Nakon što je 10. aprila 1941. godine formirana Nezavisna država Hrvatska, ustaška vlast je poduzela aktivnosti u cilju širenja hrvatskog nacionalizma, koji se stapao sa nacističkim antisemitizmom. Donesene zakonske odredbe legalizovale su antisrpstvo i antijevrejstvo, kao imperativ nove države. Već 25. aprila 1941. godine donesena je Zakonska odredba o zabrani ćirilice, te obavezno nošenje plave trake sa slovom P, za pravoslavno stanovništvo. Zakonom od 3. maja 1941. godine donesena je odredba o prijelazu sa jedne vjere na drugu. U tom zakonu nova vlast je vidjela najefikasniji način rješenja srpskog pitanja, kroz prelazak pravoslavaca na katoličanstvo. Oni koji su pristali imali bi prvilegiju da postanu “ravnopravni građani” sa Hrvatima, a tim činom su istovremeno dokazivali da se “vraćaju hrvatstvu”. Za veoma kratko vrijeme stvoren je čitav sistem političkih mjera u cilju čišćenja hrvatskog prostora od srpskih elemenata; tokom juna zatvorene su pravoslavne škole, u Zagrebu je održana konferencija ustaških i njemačkih predstavnika sa temom iseljavanja Srba i Slovenaca iz Hrvatske, ukinut je patrijaršijski porez od 10%, a 18. jula zabranjen je naziv “Srpska pravoslavna vjera”, a uveden je termin “grčko – istočna vjera”. Kakvo se zlo sprema Srbima, najbolje možemo vidjeti iz govora Mile Budaka, doglavnika NDH, u julu 1941. godine: “Jedan dio Srba ćemo pobiti, drugi raseliti, a ostale prevesti na katoličku vjeru i tako pretopiti u Hrvate”.
Pored pokatoličavanja i masovnog iseljavanja Srba sa područja NDH u Srbiju, najsuroviji oblik “rješavanja srpskog pitanja” u NDH je predstavljala fizička likvidacija masovnim ubijanjem i pokoljem srpskog stanovništva. Likvidaciji je prethodilo hapšenje i dovođenje Srba u zatvore, odakle su transportovani do određenih stratišta. Nizom zakonskih odredbi o prijekim sudovima i pokretnom prijekom sudu, tokom maja i juna 1941. godine, ustanovljena je samo jedna presuda – smrt strijeljanjem bez prava na pomilovanje. Presude su izvršavane tri sata nakon proglašenja krivice. Prema Zakonskoj odredbi o prijekom sudu od 17. aprila 1941. godine uspostavljeno je 9 sudova, od kojih je 5 bilo na teritoriji Bosne i Hercegovine: Bihać, Mostar, Sarajevo, Travnik i Tuzla. Pokretni prijeki sudovi, što se tiče prostora današnje BiH, osnovani su u Sarajevu, Banja Luci, Bihaću, Brčkom, Derventi i Višegradu. Razlog otvaranja ovolikog broja sudova na prostoru BiH je u etničkoj i vjerskog strukturi stanovništva koja je trebala poslužiti kao osnovi motiv i instrument osiguranja hrvatske dominacije na ovom prostoru.
Nakon što su Nijemci u junu 1941. godine došli do uvjerenja da je NDH višenacionalna država, NDH je užurbano radila da takvo stanje promijeni. NDH je tada imala 6 043 000 stanovnika, od čega je Srba bilo 30,56%. Bojeći se velikog ustanka srpskog naroda ustaše su najstojale što prije riješiti srpsko pitanje. Vršena je medijska propaganda da Srbi trebaju da se isele iz hrvatske zemlje i da se vrate matici – Srbiji ili da primanjem katoličanstva steknu pravo na opstanak u hrvatskoj državi. Ukoliko ne prihvate jedino što im preostaje je uništenje. Hrvati su, također, smatrali da su bili ugnjetavani od Srba tokom Kraljevine Jugoslavije, te da zbog toga ostvaruju historijsko i moralno pravo da u svojoj državi postanu potpuni gospodari.
Opravdanje za početak protivsrpske politike ustaše su pronašle u četničkim zločinima nad hrvatskim stanovništvom tokom Aprilskog rata. Ipak, u pitanje su bili ostaci Kraljevske vojske Jugoslavije koja je u rasulu sijala smrt po hrvatskim selima na prostoru zapadne Hercegovine. Već u toku juna brojni krajevi BiH postali su poprište brutalnih progona i fizičkog uništavanja srpskog stanovništva. Politički funkcioneri javno su prijetili Srbima progonom. Slavko Kvaternik je donio naredbu po kojoj se svi Srbi trebaju prijaviti gradskim poglavarstvima i redarstvima. Ravnateljstvo ustaškog redarstva NDH uputilo je naredbu velikim županima i Ustaškom povjerenstvu u BiH, 23. jula 1941. godine da se pristupi hapšenju i otpremanju Srba, Jevreja i komunista u koncentracioni logor Gospić. Trebalo je likvidirati sve Srbe iznad 15 godina, dok bi se djeca smjestila u klostere gdje bi se stvorili “dobri katolici”. Osveta je ubrzo zamijenjena “Uredbom o pravednom kažnjavanju”, prema kojoj je svaki Srbin, koji nije želio postati katolik ili preći preko Drine, bivao osuđen na kaznu smrti. Na udaru ovakve politike našlo se prvenstveno srpsko stanovništvo zapadne i istočne Bosne, te istočne Hercegovine. Time se nastojala stvoriti čista homogena hrvatska teritorija, a podršku takvoj politici je pružio i Hitler, koji je početkom juna 1941. godine Paveliću savjetovao da tokom narednih 50 godina zanemaruje nacionalnu toleranciju prema Srbima. Istovremeno, Hitler je smatrao da Bošnjaci istočne Bosne mogu biti pouzdan nosilac u aktivnosti protiv Srba.
Ustaše su plan istrebljenja Srba proveli prvo u mjestima gdje je bošnjačko stanovništvo bilo većina, kako bi to prouzrokovalo srpski gnjev prema Bošnjacima, a na osnovu čega bi ustaše našle razlog za nova zlodjela nad Srbima. Već u mjesecu maju ustaše su u okolini Sanskog Mosta ubile 29 srpskih seljaka. U periodu od kraja juna do septembra samo na prostoru Bihaća ubijeno je 12 000 Srba svih životnih dobi. Težak zločin se desio u februaru 1942. godine kada su ustaše pod vodstvom franjevca Miroslava Filipovića ubile 2 730 Srba, uključujući i 500 djece, u okolici Banja Luke. Pogubljenja su bila znatno manja u onim dijelovima gdje su Srbi bili većina prema Bošnjacima i Hrvatima. Srbi su jednako stradali i na prostoru istočne Bosne gdje su glavni kasapini bili Pavelićevi delegati Jure Francetić, Božidar Brale i Hakija Hadžić. Na udaru su se našli pravoslavni sveštenici, imućniji građani i intelektualci. Oblici genocida nad Srbima u istočnoj Bosni dobili su u ljeto 1941. godine šire razmjere na području Birača, Vlasenice, Zvornika, Višegrada, Bijeljine, Sarajeva, Foče i Goražda. Iskoristivši višestoljetnu mržnju Bošnjaka istočne Hercegovine prema Srbima, ustaše su formirale vojne organizacije od strane Bošnjaka koje su počinile zlodjela i genocid na srpskim stanovništvom Nevesinja, Gacka, Bileće i Ljubinja.
Realna je pretpostavka da ustaške organizacije i vlast NDH na prostoru BiH nisu vodile evidenciju o pogubljenju Srba, uslijed čega smo lišeni izvorne dokumentacije o stradanju Srba uslijed sprovođenja ustaške politike homogenizacije prostora NDH. Pretpostavka je da su ukupni gubici Srba u BiH 164 000, a ta cifra podrazumijeva i poginule pripadnike NOVJ srpske nacionalnosti.
