Gotovo čitava vladavina kralja Stjepana Tomaša (1443 – 1461) obilježena je progonom pripadnika Crkve bosanske. Godine 1459. već su sve pristalice Crkve bosanske, koje se nisu željele pokrstiti, bile protjerane a njihova imovina je podijeljena bosanskoj vlasteli koja je podržavala kralja Tomaša. O ovom događaju pisao je i papa Pio II u svojim “Commentarima”:
“Kralj Bosne, da opere ljagu što je Osmanlijama predao Smederevo i da dadne dokaz svoje kršćanske vjere, ili, kako mnogi drže, potaknut pohlepom za novcem, prisilio je manihejce, kojih je bilo premnogo u njegovom kraljevstvu, da se isele iz kraljevstva, ostavivši svoju imovinu, ako neće primiti Kristovo krštenje. Oko dvije hiljade pokrstilo ih se, a oko četrdeset hiljada ili malo više, koji su se tvrdoglavo držali zablude pobjegli su Stjepanu, vojvodi bosanskome, svome drugu u nevjeri.”
