Pitanje vjere bosanskih vladara kako prije tako i nakon proglašenja kraljevstva 1377. godine predstavlja jedno od najšakljivijih pitanja bosanske srednjovjekovne historije. Na osnovu samog čina okrunjenja i legitimiranja vlasti, bosanski vladari su bili vezani za Crkvu bosansku.
Ipak, bosanski vladari su usvajali i određenu kršćansku konfesiju iz izvora poznatu kao vjera bosanska (patarenska). Crkva bosanska je, za razliku od bogumila, prihvaćala svemogućeg Boga, Trojstvo, crkvene građevine, križ, kult svetaca, vjersku umjetnost i najmanje dio Starog zavjeta. Ipak, političko djelovanje Crkve bosanske je bilo osuđivano od Rimske kurije, tako da je ona osumnjičena za herezu. Bosanski velikaši su “pehlivanili” između bogumilstva (vjere bosanske) i katoličanstva (vjere rimske) i vodili jedan vid amfibijskog života. Tako su bosanski vladari i velikaši upali u jedan dvostruki vjerski scenarij. Ovaj dualizam će eksplodirati pred sami pad bosanske države, kada je kralj Tomaš 1459. godine odlučio definitivno raskinuti sa Crkvom bosanskom.
Ipak, na osnovu određenih spisa možemo ustanoviti da su raniji vladari bili u uskoj vezi sa Crkvom bosanskom. Primjer toga je knjiga starca (niži svećenik Crkve bosanske) Radina, nastala u vrijeme vladara Tvrtka I Kotromanića i Dabiše. Radin navodi: “A napisaše se sije knjige u d'ni kralja Dabiše ot rojenija s(i)na božija 1393. l(i)to, po umr'ti kralja Tvr'tka drugo lito”.
Ova knjiga izravno svjedoči o utjecaju domaće crkve na konfesionalnu orijentaciju bosanskih vladara. Još jedan od dokaza je i svjedočenje Stjepana Teste, poslanika kralja Tomaša u Veneciji iz jula 1457. godine. On u svojoj izjavi govori da su četiri franjevačka samostana u Dalmaciji uvijek bila podložna bosanskoj vikarija, pa i onda kada kraljevi ne bi bili katolici. Ivan Stojaković, Dubrovčanin, pisao je ugarskom kralju Sigismundu u ljeto 1431. godine da bi bilo dobro da, radi sklapanja unije, u Basel dođu i predstavnici Bosanaca. Obzirom da je kralj Tvrtko II bio “zaražen herezom” (patarenstvom), kako navode djela stare evropske historiografije (“Nestoriana perinde, ut decessores, haeresi infectus, unde Basileense Concilium legatos mittere renuti – SPICILEGIVM, 1737), on odbi uputiti poslanike na ovaj sabor.
Bilješke sa ovog sabora govore da Bosna nije izgubila heretički epitet. Također, na saboru je odlučeno da se u Bosnu pošalju istaknuti ljudi u cilju potiskivanja maniheja i patarena. I poljski hroničar Jan Dlogosz navodi: “Stanovnici Bosne govore slavenskim jezikom, pa iako se očituju kršćanima, prakticiraju obrede koje Katolička crkva osuđuje.” Tvrtko I nikada nije Bosansko kraljevstvo označio niti kao pravoslavno a ni katoličko. Dokaz tome je što u svom pismu papi, nikada nije očitovao svoju pripadnost Katoličkoj crkvi niti papinstvu. U vrijeme bana Stjepana II, za koga se veže pojava autokefalne Crkve bosanske, očituje se njegova pripadnost novoj religiji. U djelu Mavra Orbinija se navodi da je ban Stjepan bio odan “grčkom obredu” te da nije bio podložan papi. “Grčki obred” tada je mogao označavati pripadnost bana Stjepana II Crkvi bosanskoj, kao jedinoj crkvenoj organizaciji u centralnoj Bosni. Sličnim optužbama bio je izložen i Tvrtko I, Stjepanov nasljednik. Farlati navodi: “Ovaj (Tvrtko), budući da se zapleo u grčka krivovjerja i šizmu… pružao je utočište i zaštitu krivovjercima a katolike je zlostavljao na sve moguće načine”. Treba napomenuti da se “grčki obred” ne može poistovječiti sa pravoslavljem, prije svega jer je ban Stjepan II imao prisne odnose sa Crkvom bosanskom i što nemamo podataka o njegovom odnosu prema pravoslavlju, osim što je jedna njegova žena bila kćerka bugarskog cara – pravoslavka. S toga sintagma “grčki obred” vjerovatno upućuje na slavensko bogoslužje i istočni obred. Iste klevete je doživio i kralj Stjepan Tomaš, za kojeg se navodi da nije kršten. Raynaldi opisuje borbu kralja Tvrtka I sa bratom Vukom u kojem navodi: “Stariji ban (Tvrtko) raskolnik, proganjao je svoga mlađeg brata Stjepana katolika…”. I Tvrtkovo krunisanje za kralja 1377. godine je za Katoličku crkvu predstavljalo nelegalan čin, budući da prema svim relevantnim izvorima na samom činu nisu sudjelovali njezini prelati. Prvi pomen papinskih legata imamo tek u slučaju krunisanja Stjepana Tomaševića 1461. godine. O dualizmu vjerskog života u srednjovjekovnoj Bosni nam govori i primjer kada je ban Tvrtko I, par mjeseci pred okrunjenje, omogućio pripadnicima Crkve bosanske da povremeno prisustvuju misi koju su predvodili franjevački vikari i fratri. U takvim okolnostima franjevci su odbili služiti misu u prisustvu bosanskih patarena. Tvrtko je tada angažirao katoličke svećenike da služe misu u prisustvu bana i bosasnkih patarena. Papa Grgur XI tada zaprijeti da će anatemisati svakog svećenika koji bude celebrirao misu pred banom kao i pred svakim drugim heretikom. Ovaj čin samo potvrđuje otvorenost Tvrtka I prema Crkvi bosanskoj.
Pripadnici Crkve bosanske učestvovali su i u rješavanju zadataka centralne vlasti, dodjeljivane su im sudske funkcije, bosanska feudalna sredina im je odavala ritualno poštovanje u vidu klanjanja (adorationes), te je feudalcima pružala utočište (azil). Na osnovu ovih podataka lahko je donijeti sljedeći zaključak. Da bosanski vladari nisu bili pripadnici Crkve bosanske, sigurno ni njezini pripadnici ne bi bili postavljani na važne funkcije niti bi bili toliko poštovani.
