Dolaskom na vlast u Hrvatskoj Franjo Tuđman kao jedan od primarnih zadataka svoje politike navodi i “ulazak dijela Bosne i Hercegovine u sastav Hrvatske”. U svojim težnjama sagovornika je našao u Slobodanu Miloševiću, koji također nije krio svoje stavove i ideje prema BiH. Tako je Aliji Izetbegoviću u Splitu 28. marta 1991. godine prilikom razgovora Tuđman – Milošević – Izetbegović rekao “da Bosna u postojećim granicama nije moguća kao država pa ju je, u skladu s tim, potrebno razdijeliti”. Treba navesti, i više puta, na sličan način intepretirane misli o podjeli BiH: “Smirenje sprsko – hrvatske suprostavljenosti se može ostariti tako da se nacionalni ciljevi Srbije ostvare i da ona nema više razloga za ekspanziju, a ujedno bi se Hrvatskoj priključili njezini krajevi, jer je sadašnji hrvatski perec neprirodan. U hrvatskom je interesu da se taj problem riješi na naravan način, na način kako je riješena Banovina [Hrvatska 1939. godine]. Pri tome bi mogao ostati dio Zemljice Bosne gdje bi Muslimani imali većinu i ta bi država Bosna mogla biti tampon između Hrvata i Srbije. Time bi ujedno nestala i kolonijalna tvorevina Bosna i Hercegovina”. Iz navedenih stavova može se vidjeti da je Tuđman Bosnu i Bošnjake gledao istim očima kao i Milošević.
Na osnovu Tuđmanovih stavova, 12. novembra 1991. godine 22 bosanska Hrvata, među kojima se nalazio i Mate Boban, potpisuju dokument u kojem je između ostalog navedeno da “hrvatski narod mora povesti odlučnu i aktivnu politiku koja će dovesti do realizacije našeg vjekovnog sna – zajedničke hrvatske države”. Od tada dio vodstva HDZ-a otvoreno radi na rušenju BiH. Dario Kordić, glavni odgovorni za pokolj u Ahmićima, je na skupu HDZ-a u Busovači, krajem 1991. godine taj središnji dio BiH nazvao “istočnom granicom hrvatske države”. Razgovori u Gracu 26. februara 1992. godine, te sporazum Boban – Karadžić s kraja aprila 1992. godine, također u Gracu, samo potvrđuju srpsko – hrvatske saglasnosti o sudbini BiH u njihovoj zajedničkoj režiji.
Formirana komandna mjesta Hrvatske vojske u BiH su postala središta odakle se militarizirao hrvatski narod BiH. Kada je 8. aprila 1992. godine osnovano Hrvatsko vijeće odbrane (HVO) kao “jedini institucionalni oblik obrane Hrvata u BiH”, a 3. jula iste godine statutama odluka Hrvatske zajednice Herceg Bosne (HZ HB) o privremenom ustrojstvu izvršne i sudske vlasti, stvorene su osnove paravojne i paradržavne kolaboracionističke institucije prema instrukcijama Franje Tuđmana. Napadom na Prozor 23. oktobra 1992. godine od strane HV i HVO-a zvanično počinje sukob Armije Republike Bosne i Hercegovine i HVO-a i agresija HV-a na BiH. Ovaj datum se navodi kao početak sukoba mada je prvi napad na jedinice TO RBiH u Novom Travniku uslijedio 19. juna 1992. godine. Hrvatska je u potpunosti logistički i finansijski podržavala HVO: Ministarstvo odbrane Hrvatske je svojim odobrenjima kontrolisalo prolazak i ulazak naoružanja i vojne opreme za potrebe ARBiH. Naoružanje i oprema za potrebe ARBiH su uz odobrenje nadležnih organa MO Republike Hrvatske prolazile i kroz kontrolu Centralne pozadinske baze HVO u Grudama, čime se obezbjeđivao nadzor i uvid koliko naoružanja ulazi za potrebe ARBiH u BiH. Kontrola kretanja konvoja obezbijeđena je pratnjom HV-a kroz Hrvatsku i HVO-a kroz BiH.
Veliki broj Hrvata iz BiH, ali i Bošnjaka, učestvovao je u odbrani Hrvatske. Poslije potpisivanja primirja sa JNA u januaru 1992. godine većina Hrvata se vraća u BiH i pod rukovodstvom HDZ-a formiraju se oružane formacije od učesnika u ratu u Hrvatskoj. U aprilu 1992. godine, u vrijeme formiranja HVO-a, bilo ih je oko 5 000 u zapadnoj Hercegovini. Kada je 3. jula 1992. godine donesena Statutarna odluka HZ HB o privremenom ustrojstvu izvršne i sudske vlasti radi odbrane hrvatske zajednice u BiH, zbog navodnog prestanka funkcionisanja nominalne vlasti RBiH, postalo je jasno da je ozvaničena, pored Republike Srpske [tada se zvala Srpska Republika Bosna i Hercegovina], još jedna paradržavna tvorevina koja je praktično postojala još od 18. novembra 1991. godine kada je osnovana HZ HB kao politička, kulturna, ekonomska i teritorijalna cjelina Hrvata u BiH, s Mostarom kao sjedištem. Predsjedništvo HZ HB je ovom odlukom: suspendovalo legalne organe vlasti i time preuzelo sudsku, izvršnu i zakonodavnu vlast na području HZ HB; prenijelo u vlasništvo HVO svu imovinu bivše JNA; definisalo osnivanje vojnih sudova; definisalo osnivanje javnih preduzeća (PTT, elektro i vodoprivreda, ceste, željeznica itd). Mada je početkom srpske agresije na BiH HVO, uz pomoć HV-a, uspješno branio Posavinu i prostore Hercegovine, ipak je težište borbe bilo usmjereno na zaokruživanje zamišljene teritorije HZ HB koja je većim dijelom bila pod kontrolom ARBiH. Tako u izvještaju štaba TO RBiH dana 18. aprila 1992. godine Rasim Delić konstatuje stanje u TO Kiseljak: “Vlast u Kiseljaku je preuzela HDZ (HVO) i suspendovala legalne organe vlasti; postavljene su na institucije isključivo hrvatske zastave; ne priznaju se organi vlasti RBiH niti štabovi TO RBiH; nema volje ni interesa za zajedničku borbu protiv srpskog agresora”. HVO je nasilno preuzeo vlast u Varešu, Vitezu, Busovači i gradovima zapadne Hercegovine. Mate Boban nije imao namjeru sarađivati sa državnim institucijama BiH, te su formalne tvrdnje o pripadnosti BiH bile samo paravan za Međunarodnu zajednicu. Boban i njegovi istomišljenici su željeli dio BiH priključiti Hrvatskoj, prema instrukcijama Tuđmana. U svom ekspanzionističkom pohodu HVO se nije prezao da iznudi vlast i u mjestima gdje su Hrvati bili u apsolutnoj manjini. To se pokušalo i u Kaknju gdje je Hrvata bilo oko 30%. Prvo je HVO ucjenom prolaska robe kroz područja koja je kontrolisao pokušao iznuditi neprincipijelne političke ustupke, a kada u tome nije uspio 15. jula 1992. godine čelnik HVO-a Pavo Šljivić daje ultimat od 3 dana legalnim organima vlasti da se “proglasi hrvatska općina Kakanj u sastavu HZ HB i da najviši organ vlasti bude skupština Hrvata općine Kakanj koja broji 25 zastupnika”. Naravno Kakanj nije ušao u sastav HZ HB. Slično je postupio i na prostoru Novog Travnika, a kada ultimatum nije prihvaćen 19. juna 1992. godine otpočeo je oružani napad na Novi Travnik. Napadu su se pridružile i jedinice HV-a. U januaru 1993. godine napadnut je Gornji Vakuf a u aprilu i Jablanica.
Osvajački pohod HVO-a cijelo vrijeme je bio podržan od strane Vojske Republike Srpske a to se vidi na sljedećim primjerima: U sukobima ARBiH i VRS na prostoru Visokog (sela Zimča, Radovlje, Kalotići) kada su pripadnici VRS došli u okruženje, organizovano su se, uz pomoć HVO Kiseljak, izvukli preko Kiseljaka na Ilidžu; prilikom oslobođenja sela Bradine veći dio pripadnika VRS i srpskog naroda izvukao se u organizaciji HVO preko Kiseljaka ka Ilidži; prilikom oslobađanja prostora oko Zenice koja su početkom rata kontrolisale jedinice VRS-a, isti su se uz pomoć HVO izvukli na druge prostore koje kontroliše VRS; u ljeto 1993. godine kada je ARBiH nakratko ovladala Žepčem u ispomoć HVO je došla tenkovska četa VRS iz Dervente uz čiju pomoć HVO vraća kontrolu nad Žepčem; poslije ovih dešavanja VRS i HVO koordinirano napadaju prostor maglajske općine i stavljaju Maglaj i Tešanj u devetomjesečno okruženje; prilikom oslobođenja Vareša u novembru 1993. godine HVO i hrvatsko stanovništvo se preko teritorije koju je kontrolisao VRS povuklo prema Kiseljaku. U toku duge ospade Sarajeva posebno negativan utjecaj na borbu ARBiH imala je saradnja VRS i HVO na prostoru Kiseljaka, čime je osujećen svaki pokušaj deblokade Sarajeva od strane ARBiH. U periodu borbe sa dva agresora ARBiH je bila razvučena na širokom frontu, a uslijed nemogućnosti doturanja naoružanja VRS je u ljeto 1993. godine pokrenula tešku ofanzivu na Sarajevo koje je prvenstveno pregovorima tada uspjelo da opstane.
