Osvajanjem Kraljevine Bosne 1463. godine, Osmanlije osnivaju Bosanski sandžak, koji je bio podvrgnut Rumelijskom ejaletu. U početku je on imao klasični “akindžijski karakter” – što je značilo da je lahka osmanska konjica (akindžije) iz njega vršila prodore prema sjeveru. Osvajanjem područja današnje Bosanske krajine, te dijelova Dalmacije, Like i Slavonije, osniva se 1580. godine Bosanski ejalet. Širenjem Osmanskog carstva prema sjeveru, dio Bošnjaka se počeo naseljavati na novoosvojenim prostorima Hrvatske i Ugarske (Mađarske). Također, dolaskom Bošnjaka i veliki broj starosjedilaca je počeo primati islam. Bošnjaci su redovno bili na najvišim činovničkim položajima u Ugarskoj, tako da je u toku 150-godišnje osmanske vladavine na položaju Budimskog beglerbega bilo 20 Bošnjaka. Istovremeno su nastajala bošnjačka mjesta između Drave, Dunava, Save i Ilove. Prema osmanskim defterima 1680. godine na tom prostoru je živjelo oko 115 000 muslimana, uglavnom Bošnjaka iz Bosne.
Osmanska vojska svoj posljednji veliki pokušaj prodora u srednju Evropu imala 1683. godine kada je krenula na Beč. Vojska jačine oko 200 000 vojnika, od sredine jula pa sve do 12. septembra 1683. godine opsjedala je Beč, ali je nakon presudne Bitke kod Kalenberga doživjela težak poraz od strane austrijske i poljske vojke. Na hiljade osmanskih vojnika je izgubilo život pod zidinama Beča, a udružena kršćanska koalicija je krenula u veliku kontraofanzivu čiji je cilj bio protjerivanje Osmanlija sa prostora Balkana. Ovakvo stanje i povlačenje osmanske vojske izazvalo je i val prisilnih migracija civilnog stanovništva. Nakon više od dva stoljeća, koliko su naseljavali prostore balkanskog sjeverozapada i Panonije, dijelove Dalmacije, Kninske krajine, Like, Slavonije i Ugarske, Bošnjaci su bili primorani da se povuku zajedno sa osmanskom vojskom koja se kretala prema jugu. Nastupilo je vrijeme totalnog etničko – vjerskog progona.
Austrijanci su u silovitoj kontraofanzivi u periodu od 1684. do 1687. godine u potpunosti “očistili” cijelu Ugarsku od Bošnjaka. One muslimanske porodice koje su ostale u Ugarskoj i Slavoniji su pokrštene. Slična sudbina je zadesila i one koji su ostali u Lici, Krbavi i Dalmaciji. Katolički svećenik Karlo Mesić iz Brinje, sa grupom svojih pristalica, vršio je po Lici nasilno pokrštavanje. Muslimani koji su odbili da se pokrste su bili ubijeni. Prema popisima iz 1700. godine kojeg su uradili franjevci i poslali u Rim, u Slavoniji je pokrštena 1601 osoba a u Dalmaciji 184. Pokrštavanje će dugo biti prisutno, kao sastavni dio plana o nestanku muslimana na južnoslavenskom prostoru. Prema mišljenju R. Muminovića ono je imalo sve elemente genocida. Izbjegli Bošnjaci iz Like i Korduna su se uglavnom naselili na prostoru Bosanske krajine, oko Bihaća, Cazina, Bosanske Krupe i Kulen Vakufa. Znatan broj muhadžira iz Ugarske se naselio na prostoru oko Modriče i Tuzle, dok su prostor Pounja, Glamoča, Grahova i Livna naselili muhadžiri iz gornje Dalmacije. Izbjegli Bošnjaci iz Cetinske krajine su došli na prostor Male Kladuše i Todorova, a oni iz Srba u Jezero kod Ostrožca. Bošnjaci sa prostora srednje Dalmacije naselili su se na prostoru Livna, Ljubuškog, Ljubinja, Stoca i Duvna. Nakon što se i Mletačka uključila u rat protiv Osmanlija prognani su i Bošnjaci sa prostora Herceg Novog, Risana, Imotskog i Makarske, a takvi su se naselili uglavnom na prostoru Hercegovine.
Naročit priliv muhadžira iz Ugarske i Like se desio od ljeta 1684. do kraja 1685. godine kada se najveći dio jugozapadne Ugarske, uključujući i Peštu, našao u austrijskim rukama. Hiljade osmanskih vojnika, među kojima i mnogobrojni Bošnjaci, napušta ove krajeve. U junu 1686. godine pao je i Budim, najvažniji muslimanski centar sjeverno od Save i Dunava. Sa preživjelim Bošnjacima iz Budima su se povukli i Jevreji sefardi, koji su se mahom nastanili u Sarajevu. Austrijanci su 1686. godine osvojili Pečuh i Segedin, a muslimani koji su im pali u ruke su ubijeni, prodani u roblje ili pokršteni. Nikola Lašvanin u svom ljetopisu navodi da su se muslimani masovno povlačili pred carskom vojskom od Save, a te kud “god bi se naišlo ležahu mrtvaci, koje niko nije imao da zakopava, a ljudi su jeli resu ljeskovu, koru od drveta, vinovu lozu, pse i mačke”. Osmanski izvori toga vremena za stanje u Bosni i stanje Bošnjaka koriste termin “inhalal” – rasulo. Dodatno teško stanje po Bosnu i Bošnje je nastupilo nakon što je Eugen Savojski zapalio i opljačkao više mjesta po Bosni. Nakon dugih pregovara Osmansko carstvo i Austrija su u Sremskim Karlovcima 16. januara 1699. godine zaključili ugovor o miru.
Tokom Bečkog rata (1683 – 1699) iz Ugarske, Slavonije, Like i Dalmacije je protjerano blizu 130 000 ljudi koji su se nastanili u Bosni. U Bosanskom ejaletu je zavladao strah jer je on postao pogranični dio Osmanskog carstva, isturen prema ljutim neprijateljima – Austrijancima i Mlečanima. Stanje unutar ejaleta se dodatno pogoršalo zbog priliva velikog broja muhadžira. Nastupila je velika oskudica i bijeda jer se nije moglo prehraniti svo pridošlo stanovništvo. Uporedo sa time u Bosni je tokom prve polovine XVIII stoljeća harala velika kuga koja je odnije brojne ljudske živote. Naročito je teška bila ona iz 1731. godine. Prvo se pojavila u Sarajevu, a zatim u Jajcu, Mostaru, Banja Luci i ostalim većim mjestima. Godinu dana kasnije spominje se i u Fojnici, a zatim se raširila po čitavoj Bosni. Prema nekim izvorima, u svakom većem mjestu je umiralo i po 300 osoba dnevno, što je za tadanšnju populaciju bilo katastrofalno.
