Dolaskom na vlast kralja Stjepana Tomaša 1443. godine katoličanstvo je konačno zabilježilo određen uspjeh na prostoru Kraljevine Bosne. U posljednjim godinama srednjovjekovne bosanske države katoličko stanovništvo je ubijedilo kralja da poduzme aktivan progon pripadnika Crkve bosanske. Progon je otpočeo, prema tvrdnjama pojedinih historičara, 1449. godine, kada je papa Pio II u svojim “Commentarii” naveo kako je bosanski kralj bosanskim hereticima pružio mogućnost da se pokrste ili isele. Ipak, u “Commentarii” pape Pia II pripovijest datira u 1461. godinu, dok je Orbini smješta u 1459. godinu. U objašnjenju, papa Pio II je opisao kralja Tomaša kako je hereticima pružio izbor, da ih se krsti po Kristu ili da njegovo kraljevstvo napuste. Papa je izvijestio da je tada pokršteno oko 2 000 ljudi, dok ih je 40 ili čak 40 000 pobjeglo hercegu Stjepanu. Većina historičara smatra da je riječ o 40 000 pripadnika Crkve bosanske koji su pobjegli, dok neki srpski historičari poput Sime Ćirkovića to osporavaju i navode da je u pitanju 40 ljudi. Latinski jezik može biti dvosmislen i imati oba značenja. Međutim, teško je zamisliti uspješnu migraciju 40 000 ljudi za to vrijeme, pogotvo kada uzmemo u obzir u kakvom je stanju tada bila srednjovjekovna Bosna. Jednako tako i cifra od 40 ljudi bi bila premala za jedan tako važan događaj, pogotovo kada uzmemo u obzir da su pripadnici Crkve bosanske činili većinu stanovništva.
Gotovo je sigurno da je većina od 2 000 pokrtešnih ljudi pripadalo vjerskim licima Crkve bosanske, kako navode pojedini osmanski defteri. Direktan napad na crkvu uspješno bi uništio herezu, tako da su oni pristali na pokrštavanje. Navodi o 2 000 svećenika u Kraljevini Bosni svjedoče da organizacija Crkve bosanske nije bila tako slaba. Također, papa navodi da su oni poticali iz brojnih sela širom Bosne, što znači da su imali snažnu podršku običnog naroda. Ipak, moglo bi se naslutiti da njihov moral nije bio snažan jer su olahko prihvatili drugu religiju kako ne bi bili iseljeni, tj. protjerani i da narod nije bio u potpunosti vezan za njih jer ih nije branio od pokrštavanja.
Pripovijest o izgonu potvrđena je u dva pisma pape Pia II od 7. juna 1460. godine u kojima se kaže da je bosanski kralj iselio patarene i papinoj nadi, da bi se herceg Stjepana uvjerilo da ih primi. Tako se u papinom pismu potvrđuje: priča, o kojoj je kasnije izvijestio u “Commentarii”, datiranje događaja u 1459/60. godinu, i da su iseljenici pripadnici Crkve bosanske, jer se spominju kao “patareni”. Odlazak tj. progon pripadnika Crkve bosanske kralj Stjepan Tomaš je iskoristio kako bi uzeo njihovu zemlju. Osmanski defteri nastali pred pad Kraljevine Bosne svjedoče da su patareni bili uspješni i imućni poljoprivrednici, pa možemo zaključiti da je konfiskacija bogate zemlje pripadnika Crkve bosanske bila jedan od glavnih faktora u odluci Stjepana Tomaša da ih protjera. Tako je kralj pored krune dobio i bogatu plodnu zemlju, koja je pripadala Crkvi bosanskoj. Nisu nam poznati podaci koja je zemlja tačno konfiskovana, osim jednog. U njemu stoji da je u Neretvanskoj nahiji, u selu Orahovica, “zao kralj” uzeo zemlju patarenima i dao je seljacima – katolicima. Selo Orahovica se nalazilo veoma blizu patarenske hiže u Biogradu.
