Prvo razdoblje vladavine kneza Miloša Obrenovića (1815 – 1839), usko je povezano sa progonom muslimanskog stanovništva iz Kneževine Srbije. Bošnjaci – muslimani su u Kneževini Srbiji najviše bili nastanjeni u gradovima i mjestima uz rijeku Drinu, a 1833. godine bilo ih je 24 000, od čega najviše u Beogradu 6 000 i Užicu 4 000, dok ih je uz rijeku Drinu živjelo oko 8 000. Sam proces protjerivanja Bošnjaka počinje sa prvim hatišerifom iz 1829. godine kada je knjaz pokušao istjerati Bošnjake iz palanki, ali tada još uvijek nije dirao stanovništvo u varošima. Hatišerifom iz 1830. godine Osmansko carstvo je naredilo da se Bošnjaci iz Kneževine Srbije isele u roku od jedne godine, nakon što rasprodaju svoja dobra. Da bi ubrzao proces, Miloš je naredio srpskom stanovništvu da otkupe muslimanske kuće i trgovine. Zatim je zabranio Srbima da nadniče kod Bošnjaka. Trećim hatišerifom iz 1833. godine rok iseljavanja je produžen za pet godina, ali je zabranjeno naseljavanje muslimana. Obzirom da su Bošnjaci, koji su živjeli uz Drinu, imali svoje zemljišne posjede koje su obrađivali, oni su odbili iseljenje. Da bi ih primorao da se isele, Miloš posla Vuleta Gligorijevića koji 20. maja 1833. godine zaprijeti svim Bošnjacima da se u roku od sedam dana isele, jer u protivnom “eto mene… s vojskom na vas”. Nakon što se nisu iselili, Miloš je poslao vojsku, tako da do 28. jula 1834. godine nije uopće više bilo Bošnjaka uz Drinu. Srbijanska vojska se jedino nije usudila napasti Mali Zvornik, jer su ga štitili topovi sa zvorničke tvrđave. Već do 1834. godine Bošnjaci su bili protjerani iz gotovo svih mjesta osim iz Malog Zvornika, sela u sokolskoj nahiji, Užica i gradova uz Savu i Beograd. U Beogradu i Užicu Bošnjaci su bili brojniji, a štitila ih je i osmanska posada na tvrđavama.
Na istočnoj granici Bosne prema Srbiji učestale su bile povrede granice, jer se Bošnjaci nisu mogli pomiriti sa činjenicom da je 6 nahija Bosanskog ejaleta priključeno Kneževini Srbiji. Iz Bosne je 16. marta 1835. godine upalo blizu 200 ljudi i opljačkalo oko 200 komada stoke, nakon čega su ih pretjerali u Bosnu. Da bi učvrstili granicu Srbi su poslali vojsku, tako da je 18. marta došlo do nove provale Bošnjaka preko Drine i oružanog okršaja u kojem je stradalo 7 Bošnjaka i 3 Srbina. Krajem maja u Bijeljini je došlo do velikog uznemirenja jer su kružile glasine da Srbija namjerava zaposjesti ovaj dio Bosne, kako bi osigurala granicu. Ipak, spor je riješen pregovorima između bosanske i srbijanske strane.
Poslije sukoba na Čukur česmi 1862. godine, oko točenja vode prilikom čega je stradalo nekoliko Srba, zaoštreni su odnosi između Srbije i Osmanskog carstva. Konferencija održana u Kanlidži trebala je da ponovo dovede stanje u red. Srbi su to iskoristili te su pojačali pritisak da se preostali Bošnjaci odmah isele. I prije samih pregovora netrepeljivost nad Bošnjacima je rasla, tako da je muteselim Sokola Hasan aga izvijestio Mihajla Obrenovića o šteti koju pravoslavci nanose sa svojom stokom muslimanskim usjevima. U šabačkom kraju je prema izvještaju austrijskog konzula Jovanovića 19. jula 1862. godine, bio toliki pritisak na muslimane “da su se oni smjestili u šabačku tvrđavu”. Već od polovine XIX stoljeća velike evropske sile uspostavljaju svoje konzulate i konzularne agencije, kako bi pratili procese koji se odvijaju u Bosanskom ejaletu. Zahvaljujući tim izvještajima imamo jasnu sliku o progonu Bošnjaka iz Srbije i njihovom stavu prema ovom progonu. Progon koji se odvijao tokom 1862. godine praćen je terorom koji je potican od mjesnih vlasti. Užice je zapaljeno u avgustu ili septembru, nakon što su lokalni Srbi zapalili jednu kuću u Glavućima, a nakon tri večeri nastavili paliti u Zabučju, Pordi i tako redom, da bi u konačnici podmetnuli požar od “Sv. Ilije do kraja avgusta”. Nakon što su protjerana sela oko Užica, srbijanska vojska je opkolila i sam grad i stjerala Bošnjake u Užice, nakon čega je stiglo naređenje iz Istanbula da muslimani prodaju sve što mogu i da se isele u Bosnu. Tada je protjerano između 700 i 800 Bošnjaka. Užičani su se većinom naselili na prostoru Gornje Azizije (Bosanski Šamac) i Donje Azizije (Orašje), ali i na prostoru Bosanske Kostajnice, Brezovog Polja, Bijeljine, Zvornika, Gračanice, Tuzle, Srebrenice i Osata. Jedan dio je otišao na istoku, u Vidin i Niš, dok su neki prešli Bosfor i nastanili se u Anadoliji. U Orašju se pored Užičana, naselio i jedan broj prognanih iz Beograda i Šapca. Komentarišući naseljavanje Užičanina i Šabčana u Orašje Alija Nametak kaže: “Što je u Užicu bilo zlata, otišlo je u Šamac, što je srebra – otišlo je u Orašje, a što je bakra – u Brezovo Polje”. Srbijanska vlada je 1862. godine zahtijevala od Osmanskog carstva da joj ustupi i Mali Zvornik i Sahar. Ipak, Mali Zvornik je ostao u sastavu Bosanskog ejaleta sve do 1878. godine. Novi progon Bošnjaka se desio 1867. godine kada je iz Beograda protjerano 3 000 Bošnjaka i Albanaca, koji su napustili blizu 800 kuća. Prema navodima ruskog konzula u Sarajevu, zaključeno sa 1868. godinom, iz Kneževine Srbije je u Bosnu protjerano oko 30 000 muslimana. Da bi opravdala svoje postupke, i na svoju stranu pridobila velike sile, Kneževina Srbija je u Bosanski ejalet i Dalmaciju slala svoje doušnike čiji je osnovni zadatak bio da šalje lažne izvještaje o progonu pravoslavnog stanovništva iz Bosanskog ejaleta. U tome su prednjačili članci iz listova “Pozor”, “Ill Nazionale”, “Ostdeutsche Post”, “Ost und West”. Tako je u “Prozoru”, br. 269. objavljen članak “Bosna” u kojem se nabrajaju zvjerstva muslimana protiv pravoslavaca. Međutim, izneseni podaci su netačni, jer ih kasnije niko nije mogao dokazati. Pruski konzul Blau je izvijestio prusku vladu kako zagrebačke “Narodne novine”, novosadski “Napredak” i dalmatinski “Ill Nazionale”, neprekidno godinama poturaju lažne vijesti o teškom stanju u Bosni, pa idu čak dotle da navode kako prijateljske zemlje Osmanskog carstva okrivljuju bosanske vlasti kako sudjeluju u ugnjetavanju pravoslavaca. Između ostalog navedeno je i kako je pravoslavcima zabranjen javni pristup trgovima, kafanama, pijacama, pa čak i okupljanje u tuđim kućama. Konzul Blau navodi i da je srbijanski otpravnik poslova u Istanbulu uručio memorandum minstra Garašanina, u kojem okrivljuje vladu Bosanskog ejaleta za brojna ugnjetavanja pravoslavnog stanovništva tokom 1863. i 1864. godine, ali “istina je da su podanici osmanskog cara u Bosni i Hercegovini manje izrabljivi od podanika austrijskog cara u Hrvatskoj”. Po nalogu engleske ambasade u Istanbulu, engleski ambasador u Sarajevu je proveo višemjesečno provjeravanje kako bi utvrdio navode iz srbijanskog memoranduma i da je na kraju utvrdio da u memorandumu ima “malo istine, a mnogo laži i raznih izvrtanja”. Ambasador navodi da je stanje suprotno, jer su uslijed loše žetve brojni Dalmatinci, sa područja Imotskog i Splita, zatražili spas u Bosanskom ejaletu, a vlasti su im dopustile da se nasele na prostoru Unca, Petrovca, Kupresa, Skoplja i Jajca.
Garašaninovi izvještaji upućeni u Istanbul bili su samo opravdanje za novi spor sa Portom, koji je izbio 1866. godine, a ponovo se ticao Malog Zvornika i Sakara. Još godinu dana ranije srbijanska vlada je zaprijetila da će spor riješiti silom, ukoliko ne bude išao u njezinu korist. Razlog odbijanja da se ustupe ova dva mjesta je prvenstveno bio u činjenici da Porta nije mogla dozvoliti novi teror nad muslimanskim stanovništvom koje bi se i samo pobunilo nakon što Osmansko carstvo nije učinilo gotovo ništa da ih zaštiti u ranijim slučajevima. Knez Milan Obrenović je 1874. godine boravio kod sultana u Istanbulu u nadi da će uspjeti da dobije Mali Zvornik i Sahar. Međutim, iz Istanbula se vratio neobavljenog posla. Uvidjevši da prostor Malog Zvornika i Sahara ne mogu dobiti političkim putem, srbijanska vojske se 5. septembra 1876. godine pripremi za napad na Bošnjake u Saharu i Malom Zvorniku. Istog dana na njih je poslan odred osmanske vojske i oko stotinjak rezervnih trupa. Nakon okršaja, koji je trajao oko jednog sata, srbijanska vojska je bila primorana da se povuče. Nakon toga Srbijanci su podigli 40 utvrđenja na nepristupačnim mjestima oko Malog Zvornika i topovima stalno ugrožavali osmanske prostore duž granice. Osmanski komandant na prostoru Bosanskog vilajeta, Veli paša je na njih 13. septembra poslao dva i po tabora osmanske redovne i pomoćne vojske sakupljene u Zvorniku i Sarajevu. Vojska pod komandom Atif bega je porušila sva utvrđenja na prostoru Sahara, dok je vojska pod komandom Ismet paše zauzela ostatak utvrđenja i zaplijenila dosta naoružanja i municije. Nakon što je Austrougarska 1878. godine okupirala BiH, Mali Zvornik i Sahar su predati Kneževini Srbiji, nakon čega je muslimansko stanovništvo protjerano.
