji. Već početkom 1942. godine rijetke su bile partizanske formacije bez bošnjačkih boraca, iako su oni još uvijek činili veoma mali procenat u poređenju sa Srbima. Padom Prijedora i Bihaća u ruke partizana, krajem 1942. godine, proširuje se učešće Bošnjaka u krajiškim partizanskim brigadama. A tek osvajanjem Tuzle, u oktobru 1943. godine, Bošnjaci postaju relevantan faktor u NOP-u. Dugo je, u periodu jednopartijskog sistem, važilo mišljenje da su Bošnjaci objeručke i odmah prihvatili vodstvo partizanskog pokreta. Bošnjaci dobijaju i određena mjesta u institucijama pokreta, pa tako jedan od podpredsjednika Izvršnog odbora AVNOJ-a postaje Nurija Pozderac. Ipak, treba naglasiti da su takva mjesta bila uglavnom namijenjena Srbima. Među istaknute Bošnjake, koji su imali važno mjesto u AVNOJ-u i ZAVNOBiH-u spadaju: Osman Karabegović, Sulejman Filipović, Hamdija Ćemerlić, Muhamed Sudžuka, Hasan Brkić, Avdo Humo i dr.
Tokom 1944. godine mnogi gradovi BiH našli su se u rukama partizana. Time je i sam opstanak četničkog i ustaškog pokreta doveden u pitanje. Nakon II zasjedanja ZAVNOBiH-a u Sanskom Mostu (30. juni – 2. juli 1944.) održana je konferencija NOF-a (Narodnooslobodilačkog fronta) BiH, na kojoj je pokrenuto pitanje osnivanja političkog odbora sastavljenog od Bošnjaka u okviru NOF-a, koji bi uticao na veći priliv Bošnjaka u redove NOP-a. Ipak, do ostvarivanja ove ideje nikada nije došlo. Za ovakav čin glavni je krivac bila Komunistička partija Jugoslavija, koja nije željela da vlast dijeli sa pripadnicima građanskih stranaka koji su se priključili NOP-u. Zbog toga su se Bošnjaci u tijelima NOF-a osjećali neravnopravnim, a disciplina i pritisak su ih obavezivali da podržavaju usvojene stavove i odluke, iako se nerijetko dešavalo da im nisu išli u prilog. Ako su se pripadnici i nalazili u političkim tijela, njihovo “demokratsko” oličenje je zapravo bilo samo ukras kojim su se komunisti služili da zapadu svoje djelovanje prikažu kao demokratsko. Iako je broj Bošnjaka, članova ZAVNOBiH-a i u rukovodećim tijelima NOF-a, rastao nikada nije niti otvoreno niti omogućeno pitanje jedinstvene bošnjačke politike u NOF-u.
Prvobitno uslovljeno stanje nacionalnih odnosa u BiH i nacionalna ravnopravnost u NOP-u, postala je floskula koju će KP do kraja rata propagirati. Ipak, linija nacionalne ravnopravnosti teško se probijala u nacionalnoj strukturi NOP-a. Stanje je bilo daleko drugačije od onog kakvim ga je predstavljala KP. Objektivni položaj Bošnjaka nije zaokupljao misao rukovodećeg faktora NOP-a i KP, koja je i dalje istrajavala u ocjeni o zaostajanju Bošnjaka. Rukovodstvo NOP-a je nacionalnu ravnopravnost mjerila statistički – nacionalnom ravnomjernošću NOP-a. Time su otvorena vrata širenju nacionalizma u redovima NOP-a, iz razloga što su komunisti i Srbi bili prvoborci i glavna snaga NOP-a a Bošnjaci i Hrvati saveznici koji su se “usput” priključili pokretu. Time je stvorena podloga za srpsku hegemoniju i u novoj Jugoslaviji.
I pored određenog uspjeha, kojeg je NOP imao među Bošnjacima, u izvještaju II zasjedanja ZAVNOBiH-a, stoji: “Još u Bosni i Hercegovini veliki dio Hrvata i dobar dio Muslimana nisu aktivni u NOP-u”.
